Ogień bratobójczy (Friendly Fire) udział systemów Patriot w operacji Iracka Wolność wiąże się z trzema, z kilku przypadków bratobójczego ognia w Iraku:
Zestrzelenie brytyjskiego samolotu Panavia Tornado GR.4A ZG710 'D' co doprowadziło do śmierci pilota i nawigatora. Incydent miał miejsce w skutek błędnego sklasyfikowania samolotu przez system jako pocisk przeciwradarowy, co jest rodzajem zagrożenia zwalczanym przez system automatycznie. Błąd został spowodowany wieloma przyczynami. Po pierwsze pilot brytyjskiego samolotu podchodził do lądowania dokładnie nad aktywną baterią Patriot, po drugie, projektanci systemu Patriot zbyt szeroko zaprogramowali parametry rakiet antyradarowych, co pozwoliło komputerom zestawu Patriot na zakwalifikowanie jako pocisk tego typu nawet tak dużego samolotu jak Tornado, po trzecie - reżim zwalczania rakiet antyradarowych niepotrzebnie w ogóle był aktywny, gdyż Irak nie dysponował bronią antyradarową, po czwarte bateria Patriot akurat straciła łączność z wyższym szczeblem dowodzenia oraz po piąte w końcu - i to prawdopodobnie było najważniejszą przyczyną wypadku - nadlatujący Tornado miał wyłączony system identyfikacji IFF, który gdyby działał, natychmiast wyprowadziłby z błędu system komputerowy baterii.
Ostrzelanie baterii PAC-3 przez własny samolot F-16 Falcon.
Radarowy pokładowy system ostrzegawczy samolotu błędnie zidentyfikował baterię Patriot jako wrogą baterię SA-2. W tym czasie bateria ta ochraniała sztab 101 Dywizji Powietrznodesantowej. F-16 odpalił pocisk antyradarowy AGM-88 HARM, który uderzył bezpośrednio w czoło systemu radarowego baterii Patriot, wyłączając ją z akcji. Bateria została zmuszona do wymiany radaru z inną jednostką sąsiedniej strefy. Zamieniony radar nie przeszedł jeszcze wszystkich wymaganych testów po zainstalowaniu modyfikacji związanych z systemem PAC-3 i bateria ta stała się odpowiedzialna za następny bratobójczy incydent.
Zestrzelenie F/A-18C Block 46 Hornet. Również tym razem pilot nie przeżył.
Wypadek był rezultatem błędu zarówno systemu, jak i człowieka. System automatycznie podjął walkę z błędnie sklasyfikowanym jako taktyczny pocisk balistyczny samolotem F/A-18C. Według systemu komputerowego pocisk nadlatywał z rejonu Karabali, gdzie aktualnie toczyły się walki lądowe. Oficer operujący systemem oraz oficer wyższego szczebla nie sprawdzili prędkości i wysokości lotu "pocisku", skutkiem czego nie zrobili niczego aby zapobiec tragicznej pomyłce systemu. Na krótko przed tym zdarzeniem, ten sam samolot został namierzony przez inną baterię, w tamtym jednak przypadku, w porę został wydany rozkaz zatrzymania akcji.