Zagadnienia na kolokwium zaliczeniowe

1. Budowa komórki eukariotycznej i prokariotycznej
2. Budowa DNA – wzór strukturalny
3. Enzymy restrykcyjne
4. Izolacja DNA – metody
5. Elektroforeza DNA – metody
6. Oznaczanie mas cząsteczkowych makrocząsteczek przy pomocy elektroforezy
7. Mapowanie restrykcyjne (literatura: Genomy, Brown)
8. PCR na podstawie wykładu i materiałów do ćwiczeń
9. Zadania

*********************************************************************

Pytania z wejściówek + pytania z kolokwium z zeszłego roku:

1.Rodzaje specyficzności enzymów restrykcyjnych
2.Metoda wyznaczania masy molekularnej cząsteczek przy użyciu krzywej... (chodzi o ten wykres w instrukcji do cw5)
3.Zapisać mapę restrykcyjną DNA o długości 4500 pz, który jest cięty:
- przez jeden enzym na fragmenty o długości: 600, 2100 i 1800 pz
- przez drugi enzym na fragmenty o długości: 2500, 1500, 500
- przez oba razem na fragmenty: 100, 300, 500, 1500, 2100
4.Analiza fragmentów restrykcyjnych – sposób postępowania
5.Rodzaje enzymów restrykcyjnych
6.Jak wyznaczamy masy cząsteczkowe DNA?
7.Jak korzysta się z krzywej wzorcowej?
8.Wyznaczanie mas cząsteczkowych białek – zastosowanie krzywej wzorcowej
9.Komórka eukariotyczna - wymienić struktury i ich funkcje
10.Jakie jest stężenie % 2M roztworu MgSO4?
11.Wiązania w cząsteczce DNA - z rysunkami)
12.Jak alkohol wpływa na DNA?
13.Jakich substancji używamy do odbiałczania DNA i jakie pełnią one funkcje?
14.Komórka prokariotyczna - wymienić struktury i ich funkcje.
15.Ilu molowy jest 20% roztwór KH2PO4
16.Budowa DNA (rysunek)
17.Denaturacja DNA
18.Dlaczego przy izolacji DNA nie używamy inhibitorów nukleaz?
19.Elementy kom. eukariotycznej
20.Jakie jest stężenie % 2M roztworu MgSO4?
21.Jak są parowane zasady w DNA (trzeba było narysować DNA)
22.Jaką funkcję mają związki organiczne: fenol i chloroform w izolacji DNA
23.Funkcja proteaz w izolacji DNA
24.Kom prokariotyczna - elementy i ich funkcje, w jedym zdaniu określ różnicę między komórką eukariotyczna a prokariotyczną
25.Ilu molowy jest 20% roztwór KH2PO4
26.Narysować wzory nukleotydów
27.Schemat izolacji DNA z opisem glównych czynności
28.Po co wykonujemy odbiałczanie podczas przygotowywania DNA do izolacji?
29.Zasady pipetowania powyżej 1 ml
30.Rozmieszczenie probówek w wirówce.
31.Porządkowanie miejsca pracy
32.Cięcie DNA enzymami restrykcyjnymi.
33.Stłucze się termometr - co robić?
34.Zasady wirowania
35.Co robić w przypadku zanieczyszczenia/poparzenia oczu?
36.Typy enzymów restrykcyjnych i nazewnictwo
37.Zasady pipetowania cieczy o objętości poniżej 1ml.
38.Prowadzenie dziennika laboratoryjnego
39.Musisz wylać niewielką ilość kwasu. Jak postępujesz?
40.Zastosowanie enzymów restrykcyjnych w biologii molekularnej
41.Zasady postępowania z fenolem
42.Zasady korzystania z wagi analitycznej
43.Utylizacja odpadów
44.Nukleazy - definicja, rodzaje, przykłady
45.Narysować DNA (dla trzech nukleotydów z komplementarnymi zasadami)
46.Etapy elektroforezy wraz ze stężeniem agarozy itd...
47.Etapy izolacji DNA
48.Były podane dwa startery i trzeba było dla nich PCRa zaprojektować (350pz)
49.Co to jest liza komórki i trawienie białka
50.Co to jest PCR - tu chyba trzeba całą metodę podać...
51.Podaj podobieństwa i różnice między denaturacją DNA, a denaturacją białka
52.Wyjaśnij: Denaturacja DNA, Izolacja DNA
53.Narysować sekwencję DNA TTC
54.Agaroza- zastosowanie, stężenia, sposób przygotowania
55.Trawienie białek a odbiałczanie- skutki, zastosowanie
56.Nazewnictwo enzymów restrykcyjnych
57.Dlaczego w reakcji PCR powstaje akurat taki produkt?
58.Napisać warunki PCR dla reakcji i wybrać polimerazę (i były podane 2 startery i po ilu nukleotydach koniec)
59.Takie zadanko które dało sie łatwo rozwiązać wzorem C1*V1=C2*V2
60.Narysować sekwencję nici DNA ATG
61.Czym są enzymy proteolityczne i enzymy nukleolityczne, funkcje, zastosowanie, przykłady
62.Wyjaśnić pojęcia odbiałczanie, trawienie DNA
63.Jakiego typu enzymu restykcyjnego należy użyć do pocięcia długiego fragmentu DNA na małe kawałki?
64.Dlaczego w procesie PCR powstaje wiele kopii jednego fragmentu?

Grupa 4:
1. Narysować sekwencję DNA (ja miałam TTC)
2. żel agarozowy- zastosowanie, stężenia, sposób przygotowania
3. Trawienie białek a odbiałczanie- skutki, zastosowanie
4. Nazewnictwo enzymów restrykcyjnych
5. Dlaczego w reakcji PCR powstaje akurat taki produkt?
6. Napisać warunki PCR dla reakcji i wybrać polimerazę (i były podane 2 startery i po ilu nukleotydach koniec)
7. Takie zadanko które dało sie łatwo rozwiązać wzorem C1*V1=C2*V2
8. Wyjaśnij pojęcia: stężenie i ilość DNA oraz inhibitor

Inne pytania, które wiem, że były:
1. wyjaśnij pojęcia: liza komórki i denaturacja
2. Jakiego typu enzymu restykcyjnego należy użyć do pocięcia długiego fragmentu DNA na duże kawałki?
3. Narysować sekwencję nici DNA GAC
4. Specyficzność enzymów restrykcyjnych
5. Izolacja DNA – wymienić etapy i opisać
6. Elektroforeza – opisać, co to jest rozdzielczość i stężenie żelu agarozowego