1. Dlaczego DNA jest bardziej stabilny niż RNA?

1. w DNA są inne wiązania diestrowe (dwuestrowe) niż w RNA

2. DNA jest mniej rozpuszczalny

3. DNA zawiera tyminę

4. dezoksyryboza jest mniej aktywna niż ryboza

5. DNA zawiera więcej GC

2. Przyporządkuj słowa kluczowe z listy podanej na końcu tego zdania

polimeraza DNA - synteza DNA

odwrotna transkryptaza - matryca RNA, synteza DNA

enzym restrykcyjny - selektywne cięcie DNA, hydroliza DNA, uwolnienie energii

ligaza DNA - dodanie energii, synteza DNA, przyłączenie fosforanu

alkaliczna fosfataza - usunięcie końcowego fosforanu

kinaza polinukleotydowa - przyłączenie fosforanu, ATP

hydroliza DNA, selektywne cięcie DNA, synteza DNA, polimeryzacja DNA, przyłączenie fosforanu, synteza RNA, usunięcie końcowego fosforanu, ATP, matryca DNA, matryca RNA, dodanie energii, uwolnienie energii

3. Jakie enzymy z powyższego zadania użyjesz do wprowadzenia radioaktywnego fosforanu na koniec fragmentu DNA zawierającym nieaktywny fosforan na tym końcu?

Alkaliczna fosfataza żeby usunąć nieaktywne fosforany, kinaza polinukleotydowa żeby przyłączyć nowy fosforan.

4. Skoro w DNA lub RNA reszty nukleotydowe mają jeden fosforan dlaczego do syntezy obu polinukleotydów potrzebne są trójfosforany nukleozydów?

1. trójfosforany mają lepszą rozpuszczalność w wodzie niż monofosforany

2. trójfosforany są łatwiej transportowane w komórce

3. trójfosforany są nośnikiem energii potrzebnej do syntezy

4. trójfosforanów nukleozydów jest więcej w komórce niż monofosforanów

5. Dlaczego enzymy restrykcyjne są tak przydatne w inżynierii genetycznej?

1. rozpoznają ściśle określone sekwencje nukleotydowe

2. przecinają jednoniciowy DNA

3. przecinają dwuniciowy DNA

4. rozpoznawane sekwencje są przecinane w ściśle określonym miejscu

5. przecinają RNA

6. służą do resyntezy rekombinowanego DNA

7. są termostabilne

6. Jakie trzy podstawowe elementy zawiera plazmid służący do klonowania i jaka jest rola tych elementów?

Ori - miejsce inicjacji replikacji.

Markery:

I - znajdujący się na wektorze gen pozwalający odróżnić bakterie posiadające plazmid od takich, które go nie zawierają.

II - ten marker pozwala odróżnić bakterie, które pobrały plazmid bez wstawki, od takich, które otrzymały plazmid zrekombinowany, czyli zawierający wstawkę.

Polilinker - jest to niewielki, sztucznie utworzony odcinek DNA, zawierający sekwencje rozpoznawane przez wiele enzymów restrykcyjnych.

7. Jakie dodatkowe elementy zawiera plazmid ekspresyjny?

System operonu regulującego ekspresję białka, silny promotor, operator, miejsce wielokrotnego klonowania.

8. Do konstrukcji rekombinowanego plazmidu często używamy alkalicznej fosfatazy. Dlaczego?

1. zapobiega zamykaniu się plazmidu przed projektowaną rekombinacją

2. fosfataza ułatwia resyntezę wiązań fosfoestrowych rekombinowanego plazmidu

3. fosfataza inaktywuje przeszkadzające DNazy

4. fosfataza służy do wprowadzania dodatkowego Ori

9. Dlaczego wektory genetyczne często zawierają dwa selekcyjne markery genetyczne np. geny odporności na dwa różne antybiotyki?

1. aby przyspieszyć wzrost bakterii

2. zachować sterylność hodowli

3. ułatwić izolację rekombinowanych kolonii przy niskiej wydajności transformacji

4. zwiększyć odporność na fagi

10. Zaznacz metody mutagenezy ukierunkowanej

1. reakcja deaminacji z kwasem azotawym

2. zastąpienie dwuniciowego fragmentu DNA syntetycznym fragmentem DNA stosując enzymy restrykcyjne

3. użycie jednoniciowego fragmentu DNA całkowicie komplementarnego do jednoniciowego plazmidu (matrycy)

4. użycie jednoniciowego fragmentu DNA z jednym niekomplementarnym nukleotydem do jednoniciowego plazmidu

5. reakcja z oranżem akrydyny

11. Do której z powyższych metod nadaje się fag M13

Użycie jednoniciowego fragmentu DNA całkowicie komplementarnego do jednoniciowego plazmidu (matrycy).

