Odpowiedzi na 3,5- części nie jestem pewna, tak więc zachęcam do poprawiania!!!

1. Kinaza polinukleotydowa: żywcem chyba z zeszlego roku:

Który ze zwiazków może byz użyty jako substrat do enzymatycznego znakowania izotopem P32 fragmentu DNA o końcach tępych?

a) dATP znakowany P32 w pozycji g

b) ATP znakowany w pozycji a

c) dGTP znakowany w pozycji a

d) [g-P32] -ATP

e) [a-P32]-dATP

2. Ile klonów przeżyje? Jak wyzej

Dwie próbki E.coli poddano transformacji plazmidem zawierajacym gen AmpR (opornośc na ampicylinę). Do pierwszej próbko dodano niewielka ilośc pozywki i po 2 min wylano na podłoze z ampicyliną .do drugiej również dodano niewielka ilosc pozywki i wylano na podłoze po inkubacji przez 30 min w 37'C. Który wynik jest najbardziej prawdopodobny?

a) szalka z próbką I:300 klonów i szalka z próbka II :300 klonów

b) szalka z próbką I:300 klonów i szalka z próbka II :25 klonów

c) szalka z próbką I:30 klonów i szalka z próbka II :400 klonów

d) szalka z próbką I:0 klonów i szalka z próbka II :300 klonów

e) szalka z próbką I:3000 klonów i szalka z próbka II :30 klonów

Zaznaczyłam d, ale to chyba było żle- powinno chociaż troche się namnożyć, po dyskusji z wami obstawiam c

3. Elektroforeza w żelu agarozowym:

a) ds Dna porusza się tym szybciej im jest krótsze

b) liniowe ds. DNA porusza się szybciej niż odpowiadające mu koliste sdDNA

c) można rozdzielic w celu preparacji DNAo długości 1007 i 1008 pz

d) superzwinięte porusza się szybciej

e)

4. Charakterystyka wektora (http://www.geneservice.co.uk/products/cdna/datasheets/Dros_cDNA/clones.jsp)

a) wektor może być użyty do transkrypcji in vitro przy pomocy polimeraz fagowych

b) zawiera geny markerowe

c) jest kosmidem

d)

e)

Każdy miał inny rysunek, grupa e miała kosmid

5. Eksperyment restrykcyjny:

14µl DNA + 2 wody + 2 r-ru rur enzymem + 2 buforu. Wiedząc ze enzym preferuje 50 mM NaCl można przypuszczac ze w buforze jest

a) 50 mM NaCl

b) 500 mM , bo jest 10 razy bardziej stężony

i inne jaies pierdoly

6. Neurospor haploid ma lucyferazę. Krzyzujemy go ze szczepem dzikim bez lucyferazy. Askospory zbadano PCR pod katem obecności lucyferazy. Można przypuszczac ze gen znajdziemy w

0%

25%

50%

75%

100 %

askospor

Dałam że 100, bo w pytaniu było powiedziane, że startery sa zrobione dla genu lucyferazy- wiec tylko tam się polacza. Ale reki sobie odciac nie dam.

7. M9

a) tylko organiczne

b) tylko nieorganiczne

c) umożliwia hodowle w ściśle zdefiniowanych warunkach

d)

E)

8. FISH

gen wystepuje w pojedynczej kopii. W profazie przeprowadzono FISH w cel jego znalezienia. Zaobserwowano:

a) 4 pary sygnałow

b) 2 blisko siebie położone sygnaly

c) 2 pary sygnalów

d) 2 sygnały

e) 4…

Dałam d, ale to był strzał

9. trawienie' konce 5' wystające' nukleaza s1' terminalna transferaza + DTP' jaki będzie charakter końców?

Ja dalam ze 3' wystające

Ja też

10. ramiona wektora zastępczego z faga lambda maja 30kb. Ile możę mieć insert?

20kb

22kb

…

…

…

11. chcemy chcemy plazmidu gen odporności na chloramfenikol. Wektor ma marker amp®. Czego uzyjemy do selekcji klonu z genem odpornic\sci na chloramfenikol

amp + erytromycyna

amp + chloramfenikol chyba

neomycyna +…

…

…

12. chyba ze 4 restryktazy. Eco r1, xal, nhl, i cos tam

a- A i B to izokaudamery

b- produkty trawienia przez A i B mogą być ligowa\ne przez ligazę T4

c- A i C to izoschizomery

d- produkt ligacji z punktu b może być efektywnie trawiony przez A i B

e- …

Chyba rysunki były poprzestawiane. U mnie te 2 środkowe były izokaudamerami- cięły tak, że to co powstało, dało się potem zligować.

