Biologia molekularna

• Białko p24 – HIV

• Białko p 53- strażnik genomu, gen supresorowy, w fazie G1/S opóźnia przebieg cyklu umożliwiając naprawdę DNA, w fazie G2/S- zapobiega złamaniom chromosomów.

• Białko pRB- aktywne w formie ufosforylowanej. (hipo i hiperufosforylowana).

• CAK- kinaza aktywująca cdk (kinazy cyklino zależne).

• INK 4- hamuje kinazy zależne od cykliny D.

• Cip/Kip- inaktywują Cdk2 zależne od A i E.

• Gruczolak przytarczyc- więcej cykliny D1.

• Rak wątroby- insercja genu cykliny A.

• Zaburzenia proliferacji limf T u zarażonych wirusem Epsteina Barra- więcej cykliny D.

• Autoprotoliza- aktywowanie się nawzajem Kaspaz.

• HAMUJĄCE APOPTOZĘ:

• Bcl 2- antyapoptotyczne

• IAP – hamowanie Kaspaz.

• Białka szoku cieplnego cytozolowe HSP60, HSP27- antyapoptotyczne.

• PROMUJĄCE APOPTOZĘ:

• BAX- proapoptotyczne

• Smac/Diablo- hamują IAP.

• Omi/Htra- degradują IAP.

• Białka szoku cieplnego HSP60 mitochondrialne- aktywują apoptozę.

• Bid- białko łączące szlak wewnętrzny i zewnętrzny apoptozy.

• Wirus brodawczaka, wirus ospy krowiej- hamują apoptozę.

• Wirus Epsteina Barra, wirus mięsaka Kaposiego- wytwarzanie białek homologicznych do Bcl 2. (zapobiega apoptozie).

• Choroba Alzheimera- mutacje genów APP, PSEN1, PSEN 2. (sekretarzy alfa, gamma, krótsze białko tau tworzy nieprawidłowe włókniste struktury)

• Zespół Huntichsona- Gilforda- mutacje geny LMNA- laminy.

• Zespół Wernera- mutacje genu WRN (helikazy)

• Apoptoza indukowana w sercu: niedokrwienie, hipoksja, czynniki toksyczne.

• Wzrost Ca2+ w komórkach sprzyja apoptozie.

• Apoptoza: Alzheimer, Parkinson, Huntington, Lou- Gehringa.

• Apoptoza zahamowana: nowotwory, infekcje wirusowe, przewlekła białaczka szpikowa.

• Tp53, Rb- suplesowy kontrolujące punktu kontrolne podziału (g1/s, g2/m)

• Geny mutatorowe- niepolipowaty rak jelita grubego (HNPCC), rak okrężnico- odbytniczy (MSH1, MCH1, PMS1, PMS2, MHS6- glejak wielopostaciowy)

• Protoonkogeny produkują: białka G, receptory cytoplazmatyczne, czynniki wzrostu, białka wykazujące aktywność kinazy serynowo tyrozynowej, czynniki transkrypcyjne.

• (protoonkogeny) mutacja Ki- Ras – gruczolak trzustki. Amplifikacja N-MYC- nerwiak zarodkowy, translokacja C-MYC- Chłoniak Burkitta.

• Onkogenne retrowirusy- zwierzęta: RSV (wirus mięsaka Rousa, v-SRC), BLV- wirus białaczki bydła. Człowiek: HPV- wirus brodawczaka, EBV- Epsteina Barra, KSHV- mięsaka Kaposiego, BV- wzw B.

• BRCA1,BRCA2- dziedziczny rak sutka i jajnika.

• VEGF- czynnik wzrostu naczyń, uwalniany w angiogenezie.

• Promieniowanie jonizujące- tworzą się wolne rodniki.

• Promieniowanie ultrafioletowe- tworzą się dimeru pirymidynowe.

• Rak jelita grubego: utrata APC, hipometylacja Dna, aktywacja Ki-Ras, utrata DDC, utrata p53.

• Zespół Lyncha 1- rak tylko jelita grubego.

• Zespół Lyncha 2- rak jelita grubego, żołądka, nerek, skóry, jajnika.

• Rodzinna polipowatość jelita grubego- gen APC.

• Mutacja genu APC- akumulacja B- Kateniny w jądrze.

• Glejak pierwotny- mutacja EGFR.

• Glejak wtórny- mutacja TP53.

• Skąpodrzewiaki anaplastyczne- LOH1- jest wyznacznikiem odpowiedzi na terapię.

• BRCA1, BRCA2, CHEK2, TP53- rak sutka.

• Erb B2- HER 2- bardziej agresywny przebieg, szybciej pojawiają się przerzuty, krótszy czas przeżycia, lek: herceptyna.

• GIST- nowotwór mezenchyma lny podścieliska przewodu pokarmowego- mutacja genu C-KIT.

• Zespół Li Fraumeni- mutacja TP53. Rozwój szeregu nowotworów. ( nie ma leków, które dotyczą genów supresorowych).

• Fakomatozy- zespoły mięśniowo- skórne- stwardnienie guzowate- mutacja TSC1, TSC2. SEGA- gwiaździak podwyściółkowy olbrzymiokomórkowy.

