Na czerwono zaznaczyłyśmy nasze odpowiedzi - Ania C. i Asia M. (obie zaliczyłyśmy to dobrze)

1. było w zeszłym roku - bakterie z plazmidem co ma gen AmpR i jedną próbkę od razu na antybiotyk a drugą po pół godiznie, jaki wynik jest najbardziej prawdopodobny:
odpowiedzi sensowne:
C) pierwsza próbka - 30 klonów na płytce, druga - 400
D) pierwsza próbka - 0, druga - 300

tu ja też zaznaczyłam dwie odp. Ania C. dala tylko D)

2. Plazmid ma gen markerowy AmpR, bierzemy jakiś plazmid co ma geny odporności na ampicylinę, chloramfenikol, erytromycynę, itp, itd, tniemy go i kolekcję fragmentów wklonowujemy w nasz wektor, do komórek i szukamy rekombinantów które dostały gen ooprności na chloramfenikol - jakich podłóż możemy użyć:
A) z ampicyliną
B) z chloramfenikolem i ampicyliną
C) z chloramcenikolem
d) erytromycyna i ampicylina

E) erytro i chloramfenikol

Odpowiedzi B) i C)

3. DNA przecięto nukleazą, która daje lepkie końce, następnie poddano działaniu nukleazy S1 a potem w obecności mieszaniny dNTP terminalnej transferazy. Jakiego typu będą końce fragmentu:
A)  5'ATGECACCCA3'
 3'ATTAc...GG5'
B) tempe końce (tylko, ze narysowane takie coś mniej więcej jak w A z tempymi końcami)
C) końce typu 5'
D)    5'ATGCGTAA3'
  3'ATGTACGCATT5'
E) nie wiadomo

odp. A) a w każdym razie produkt ma mieć 3' konce wystające o dowolnej sekwencji

4. bardzo długie pytanie - mogłem dokłądnie nie zapamiętać:
student chciał zrobić bibliotekę z mutacjami kasetowymi w obrębie jakiegoś genu, zrobił tak:
gen dał do wektora pUC18, wstawił go tak, że nie zaburzał ramki odczytu LacZ', czyli gdy dało sie do odpowiedniej komórki (takiej, w której daje sie prowadzić selekcję biało-niebieską) powstaje aktywna B-galaktozydaza. wyciął kasetę, którą chciał zmienić, oddzielił przez elektroforezę od reszty wektora, wziął wektor bez kasety i kinazą polinukleotydową usunął reszty fosforanowe z 5' końców - żeby nie doszło do samoligacji wektora, po czym dodał synttyczne oligonukleotydy  i pytanie było - zaznaczyć co po tym eksperymencie było, ja zapamiętałem tyle:
A) komórki ze zrekombinowanym wektorem będeą niebieskie (po tej selekcji i wogole)
B) komórki ze zrekombinowanym wektorem będą białe
reszty nie pamiętam

C) zaobserwujemy niska 1-2% ilosc koloni, w porównaniu do eksperymentu w którym nie defosforylowano koncvow wektora

E) nie da się badac aktywności genu

Na pewno dobra jest e) i być może c) która ja zaznaczyłam tez

5. Nukleazy S1 można użyć do mapowania 5' końca transkryptu, analogiczną technikę można zastosować do mapowania 3' końca, zaznacz te etapy, które mają miejsce i terazalbo tam było, że przy mapowaniu tylko 3' końca albo tylko te etapy, które mają miejsce przy mapowaniu 3' kiońca - chyba ta ostatnia wersja
) :
A)cos tam z polimerazą DNA I
B)denaturacja DNA i elektroforeza
C)uzywano a-P32-dATP

D) uzycie g-P32-dATP

E) uzycie rekombinowanego enzymu z wirusa wykorzystującego RNA jako matryce do syntezy DNA

Odp. A) i C)

10. coś o łączeniu kontigów po analizie STS
w tabelce podane sekwencje i na których kontigach występują:
  

