Molekuły 2013-06-21

1. Białka u prokariontów : HISTONY/ HU IHF FIS / chromatydy / wszystkie poprawne

2. Cechy kodu genetycznego – WSZYSTKIE POPRAWNE : TRÓJKOWY, NIEZACHODZACY, PRZECINKOWY, ZDEGRADOWANY, JEDNOZNACZNY, KOLINEARNY, UNIWERSALNY

3. Różnice pomiędzy prokariotycznymi a eukariotycznymi ( gdzie jakie rybosomy są)

U prokariotów występują rybosomy 70S. Duża podjednostka (50S) zawiera 34 białka i dwie cząsteczki rRNA (5S rRNA i 23S rRNA), a mała podjednostka (30S) zawiera 21 białek i jedną cząsteczkę rRNA (16S rRNA).

U eukariontów występują rybosomy 80S oraz mniejsze rybosomy mitochondrialne i chloroplastowe przypominające rybosomy bakteryjne. Rybosomy 80S są zbudowane z dużej podjednostki (60S), która składa się z trzech cząsteczek rRNA (5S, 5.8S i 28S rRNA) oraz 49 białek, oraz małej podjednostki (40S), która składa się z 33 białek i jednej cząsteczki rRNA (18S rRNA).

1. Mutacja jednopunktowa – ANEMIA SIERPOWATA

2. 5’…….AAT3’ – kto to odkrył? – jakaś babka na K – KOSSEL ?

3. X – 5’…….3’ , Y- 3’….5’ 2 pytania:

1) X TO NIĆ KODUJĄCA (SENSOWNA – 5’-3’)

2) ODPOWIEDŹ GDZIE U JEST ZAMIAST T

1. Dwa nazwiska – co odkryli bakteriofag ma RNA/DNA/białko/Czasem DNA czasem RNA- HARSLEY I CHASE

2. Enzymy restrykcyjne endonukleazy / egzonukleazy

3. Replikacja DNA SEMIKONSERWATYWNA

4. Synteza DNA i RNA jak zachodzi DNA 5’-3’/3’-5’ , RNA 5’-3’/3’-5’ , DNA i RNA 5’-3’

5. Polimeraza DNA III – PODJEDNOSTKI ALFA, TO DZIWNE E , I TO KÓŁKO Z KRESKĄ W SRODKU

6. Najmniejsza podjednostka polimerazy RNA to ᵚ

7. ŚMIECIOWY DNA

8. Coś z osom

9. Naprawa DNA podczas odpowiedzi SOS przeprowadza POLIMERAZA V ( ALBO IV)

10. Germinacja replikacji u E.coli – oriC

11. σ10 σ8 σ64 σ81 zaznaczyć które sigma przedstawia opis ( BYŁO 10 GENOMÓW, MASA 64, CZAS … I COŚ JESZCZE)

12. jaka to mutacja A T ? TRANZYCJA / TRANSWERSJA / insercja / żadne z powyższych

13. neoschizomery TA SAMA SEKWENCJA Z RÓŻNYCH SZCZEPÓw

14. system naprawy DNA – NER (coś o tym jak jest zbudowany)

XPA ;XPC; TFIIH: XPB, XPD (helikazy);RPA (HSSP); XPG, ERCC1/XPF (egzonukleazy); polimeraza DNA δ lub ε ; ligaza.

Mechanizm NER usuwa duże uszkodzenia DNA zniekształcające strukturę podwójnej helisy (ang. bulky distortions). W pierwszym etapie NER uszkodzenie jest rozpoznawane na drodze niezależnej od ATP przez białko XPA, po którym następuje zależny od ATP etap formowania kompleksu "preincision". Do białek wchodzących w skład kompleksu mogą należeć XPC, XPB i XPD, chociaż niewykluczone że część z nich może odgrywać rolę czynników rekrutujących i oddysocjowywać po utworzeniu kompleksu. Następnie duży fragment DNA (około 30 par zasad) jest usuwany przez nukleazę wycinającą (endonukleazę). Endonukleaza (XPG, XPF) nacina nić DNA w dwóch miejscach, kolejność 3’ czy 5’ jest losowa. Następnie usunięty odcinek jest zastępowany na drodze dokładnego parowania zasad, dzięki aktywności enzymu polimerazy DNA δ albo polimerazy ε, w obecności PCNA i RFC. Proces syntezy naprawczej kończy reakcjaligazy, łączącej końce wstawki z resztą nici DNA.

1. Fotoliaza DNA – jakie uszkodzenia, czy 1 czy dwie nici -enzym ten wiąże się z dimerami cyklobutylowymi i zamienia je z powrotem na wyjściowe nukleotydy monomeryczne.

2. Miejscowo specyficzne: BAKTERIOFAG DO CHROMOSOMU , cos takiego

3. Struktura Holliday’a – przez co jest stabilizowana, jaka polimeraza?
   RecA - promuje wymianę nici między cząsteczkami. Jest wymagane do zajścia wszystkich szlaków rekombinacji (rekombinacja chromosomów, plazmidów, naprawa rekombinacyjna)

RecBCD - rozwija DNA, przerw w DNA i degraduje obie nici do napotkania sekwencji Chi

RuvA - odpowiada za związanie połączenia

RuvB , RuvC- odpowiada za migrację połączenia

SSB

POLIMERAZA I DNA

ligaza

1. Coś z UmuD2 indukuje go RecA

2. Dojrzewanie RNA dotyczy: tylko mRNA / ….? / …? /…? –
   • dojrzewanie pre-rRNA- prokariotycznych, eukariotycznych

• dojrzewanie pre-tRNA - prokariotycznych, eukariotycznych

• dojrzewanie pre-mRNA eukariotycznych

1. Coś o splicingu, gdzie występuje – JADRO KOM.

2. Transpozycja elementów Ac AUTONOMICZNY RETROTRANSPOZON / RETROWIRUS ?
    W procesie transpozycji niezbędne są enzymy: polimeraza oraz ligaza.