Ale: przeciąć się tymi sami enzymami po zligowaniu nie dało, bo różniły się nukleotydy leżące dalej.

13. student : nie wiem czy czegos nie zamieszam

wektor miał amp® i msc w lacZ' tak ze możliwa była ekspresja aktywnego lacZ'.

Wklonowano do MSC w ramce odczytu cDNA genu X i w celu przeprowadzenia metagenezy kasetowej enzymem jakimstam wycieto ze srodka 35-nukleotydowy fragment

Oddielono to elektroforetycznie

Fosfataza defosforylowano konce

Syntetyczny oligonukleotyd prosto z syntezy (czyt nieufosforylowany) dodano i zlitowano

Transformacja i selekcja

a- klonow bylo zaskakujaco malo - 1-2% w stosunku do kontroli w ktorej ligacji ulegla sam niedefosforylowany wektor

b- klony - rekombinanty byly niebieskie

c- nie byly niebieskie

d- ...

e- ...

Może coś jeszcze, ale zmęczyłam się czytaniem pytania ;)

I nie mam pojęcia czy będzie niebieski.

14. Anemia sierpowta

dziecko z 25% prawdopodobienstwem będzie mialo anemie badanie u rodziców musialo wykazac:

fragment 1.3 u jednego i 1,1 oraz 0,2 u drugiego

1,3 1,1 i 0,2 u obojga bo rodzice SA heterozygotami (Aa Aa)

1,1 u jednego i 0,2 u drugiego

1,1 i 0,2 u obojga

…

15. mapowanie 3' konca

Które czynosci wykonujemy mapując 3', a nie wykonujemy mapując 5'?

-Uzywany rekombinowanego enzymu o aktywności enzymu uzywanego przez retrowirusy do syntezy dna na rna

- denaturacja i elektroforeza dna

- ciecie czegos tam nukleaza S1

-znakowanie polimerazą 1

-..

-..

16 ukladanie klonow po kolei STS

   1   2   3  4  5

A+   +   +

B +        +

C           +      +

D      +       + 

I co w związku z tym a) ABCD b) DABC c) ABDE i c nie pasuje d) DABC  e) DACB 

te plusiki to tak mniejwięcej są nie jestem pewna czy to tak wyglądało 

17. chrmosome walking. Które czynności wybierzesz (niektóre) i w jakiej kolejności je ułożysz żeby otrzyn\mac klony reprezentujące odcinek dna o długości 200kb. Na 1 koncu ma być gen A do którego już masz klon i możesz z niego zrobic sonde, na drugim koncu ma być gen odp za nowotwor piersi

izolacja ludzkiego dna

izolacja dna E.coli

sporządzenie biblioteki w fagu lambda

całkowite trawienie dna ecorI

częściowe trawienie dna bamhI w celu otrzymania klonow~ 20kb

sporządzenie sondy z A przeszukanie biblioteki i subklonowanie w celu otrzymania innej sondy

znow przeszukanie

powtarzamy 2 ostatnie etapy az otrzymamy odpowiednia ilość klonow

Dokładnie. Tylko zastanawiam się po co ecorI, skoro bamhI daje te 20kb kawałki?

Ogólnie:

1.Izolujemy DNA

2.Tniemy enzymem restrykcyjnym

3.Robimy starter

4.Powielamy 1 nić

5.Ten powielony fragmencik będzie się pokrywał z następnym fragmencikiem itp

18 knockout genu. Chcemy zrobic nokaut w myszy. Komorki macierzyste którym (no wlasnie. Dla mnie to brzmiało tak jakby mialo znaczyc: ) mamy zamiar znokautowac gen:

maja gen tk

maja 1 allel dziki i jeden zmutowany

SA odporne na neomycyne

Ale nie jestem pewna.

19.bylo pytanie dotyczace ph 12,35

mielismy dna plazmidowe ktore chcieliśmy wyizolować

- ds. całe chromosomalne dna ulegnie denaturacji do jednej nici;- tak, o to w tym chodzi, ale u tego pana z zasady nie zaznaczam żadnej odpowiedzi, która zawiera w sobie słowo `całe', `wszystkie', `zawsze' itp. ;)

- w tym ph wszystkie koliste dna nie ulegaja dysocjacji

- po zakwaszeniu do ph 7.0 dna plazmidowy asocjuje z dna bakteryjnym;

- po zkwaszeniu do ph 7.0 zdenaturowany dna chromosomalny bakteryjny będzie można łatwo oddzielić od plazmidowego

20. pytanie dotyczylo metody dideoksy sangera ;byla podana sekwencja nici matrycowej i pytali jaka bedzie do niej komplementarna;

Dideoksy Sanger przykładowo

odczyt od góry 5' ATC 3'

       matryca     3' TAG 5' 

---