Polskie Państwo Podziemne miało wszystkie władze centralne (prezydent, premier, ministerstwa, sądownictwo) na emigracji. W państwie podziemnym można wyróżnić III zasadnicze struktury. Pierwszą była struktura wojskowa – był to punkt wyjścia dla polskiego państwa podziemnego. Pierwszą organizacją była tu Służba Zwycięstwu Polski (SZP) z gen. Michałem Karaszewiczem – Tokarzewskim na czele. SZP działała do XII 1939, a w jej skład wchodzili w dużej mierze oficerowie sanacyjni. W XII nastąpiła zmiana i w miejsce SZP pojawia się Związek Walki Zbrojnej (ZWZ). Komendę Główną ZWZ objął gen. Sosnkowski. W ZWZ dowódcami zostawali ludzie słabiej związani z sanacją. Do ZWZ przyjmowano również ludność cywilną. W 1942 roku ZWZ zostaje przemianowany na Armię Krajową (AK). AK miała być prawdziwym zapleczem wojskowym dla rządu londyńskiego powołanym do walki z Niemcami. Największe zasługi AK są związane z działalnością wywiadowczą. Wywiad AK działał nie tylko na ziemiach polskich, ale także poza granicami kraju. Funkcję Komendanta AK pełnili kolejno: gen. Stefan Rowecki „Grot”, Tadeusz Bór – Komorowski, gen. Leopold Okulicki „Niedźwiadek”.
Drugą strukturą była struktura polityczna. Było to zaplecze polityczne zawiązane z grupami, które przed wybuchem wojny znajdowały się w opozycji wobec sanacji (Stronnictwo Narodowe, Stronnictwo Ludowe, Stronnictwo Pracy, Stronnictwo Demokratyczne, część PPS (PPS – Wolność, Równość, Niepodległość). Najważniejsza była w tej strukturze Rada Jedności Narodowej (RJN) z Kazimierzem Pużakiem na czele RJN była podziemnym, 17-osobowym parlamentem, miała kompetencje doradcze, przedstawiała swe opinie w sprawach wnoszonych przez Delegata Rządu. 15 III 1944 RJN wydała deklarację programową „O co walczy naród Polski”.
Trzecią strukturą państwa podziemnego był pion administracyjny. Od 1940 funkcjonowała Delegatura Rządu na Kraj. Delegat stał na czele aparatu Delegatury rządu, na który składały się centralne instytucje administracji podziemnej (tzw. Departamenty) oraz władze lokalne. Na ich czele stali lokalni Delegaci Rządu. Delegat Rządu był najwyższym reprezentantem władzy państwowej na terytorium kraju. Pierwszym Delegatem Rządu na Kraj był Cyryl Ratajski, a po nim kolejno Jan Piekałkiewicz, Henryk Jankowski. W Warszawie utworzono wszystkie ministerstwa istniejące przed wojną. Najważniejsze to: Departament Spraw Wewnętrznych, Departament Sprawiedliwości, Departament Oświaty i Kultury, Departament Skarbu. Powołano także nowe ministerstwo – Ministerstwo Ziem Odzyskanych, które funkcjonowało od 1943 roku.
Rząd Polski na uchodźstwie (w Londynie) był konstytucyjnym reprezentantem Państwa Polskiego w latach 1939-1989. Po uznaniu komunistycznego rządu przez mocarstwa światowe, londyńskie ciało straciło na znaczeniu. Nadal jednak pozostawało legalnym dzierżycielem władzy. Po internowaniu rządu polskiego w Rumunii 17 września 1939 r. dotarł on przez Francję do Wielkiej Brytanii. Wkrótce na nowego prezydenta wybrał on Władysława Raczkiewicza. Głównymi hasłami politycznymi „spadkobierców władzy II RP” były: nienaruszalność granicy wschodniej, rozszerzenie granicy na zachód kosztem Prus i Gdańska oraz poprawienie stosunków z Czechosłowacją (w 1940 r. rozważano konfederacje dwóch krajów). Mimo czynnego udziału w II wojnie światowej, rząd emigracyjny po roku 1945 został pominięty przy obradach w Poczdamie. Z czasem coraz więcej krajów zrywało stosunki z tymże tworem (najdłużej utrzymywał je Watykan).
Prezydenci Rządu Polski na uchodźstwie
Mimo braku faktycznego znaczenia Rząd Polski na Uchodźstwie wybierał kolejnych prezydentów. Ich średnia wieku wynosiła jednak ponad 80 lat. Kolejno urząd ten pełnili: August Zaleski, Stanisław Ostrowski, Edward Raczyński, Kazimierz Sabbat i Ryszard Kaczorowski. Dopiero ten ostatni oficjalnie przekazał urząd Lechowi Wałęsie, a do dziś otrzymuje uposażenie przysługujące byłemu prezydentowi.