Elementy transpozycyjne dzielimy na dwie główne klasy:

klasa I: retrotranspozony, które najpierw kopiują się na RNA w procesie transkrypcji, następnie ta cząsteczka RNA jest przepisywana na cząsteczkę DNA w procesie odwrotnej transkrypcji, po czym następuje insercja DNA do genomu.

klasa II: transpozony DNA, które przemieszczają się bez stadium pośredniego wykorzystującego RNA. Istnieją tu dwa mechanizmy transpozycji:

1. ppGpp coś z głodzeniem aminokwasowym- GŁÓD WĘGLOWY I AMINOKWASOWY

2. klasa I enzymów restrykcyjnych SAM ATP i Mg2+

3. reakcja kataboliczna zachodzi dzięki CUKROM

4. Jakas odpowiedź była ŻE START U PROKARIONTÓW ZAWSZE JEST AUG, U EUKARIONTÓW AAG?trzeba było zaznaczyc w tym zadaniu poprawną odpowiedź – NUKLEOTYDY STARTOWE, TRANSLACJA

5. Klonowanie długich insertów, czego używamy? BAKTERIOFAG LAMBDA

6. Dystrofia mieśniowa ?GENY EUKARIOTYCZNE ZAWIERAJĄ INTRONY I TO W PRZEWADZE NAD EKSONAMI

7. Wielkość genomu a liczba genów – U BAKTERII JEST PROPORCJONALNIE, U EUKARIONTÓW NIE MA ŻADNEJ KORELACJI

8. Etapy transkrypcji u eukariotów i prokariotów INICJACJA , ELONGACJA, TERMINACJA

9. Coś o PABP- Poli (A), białko wiążące ( PAB lub PABP )  białko wiążące , które wiąże się z poli (A), ogon z mRNA . ^[ 2 ] poli (A) hydrauliczna znajduje się na końcu 3 ' mRNA.  selektywnie wiąże się z około 50 nukleotydami i stymuluje aktywność  polimerazy . WZMACZNIAJĄ TRANSLACJE

10. Odpowiedź którą trzeba było zaznaczyć: KOMPLEKS ZAMKNIĘTY KOMPLEKS OTWARTY TRANSKRYPCJA

11. Coś o spince… w jakiej formie coś tam występuje

12. Czego potrzebujemy do atentacji ? jedną z odpowiedzi była atenuaza

13. Induktor i rep resor operonu laktozowego: INDUKTOR TO allolaktoza, REPRESOR lacL

14. Fotolizy/ Fotoliazy- co robią ?

15. Promotor E.coli- struktura ?

16. Struktura cAMP – cykliczny adenozynomonofosforan jest nukleotydem składającym się Z ADENINY, RYBOZY I FOSFORANU. Nukleotydy są fosforanowymi pochodnymi nukleozydów, które są połączeniem zasady azotowej z pentozą. Wiązanie estrowe łączy resztę ortofosforanową(V) przy węglu 5’ rybozy z grupą hydroksylową przy węglu 3’ tej samej cząsteczki rybozy. W skrócie nazwę cyklicznego nukleotydu tworzy się umieszczając literkę „c” przed skrótem nazwy nukleotydu.

17. Muchomor- RNA pol. II

18. Białko DICER- co robi ? INTERFERENCJA - MAŁE INTERFERUJĄCE RNA (siRNA) POWSTAJĄ PRZEZ POCIĘCIE OBCEGO DWUNICIOWEGO RNA (NP. WIRUSOWEGO) NA KRÓTKIE KAWAŁKI (21-25 PAR ZASAD) PRZEZ BIAŁKO DICER. . Następnie kompleks białkowy określany jako mikroprocesor rozpoznaje powstające w transkrypcie pre-miRNA struktury szpilki do włosów i tnie cząsteczkę na fragmenty o długości ok. 65 nukleotydów. . Taka szpilka RNA jest transportowana do cytoplazmy, gdzie Dicer przycina ją do odpowiedniej długości (likwidując też pętelke).

19. Pytanie..jesteś magistrem .. ? – sigma 67 ?

20. DNA -> RNA, rysunek

1. sRNA u prokariotów- za co odpowiada ? REGULACJA EKSPRESJi GENÓW

2. Rejon inicjacji E.coli ?

3. Co to lizozym ?

4. Jak sklonować długi odc. DNA ?

5. Katabolizm- reakcja egzoenergetyczna,fermentacja,

Represja-

1. RNA w chloroplaście

2. Co wzmaga precysywność ?

3. RNA i DNA jaka tworzą strukturę ?

4. Zmiana specyficznie miejscowa ? CROSSING OVER

5. Co to enzymy restrykcyjne ?

6. SL1 – 5S rRNA – mechanizm dojrzewania mRNA (nicienie)

7. Kofaktory potrzebne w transpozycji ?

1. 1952 Alfred Hershey, Martha Chase – DNA stanowi materiał genetyczny wirusów

2. Pytano o jakąś kombinację: Tworzenie par zasad: DNA – DNA (forma B helisy) RNA – RNA (forma A helisy) DNA – RNA (forma A helisy)

3. Synteza DNA: wydłużeniu ulega koniec 3’ DNA (5’ 3’)

4. Przykład mutacji punktowej (zmiany sensu) – anemia sierpowata

5. Tranzycja

6. Systemy naprawy DNA. Fotoreaktywacja - DNA fotoliza

7. E. coli – RecA

8. Kod genetyczny jest bezprzerywnikowy

9. Replikacja semikonserwatywna

WZORY

ADENOZYNA