12. Jakie zalety w stosunku do wektorów plazmidowych mają wektory oparte na fagu
    ?

Przeprowadzają cykl lityczny i lizogeniczy, posiadają dwuniciowy DNA, wyższą wydajność infekcji cząstkami bakteriofaga w porównaniu do wydajności transformacji, mogą przyjmować większe fragmenty DNA niż plazmidy, dzięki jednonicowym fragmentom DNA faga w komórce bakteryjnej formy kolistej oraz zapakowanie go w białkową główkę.

13. Dlaczego do rekombinowanych białek wprowadzamy oligohistydynę?

1. aby ułatwić fałdowanie białka w komórce bakterii

2. zwiększyć rozpuszczalność białka

3. ułatwić izolację białka stosując chromatografię metodą filtracji żelowej

4. ułatwić izolację białka stosując chromatografię metodą metalopowinowactwa na kolumnie Ni⁺²

5. zapobiec denaturacji białka

14. Zakreśl prawidłową charakterystykę bakulowirusowego systemu ekspresji białka

1. system ekspresji białka w komórkach owadzich z silnym promotorem wirusowym

2. roślinny system z promotorem arabinozowym

3. drożdżowy system z promotorem tryptofanowym

15. Zakreśl prawidłowe odpowiedzi charakteryzujące metodę uszkodzenia genu (knockout)?

1. transfekcja komórek szpiku kostnego wirusowym RNA

2. transfekcja embrionalnych komórek macierzstych (np. myszy) plazmidem zawierającym uszkodzony gen

3. transfekcja embrionalnych komórek macierzystych plazmidem zawierającym prawidłowy gen

4. w tej metodzie wykorzystuje się proces homologicznej rekombinacji

5. w tej metodzie wykorzystuje się zjawisko interferencji RNA

6. homologiczna rekombinacja przeszkadza w tym procesie

7. niehomologiczna rekombinacja jest możliwa

8. niehomologiczna rekombinacja jest niemożliwa

16. Jak miRNA (mikroRNA) wyciszają ekspresję genów?

1. uszkadzają genomy DNA

2. przeszkadzają w syntezie cDNA

3. inaktywują czynniki transkrypcyjne

4. powodują degradację mRNA

5. przyłączają się do 3' końca i blokują translację

17. Wybierz i przyporządkuj słowa kluczowe z listy podanej na końcu tego zdania.

1. elektroforeza w żelu poliakryloamidowym w obecności SDS - masa cząsteczkowa, Western blotting

2. spektrometria mas - stosunek masy do ładunku, dokładność pomiaru masy cz. 0,01-0,2%

3. ogniskowanie izoelektryczne - punkt izoelektryczny

4. chromatografia jonowymienna - ładunek białka/kwasu nukleinowego

punkt izoelektryczny, ładunek białka/kwasu nukleinowego, masa cząsteczkowa, stosunek masy do ładunku, (mniej niż 1μg białka) substancji do analizy, Western blotting, dokładność pomiaru masy cz. 0,01-0,2%

18. Dlaczego w DNA jest tymina a nie uracyl?

1. tymina jest mniej reaktywna od uracylu

2. tymina lepiej paruje z adeniną

3. tymina lepiej „pasuje” do dezoksyrybozy

4. deaminacja (mutacja) cytozyny daje uracyl

5. deaminacja (mutacja) cytozyny jest rozpoznawalna przez system naprawy DNA

19. Przyporządkuj słowa kluczowe z listy podanej na końcu tego zdania

polimeraza DNA - synteza DNA

polimeraza RNA - synteza RNA

odwrotna transkryptaza - matryca RNA, synteza DNA

enzym restrykcyjny - selektywne cięcie DNA, hydroliza DNA, uwolnienie energii

ligaza DNA - dodanie energii, synteza DNA, przyłączenie fosforanu

alkaliczna fosfataza - usunięcie końcowego fosforanu

kinaza polinukleotydowa - przyłączenie fosforanu, ATP

hydroliza DNA, selektywne cięcie DNA, synteza DNA, polimeryzacja DNA, przyłączenie fosforanu, synteza RNA, usunięcie końcowego fosforanu, ATP, matryca DNA, matryca RNA, dodanie energii, uwolnienie energii

20. Jakie enzymy z powyższego zadania użyjesz do wprowadzenia radioaktywnego fosforanu na koniec 5' fragmentu DNA zawierającym nieradioaktywny fosforan na tym końcu?

1. polimeraza DNA i potem polimeraza RNA

2. alkaliczna fosfataza i potem kinaza polinukleotydowa

3. enzym restrykcyjny i potem ligaza

4. odwrotna transkryptaza i potem polimeraza RNA

---