1. W celu przeprowadzenia trawienia enzymem restrykcyjnym XYZ do 14ml próbki zawierającej DNA dodano 2 ml odpowiedniego dla tego enzymu buforu 2 ml roztworu zawierającego enzym i 2 ml wody destylowanej tak przygotowana mieszanina reakcyjna pracowała na optymalnych parametrach i z dużą wydajnością substratową. Wiedząc, że optymalne dla enzymu XYZ stężenie NaCl wynosi 100mM można wywnioskować iż w buforze wyjściowym wartość stężenia tej soli wynosi:

a) 100mM

b) 1000mM

c) 50mM

d) 500mM

e) trudno powiedzieć bo za mało informacji

2. Które z podanych poniżej enzymów będą dawały produkty, które można poddać, bez dodatkowych zabiegów, radioaktywnemu znakowaniu przy pomocy [a 32P] - dATP i fragmentu Klenowa? W nawiasach podano sekwencje, dla uproszczenia tylko jednej z nici, rozpoznawanej przez odpowiednie enzymy, gwiazdka oznacza położenie trawionego wiązania fosfodiestrowego.

a) EcoRI (GA*ATTC)

b) PstI (CTGCA*G)

c) SmaI (CCC*GGG)

d) HpaII (C*CGG)

e) BglII ( A*GATCT)

chyba tu jest coś nie halo - enzym musi pociąć tak, aby powstał lepki koniec 3', aby mogła polimeraza syntetyzować 5\--->3', więc chyba tylko odpowiedź b jest ok?

właśnie na odwrót - polimeraza dodaje do 3' końca, więc odp. a będzie dobra wg mnie

no racja- ,musi powstać koniec 5' lepki :) czyli a,d,e są ok :)

tylko trzeba pamiętać, że mamy tylko dATP, więc koniec lepki musi mieć po przecięciu, na początku T (do którego enzym doda A), więc tylko odp. a (tak myślę)

3. Pojedyncza mieszanina reakcyjna stosowana w thermal cycle sequencing musi zawierać.

a) dNTP

b) trifosforany rybonukleozydów

c) 2',3'-dideoksyanalogi czterech nukleotydów (This method, called thermal cycle sequenc-ing , is carried out in a similar way to PCR, but just one primer is used and the reaction mixture includes the four dideoxynucleotides (Figure 10.5).)

Błąd w podręczniku:

http://www.springerlink.com/content/h524431u77025t71/#section=87365&page=1&locus=55

d) 2',3'-dideoksyanalog jednego z czterech nukleotydów - to jest źle ?

e) fragment Klenowa wtf? polimeraza termostabilna chyba jest potrzebna? podwyzszona temp prxeciez jest|!

Z moich notatek z wykłądu wynika że substarty są takie same jak w PCR, różnica polega na tym że mamy jeden starter. Metoda ta nazwyana jest inaczej asymetryczną PCR. Mamy jako substarrty zatem wszystkie 4 rodzaje dNTP i dodatkowo tylko jeden rodzaj dideoksyanalogu. Enzym musi być odporny na wysoką tempearturę. więc np mogłabybyć polimeraza Teq.

na pewno tylko 1 dideoksy?

A wyobrażasz sobie, że cokolwiek wywnioskujesz, jeżeli będą wszystkie?

też stawiam na 4 dideoksy...

Cofam, macie rację - na stronie 166 jest napisane, że ddNTP-y są znakowane fluorescencyjnie, więc faktycznie można dać wszystkie razem.