• Nerwiakowłókniakowatość- obwodowa NF1, ośrodkowa NF2.

• Utrata heterogotyczności – utrata 1 allela, widać to na żelu agarozowym.

• Gen reporterowy- nadaje komórkom cechy ułatwiające wykrycie ich, np. białko zielonej fluorescencji.

• Limit Hayflicka- komórka ma określoną ilość podziałów.

• Z moich notatek z zajęć:

• SNP- niespecyficzny polimorfizm dotyczący pojedynczego nukleotydu w jednym miejscu w DNA.

• Peptyd sygnałowy- służy do transportu białka do miejsca docelowego.

• Zmiany epigenetyczne- nie zmienia sekwencji, ale zmienia się struktura. Np. metylacja DNA- dna jest zwarte, nie może się przyłączyć polimeraza ani czynniki transkrypcyjne.

• Mutacje dynamiczne- zwielokrotnienie liczby powtórzeń trójnukleotydowego DNA, np. pląsawica Huntingtona, zespół łamliwego chromosomu X. (antycypacja- coraz dłuższe powtórzenia z każdym pokoleniem).

• Gen RAS- GTP zależna kinaza uczestnicząca w przekazywaniu sygnału wewnątrz komórki, aktywacja RAS jest wynikiem mutacji punktowej w kodonach: 12, 13 lub 61 genu k-Ras.

• Chromosom Filadelfia- transkolacja 9:22, powstanie fuzyjnego genu Bcr-Abl. – przewlekła białaczka szpikowa, Glivec- lek, inhibitor kinazy tyrozynowej BCR-Abl.

• GIST- mutacje genu KIT, chorzy z mutacją w 11 eksonie- lepiej odpowiadają na leczenie.

• Rodzinna polipowatość jelita grubego- także mutacja genu MUTYH (20%).

• Glioblastoma- w dzieci mutacja w genach mutatorowych, u dorosłych- supersorowych? Ale niewiadomo w sumie.

• TSC1, TSC2- działają w komórce jako kompleks, hamują szlak sygnałowy w komórce mTOR, SIROLIMUS (rapamycyna).

• Geny mutatorowe: zespół Louis-Bar- gen ATM, zespół Nijmegen- gen NBM.

• Toczeń- zaburzenie usuwania produktów apoptozy.

• Klony różnią się genomem mitochondrialnym.

• Rośliny transgeniczne: plazmid TDNA- integruje się z genomem komórki roślinnej.

• Szczepionki: WZWB- tytoń, sałata; cholera, biegunki: tytoń, ziemniak; wścieklizna- tytoń, szpinak; HIV, grypa- tytoń. Generalnie można strzelać w ciemno w tytoń, bo z tego robi się wszystko.

• Terapia germinalna jest zabroniona.

• Adenowirusy- nie integrują się z genomem, w komórkach dzielących się i nie dzielących się, krótkotrwala ekspresja, cytotoksyczność, reakcje immunologiczne, duża wydajność ekspresji i transdukcji.

• Retrowirusy RNA- integrują się z genomem, stabilna ekspresja, komórki dzielące się, przypadkowa integracja, mutacje inercyjne, kancerogenność.

• Niewirusowe: liposomy – niepatogenne, brak reakcji odpornościowej, niska wydajność integracji i transekcji.

• Choroba Parkinsona- geny: A- synukleina, parkina, UCHL-1. Mikroskopowo Ciałka Levy’ego, neuryty Levy’ego.

• Acetylacja histonów- rozluźnia strukturę chromatyny, DNA staje się bardziej dostępny dla czynników transkrypcyjnych i polimeraz.

• Białka re modelujące- pomagają odsłonić promotor.

• Odpowiedni wzór modyfikacji histonów może być dziedziczony. Kod histonowy?

• Metylacja Dna- wyspy CpG. Metyzacja cytozyny- odwracalna.

• Hipometylacja promotorów- aktywne geny; hipermetylacja genów- nieaktywne geny.

• Zespół Angelmana- oba fragmenty chromosomu 15 pochodzą od ojca, brak ekspresji.

• Zespół Prader- Willego- oba fragmenty chromosomu 15 pochodzą od matki, brak ekspresji.

• LoI- gen, którego ekspresja powinna być monoalleliczna jest bialleliczna.

• LOH- delecja jedynej funkcjonalnej kopii genu supresorowego.

• Guz Wilmsa- złośliwy nowotwór nerki, disomia 11p15, LOI genu IGF2.

• Neuroblastoma- delecja matczyna 1p36 zawierającego jedyną kopię genu supresorowego p73.

• Hipometylacja w nowotworach.

• siRNA- wyciszanie ekspresji genów; terapie celowane w nowotworach.

• miRNA (mikro RNA) - określają specyficzny dla danej komórki profil ekspresji genów, mogą funkcjonować jako onkogeny i supresory.

• Kod epigenetyczny- modyfikacje histonów, metyzacja DNA, ekspresja ncRNA.

• Epigenetyczna regulacja ekspresji genów - zmiana ekspresji genu, która zachodzi bez zmiany sekwencji DNA