Zadania pierwszych inkwizytorów na ziemiach polskich
Na pytanie kiedy dokładnie na ziemiach polskich pojawiły się pierwsze formy instytucji inkwizycji nie znamy dokładnej odpowiedzi. Pewnej podpowiedzi dostarcza nam zapis z bulli Aleksandra IV z 17 kwietnia 1257 roku. W dokumencie tym znajdziemy informacje, że na inkwizytorów do diecezji praskiej i ołomunieckiej zostało wyznaczonych dwóch franciszkanów- Lambert Niemiec oraz Bartłomiej z Brna, których zadaniem było zwalczeni herezji nie tylko w swoich diecezjach ale również na pograniczu Czech i Polski. Ich misja prawdopodobnie polegała na zwalczaniu sekty waldensów, która rozprzestrzeniła się na terenie Czech i zapewne dotarła również do Polski. Ruch ten początkowo propagował w okolicach Lyonu jedynie ubóstwo i nie uznawano ich wówczas za heretyków. Stan ten uległ zmianie gdy bez zgody biskupa rozpoczęli głoszenie Ewangelii co doprowadziło do wyklęcia Piotra z Waldo(przywódca) przez papieża. Skutkiem tego wydarzenia była radykalizacja poglądów waldensów, którzy wystąpili z Kościoła oraz odrzucili ceremoniał mszy świętej. Zaczęli sami udzielać sakramentów, chrzcić, spowiadać oraz propagować ideę, że chleb można błogosławić poza kościołem, podczas codziennych posiłków. Do tego zanegowali istnienie czyśćca i kult świętych. Nie znane pozostają jednak szczegóły związane z przeprowadzeniem Małopolsce lub na Śląsku poszczególnych procesów inkwizycyjnych dotyczących waldensów. Stanowi to sporą stratę gdyż zapiski XVI-wiecznego dzieła Flacciusa Illiricusa potwierdzają, że ideologia waldeńska znalazła wielu wyznawców na ziemiach czeskich, saksońskich, morawskich i polskich. Jedne z tych zapisków wspominają o istniejących jeszcze trzysta lat później księgach inkwizycyjnych świadczących o licznych procesach waldensów na ziemiach polskich.
Nie wiadomo czy Ci sami inkwizytorzy brali udział w zwalczaniu w latach 60. XIII stulecia sekty biczowników. Do powstania tego ruchu znacznie przyczynił się dogmatyzm duchowny wg którego nic nie dzieje się bez przyczyny, a wszystkie kataklizmy i nieszczęścia powstawały za sprawą ludzkiej winy. Wraz z tą doktryną pojawił się obraz Boga karzącego za zepsucie moralne i religijne w straszliwy sposób. Już we wczesnym średniowieczu pojawiło się zjawisko publicznego okaleczania własnego ciała wraz z propagowanie dobrowolnej praktyki ascetyczno-pokutnej. Flagelancie(inaczej biczownicy) wywodzą się z Półwyspu Apenińskiego gdzie pod koniec lat. 50 toczyły się krwawe walki gwelfów i gibelungów pozostawiające po sobie głód i zarazę. Doprowadziło to kilku zdesperowanych i najbardziej radykalnych katolików, przekonanych o tym, że zostali wystawieni na ostatnią próbę przez Boga do zawiązania nowego bractwa. Wędrując od miasta do miasta zachęcali do swych praktyk, zyskując swych zwolenników w jednostkach najsłabszych psychicznie oraz najbiedniejszych. Organizowali tak zwane procesje w których początkowo uwzględniając hierarchię kościelną kroczyli dostojnicy duchowni i świeccy, następnie zakonnicy z krzyżami i chorągwiami. Na samym zaś końcu kroczyli obnażeni do pasa biczownicy, chłostając się swe ciało aż do krwi rzemiennymi biczami często zakończonymi węzełkami z ostrymi kawałkami metalu. Masochistyczne zadawanie bólu służyć miało nawiązanie do pasyjnej mistyki oraz poszukiwaniom duchowego scalenia z Odkupicielem. Ten włoski ruch na początku lat 60. XIII stulecia rozprzestrzenił się na ternach Francji, Austrii, Niemiec, Węgier, Czech i Polski posuwając swe procesje na granice patologii. Wzmiankę o tej sekcie możemy odnaleźć w „Rocznikach” Jana Długosza. Dowiemy się z nich że w roku 1261 na ziemiach polskich pojawiła się sekta biczowników która: „ wyznawała wiele błędów i zdrożności”. Długosz opisuje ją jako ludzi świeckich różnych narodowości organizującą procesję masochistyczną przemieszaną z modłami i śpiewami(każdy we własnym języku). Ponadto mimo, że byli świeccy spowiadali się nawzajem i udzielali sobie rozgrzeszenia. Sekta ta znalazła podatny grunt wśród biedoty miejskiej i wiejskiej.
Nie trzeba było długo czekać na reakcję polskiego episkopatu z arcybiskupem na czele, do którego dotarły informacje o stale zwiększającej się liczbie biczowników oraz o znacznym przekroczeniu tradycyjnej liczby przyjętych sakramentów. Gnieźnieński arcybiskup Janusz zabronił w swej prowincji owych praktyk pod karą klątwy oraz wymógł na książętach polskich aby praktyki te karać więzieniem i konfiskatą mienia. Możliwość wytaczania procesów kościelnych przyniosło szybkie rezultaty w Wielkopolsce, gdzie w ich skutek sekta zaniechała działalności. Wg Długosza część z wielkopolskich biczowników przeniosło się do Małopolski, gdzie biskup krakowski zabronił ich działalności pod groźbą kary, a w innych diecezjach zostali pogardzeni i wyśmiani.