E-learning jest pewnym narzędziem służącym do wspomaganie różnych funkcji przedsiębiorstwa i jak każde narzędzie może być wykorzystany prawidłowo bądź nie.
Ponieważ z reguły omawiane jest pierwsze użycie (wdrożenie) systemu e-learningowego w przedsiębiorstwie, wady , która się pojawiają wynikają nie tylko z wadliwego procesu wdrażania, lub wyboru niedostosowanego systemu e-learningowego, ale także z faktu, iż każda istotna zmiana, która dotyka bezpośrednio pracowników, może napotkać na opór z ich strony, nawet przy dobrze przeprowadzonej kampanii informującej. Niektóre z wymienionych wad są też charakterystyczne dla e-learningu i są wadami samego systemu jako takiego, Wśród najczęściej występujących można wymienić (za Allison Rossett):
- dodatkowa, często spora inwestycja
- duży odsetek osób nie kończy kursów e-learningowych
- opór osób szkolonych wobec pracy z komputerem ma negatywny wpływ na przebieg szkolenia
- brak niezbędnych umiejętności obsługi komputera często utrudnia efektywne szkolenie
- powtarzalna jakość szkoleń (jeśli szkolenie zostało źle przygotowane jest to zła jakość)
- atomizacja wiedzy grozi utratą kontekstu i lukami w wiedzy
- uzależnienie od dostawcy kursów e-learningowych, jeśli chodzi o program szkolenia
- szkolenie jest powierzchowne, bo koncentruje się na rozwiązaniu problemu a nie na dogłębnym poznaniu jego istoty
- mała wiarygodność w procesie zdalnej komunikacji, możliwość podszycia się pod eksperta
- konieczność zaangażowania dużych zasobów podczas realizacji e-learningu (wdrpżenie przetaje być zadaniem wyłącznie działu szkoleń)
- negatywny wpływ na kulturę organizacyjną po zastąpieniu szkoleń tradycyjnych kursami e-learningowymi
- wysoki koszt opracowania i konserwacji treści e-learningowej
- konieczność adaptacji sieci korporacyjnej do wymagań kursów e-learningowych