4. PCR jest techniką, która może być użyta do:

d) przygotowania, która posłuży analizy polimorfizmu długości fragmentów restrykcyjnych (RFLP)

e) Przeprowadzenia wszystkich eksperymentów, wymienionych w punktach A), B), C) i D)

a) bezpośredniego powielenia fragmentu RNA, jeżeli znamy sekwencje sąsiadujące z tym fragmentem

b) przygotowania sondy DNA do przeszukania biblioteki cDNA

c) bezpośredniej izolacji (powielenia) fragmentu genu prokariotycznego

5. Jeden z etapów doświadczenia, którego celem jest nokaut mysiego genu, prowadzi do selekcji komórek macierzystych, które są:

a) oporne na działanie antybiotyku G418 i oporne na działanie związku chemicznego noszącego nazwę gancyklowir

b) wrażliwe na działanie antybiotyku G418 i oporne na działanie związku chemicznego noszącego nazwę gancyklowir

c) oporne na działanie antybiotyku G418 i wrażliwe na działanie związku chemicznego noszącego nazwę gancyklowir

d) homozygotyczne względem genu poddawanemu nokautowi

e) heterozygotyczne względem genu poddawanemu nokautowi

6. Która z podanych poniżej metod, używanych do funkcjonalnej inaktywacji genu, powodują zmianę jego sekwencji:

a) nokaut genu

b) interferencja RNA (ang.: RNAi, RNA interference)

c) nadekspresja produktu allelu dominującego negatywnego

d) nadekspresja produktu allelu recesywnego negatywnego

e) metoda wykorzystująca system rekombinacyjny LoxP-Cre

8

7. Które z podanych poniżej związków jest odpowiednim substratem do radioaktywnego oznakowania cDNA o końcach tępych, który zostanie wykorzystany do eksperymentu footprintingu:

a) dATP znakowany 32P w pozycji y

b) ATP znakowany w pozycji a

c) dGTP znakowany w pozycji a

d) [y 32P] - ATP

e) [a 32P] - dATP

8. Enzym restrykcyjny ClaI rozpoznaje sekwencje AT- CGAT i trawi wiązanie fosfodiestrowe pomiędzy resztami T i C. Enzym restrykcyjny TaqI rozpoznaje sekwencje T- CGA:

a) fragmenty powstałe po trawieniu enzymami są w części komplementarne

b) fragmenty powstałe po trawieniu enzymami są w całości komplementarne

c) ClaI i TaqI są izoschizomerami

d) dowolne fragmenty powstałe po trawieniu ClaI i TaqI mogą być ligowane i następnie trawione ClaI

e) dowolne fragmenty powstałe po trawieniu ClaI i TaqI mogą być ligowane i następnie trawione TaqI

9. Przedstawiony poniżej wektor może być używany zarówno w komórkach bakteryjnych jak i drożdżowych. Elementami, które są specyficzne dla komórek drożdżowych są:

a) ori

b) amp'

c) URA3

d) ARS

e) polilinker

Według mnie tylko UR3, z tego co mówił na wykładzie, region ten jest związany z tym że wektor jest integracyjny.

“W skład wektora wchodzi sekwencja inicjacji replikacji (drożdżową- ars, bakteryją - ori), sekwencje telomerowe, centromer oraz na ogół markery. “ - z tego wynika , że ars to DROŻDZOWA SEKWENCJA REPLIKACYJNA

10. Które z poniższych twierdzeń nie są prawdziwe:

a) uwolnienie zreplikowanych fagów z komórki gospodarza prowadzi do jej lizy - Jak dla mnie, to namnożenie faga prowadzi do lizy, a liza umożliwia uwolnienie. To jak powiedzieć, że rozlecenie się bomby prowadzi do jej wybuchu.

b) fragmenty o długości nawet 53 kb mogą być wklonowane do wektora będącego pochodną faga l - fałsz

c) zarówno cDNA jak i DNA genomowy mogą być klonowane w wektorach będących pochodnymi faga l - PRAWDA

d) większość wektorów będących pochodnymi faga l zawiera geny konieczne dla integracji i wycięcia DNA faga l z chromosomu komórki bakteryjnej Większość pochodnych przewozi w tym miejscu ładunek.

e) większość wektorów będących pochodnymi faga l jest pozbawiona genów potrzebnych dla lizy komórki gospodarza - prawda

---