1  2  3  4  5
A  + +  +  
B   +  +
C        +   +
D      + +

D-A-B-C? yhm ta jest dobra

11. transgeniczne myszki - nie pamiętam dokładnie, w każdym razie bylo pytanie o komórki macierzyste, które chyba zamierzamy transformować - przaynajmniej ja to tak zrozumiałem
A) mahą jeden allel typu dzikiego a drugi uszkodzony
B) mają oba allele typu dzikiego
C) prowadzimy selekcję w celu wybrania tyh ktorwe ulegly rekombinacji niehomologicznej
D) są odporne na neomycynę
E) posiadają albo nie posiadają gen tk (kinazy tymidylanowej
)

odp. B)

12. Haploidalny neurospora jest transgeniczny, ma wprowadzony gen LUX. krzyżujemy go z dzikim (bez LUX) i robimy analizę PCR askospor (chyba tak się to nazywało)(przeprowadzoną najlepiej jak to tylko możliwe - bez żadnych błędów). U ilu analizowanych askospor będzie gen LUX:
a)0%
b)25%
c)50%
d)75%
e)100%

odp. C)

13. Anemia sierpowata jest powodowana przez recesywny allel genu  czegoś tam - gen dziki nie ma miejsca rozpoznawanego przez restryktazę a gen uszkodzony -ma (albo odwrotnie - uszkodzony nie ma a dobry ma).
gen normalny daje prążek odpowiadający dlugości n kpz a uszkodzony daje dwa prążki o rozmiarach u1 kpz i u2 kpz
żeby dziecko mialo anemię z 25% prawdopodobiestwem to jaki musi powstać obraz po analizie RFLP materiału rodziców:

Tu oboje rodzicow muszą być heterozygotami, wiec prawodlowa odpowiedz to ta gdzie oboje będą mieć trzy paski w Southernie 1,3; 0.2; 1.1;

14. met. FISH -komórka w stanie profazy podziału mitotycznego i sonda wyznakowana fluorescencyjnie, co zaobserwujemy:
A) 2 pary sygnałów
B) 2 sygnały blisko siebie
c)4 pary sygnałów
d)4 sygnały blisko siebie
E) coś tu jeszcze było
Odp. A)

15. Wektor

1. jest cosmidem

2. można prowadzic transkrypcje In vitro za pomoca enzymow fagowych

3. ma gen markerowy

4. można pozyskiwac jego wieksze ilości hodując w bakterii

5. pozwala na bedanie aktywności promotorow prokariotycznych w Komorkach eukariota

W mojej grupie poprawne były : B) C) amp^r d) ori e) miał gen cat

16. Znamy sekwencje genu oddalony od genu powowdujacy nowotwor o 200kb Co należy zrobic by poznac sekwencje genu?

A-podzielic genom BamH! na frg. 20kb

B-strawic genom całkowicie za pomoca EcoRI

c-wyizolowac DNA człowieka

D-wyizolowac Dna bakterii

E-zrobic biblioteke genomowi za pomoca faga lambda

F-powtarzac dwa poprzednie procesy do uzyskania odpowiedniej ilości klonu

G-Northern bloking sonda z genu

H-przeszukanie biblioteki sonda z genu, potem izolowanie klonu ktory zhybrydyzowal

I-subklonowanie fragmentu z konca izolowanego klonu jako sondy do nowego przeszukania biblioteki i odnalezienia nowego klonu

Ja mialam c, a, e, h, i, f no i to jest dobrze

17. Izolując plazmid z bakterii w pH 12 zachodza procesy:

1. dysocjuje caly DNA

2. caly kolisty DNA nie ulega dysocjacji

3. po zakwaszeniu do pH7 można odzieli denaturowane DNA chromosomu od DNA plazmidu

4. po zakwaszeniu do pH7 można odzieli denaturowane DNA plazmidu od DNA chromosomu

5. dysocjuje superzwiniety

Odp. C)

18. Pozywka M9

a)zdefiniowana

b)tylko organiczne składniki

c)tylko zw. mineralne

d)po dodaniu glukozy dostaniemy pożywkę LB

e)

tylko A)

19. Elektroforeza

a)można oddzielic fragmenty 1007 i 1006

i inne pierdol które były oczywiste

20. kinaza polinukleotydowa wykorzystuje

g-P32-ATP Czy COŚ jeszcze? Nie, tylko to!!

---