Substraty: dATP, dGTP itp.; semikonserwatywna
Topoizomerazy typu I (przecinające jedną nić) – topoizomeraza I, III
Topoizomerazy typu II (przecinające dwie nici) – topoizomeraza II (gyraza DNA)
Rozpoczęcie inicjacji: oriC; dwukierunkowe; jedno miejsce replikacji, 245 pz, dwa motywy: 9-13; do 9 wiąże się kompleks 30 DnaA, topnienie superzwojów; wspomagają – białka HU;
Kompleks preinicjacyjny – 6 x DnaC (przekaźnik, wspomagacz), 6 x DnaB (helikaza 5’-3’)
Elongacja: synteza tylko 5’-3’; (nić prowadząca to ta od końca 3’ DNA), druga to nić opóźniona.
Polimeraza DNA nie może syntezować DNA bez startera – musi mieć wolny koniec z 3’-OH – wymagane startery.
Aktywność 3’-5’ egzonukleazy – aktywność korekcyjna, naprawa błędów
Aktywność 5’-3’ egzonukleazy – łączenie jednostek nici opóźnionej u prokariontów
Polimeraza DNA I – jedna podjednostka, obie aktywności; replikuje i naprawia DNA, usuwa startery i początkowe nukleotydy fragmentu Okazaki
Polimeraza DNA II – naprawia DNA
Polimeraza DNA III – 10< podjednostek, tylko 3’-5’; główny enzym replikacyjny; podjednostka alfa – aktywność polimeryzacyjna, beta – trzyma rdzeń polimerazy na matrycy (wraz z delta, delta’), eta – aktywność 3’-5’.
Fragmenty Okazaki – fragmenty linii opóźnionej, zaczynane są po ok. 1000-2000 nukleotydów na linii prowadzącej; mają też ok. 2000pz.
Startery – budowane przez prymazę
Kompleks preinicjacyjny + prymaza = prymosom.
SSB – białka zabezpieczające jednoniciowy DNA.
Polimeraza III + prymosom = repliosom
Polimeraza DNA III tworzy dimer, spięty podjednostkami teta.
Ligaza – łączenie fragmentów Okazaki
Białka Tus – białka terminacyjne, rozpoznają miejsca terminacji, nie dopuszczają by widełki przeszły za daleko (jedno białko Tus przepuszcza polimerazę, drugie już je hamuje (wystarczająco luźne z jednej strony)
Topoizomerazy typu I – topoizomeraza III
Topoizomerazy typu II – eukariotyczna topoizomeraza II (gyraza DNA)
Rozpoczęcie inicjacji: wiele miejsc rozpoczęcia.
U drożdży: miejsca ARS (autonomicznie replikujące się sekwencje) z ORC – kompleks rozpoznający, którego subdomeny B2 i B3 replikują się autonomicznie; B2 – odpowiada oriC, topnieje poprzez przyłączenie do B3 białka ABF1
U człowieka: wiele, brak dokładnych info
Dziewięć polimeraz
Polimeraza DNA alfa – 4 podjednostki, brak aktywności, syntezuje startery
Polimeraza DNA gamma – 2, aktywność 3’-5’, replikacja mtDNA
Polimeraza DNA delta – 2/3 pod; aktywność 3’-5’, główny enzym replikacyjny; współpracuje z pomocniczym PCNA, przytrzymuje enzym na matrycy
Startery – polimeraza DNA alfa współpracująca z prymazą
RPA – odpowiednik SSB.
Brak tworzenia dimerów polimeraz; polimeraza delta na ciągłej, eta na opóźnionej;
Fragmenty Okazaki - odpowiadają mniej-więcej nukleosomowi i fragmentowi łączącemu czyli 200 pz.
RFC – czynnik replikacyjny C – kontrola nad dołączaniem i odłączaniem się enzymu z linii opóźnionej.
Endonukleaza FEN1 – usuwanie starterów
RNAza H – degradacja części łańcucha RNA połączonego z DNA
Łączenie bez RNAzy – poprzez odsunięcie ku górze startera i doreplikowanie dalszej części DNA
Terminacja – przez ligację końców łańcuchów polipeptydowych.
Telomerowy DNA – potrzebny, gdyż DNA ulegałoby skróceniu (miejsce budowy ostatniego startera musiałoby znajdować się poza końcem matrycowego DNA bądź nie mógłby ulec przekształceniu jako DNA); dlatego wydłużane przez telomerazę za pomocą specyficznej sekwencji, pomaga w tym białko TRF1, które sygnalizuje, że trzeba wydłużyć DNA, przyłączając się do niego, gdy jest krótkie; telomeraza działa tylko u komórek macierzystych.