Gr A:
1. Które z poniższych produktów odpowiednich enzymów, można poddać znakowaniu a-dATP:

- podane nazwy enzymów restrykcyjnych ia w nawiacie sekwencje które rozpoznają i zaznaczone gdzie tną

2. Które zdanie nie prawdziwe (o fag lambda)
a) wyizolowanie prowadzi do lizy komórki
b) zawiera wszystkie enzymy potrzebne do interacji z DNA i xzniszczenia komórki
c) nie zawiera tego co wyżej
d)
e)

3. Nokaut genu mysiego prowadzi do tego że:
a) jest odporny na gancyklowir i G418
b)wrażliwy na gancyklowir i odporny na G418
c)odporny na gancylkowir i wrazliwy na G418
d)hetero-cośtam
e) homo- cośtam (zygotyczny?)

4. co znajduje sie u drożdzy: (z rysunkiem)
a) ORI
b)amp (r)
c)URA3
d)ARS
e) polilinker

5. Do czego można wykorzystać PCR

6. Do 15ul mieszaniny dodano po 2ul buforu, r-ru z enzymem i wody dest. jeśli wiadomo że stężenie NaCl odpowiednie dla danego enzymu wynosi 100 ml to jakie stężenie musiało być w buforze wyjściowym.
a) 100mM
b) 50 mM
c) 1000 mM
d)500mM
e) za mało danych by to stwierdzić

7. dwa enzymy restrykcyjne jeden tnie x: AT*GCA drugi y: T*GC.
a) po pocięciu tymi enzymami i ligacji enzym x bedzie rozpoznawał wszystkie fragmenty
b) to samo tylko y bedzie rozpoznawał
c) generują końce tak ze wszystkie fragmenty można ze sobą połączyć
d)
e)

8. Do mieszaniny reakcyjnej technique cycling system (?) wymagana jest obecność:
a) dNTP
b) fragment klenowa
c) 4 dideoksynukleotydy
d) tylko 1 dideoksy nukleotyd
e) cośtam

9. Który z poniższych można użyć do znakowania izotopem P32

a) a- dATP
b) a- ATP
c) a-GTP
d) gamma- dGTP
e) gamma - ATP

10. Wyciszenie genu, które prowadzi do zmiany sekwencji: (nie jestem pewna czy tak brzmiało to pyt;p)

a) nokaut
b) nadmierna ekspresja genu dominującego
c) nadmierna ekspresja genu recesywnego
d)
e)

mira w 8-mym było jakoś, że w "pojedynczej mieszaninie reakcyjnej"...

A w 6 trochę inaczej z tą treścią...
6. Do 14ul mieszaniny dodano po 2ul buforu, r-ru z enzymem i wody. Jeśli wiadomo że stężenie NaCl odpowiednie dla danego enzymu wynosi 100mM to jakie stężenie musiało być w buforze wyjściowym. (i prawidłowa odp. oczywiście że 1000mM)

W 5 przy odpowiedziach było jakoś tak:
a) do namnażania RNA
b) do izolowania materiału genetycznego prokariotów
e) do wszystkich podanych powyżej można zastosować PCR

A 10 pytanie nie tak brzmiało Było to coś o zamianie sekwencji genu. Przez co ją chyba można uzyskać?
i pamiętam że ostatnia odpowiedź to była jakaś konwersja z dziwnymi skrótami...

10. Chodzilo o to, ze ktore dzialanie bedzie skutkowalo zmiana sekwencji. Odpowiedzi to
a) nokaut
b) interkalacja
i to co mira chyba napisala to tez

7. d) utworza konce nie komplementarne (nie nasteapi ligacja)
8. e) NTP
2. to inaczej pamietam.
a) wektory lambda powoduja lize komorki przy wydostawaniu sie z niej
b) pochodne faga lambda zawieraja sekw. dot. integracji i wyciecia z genomu gospodarza
c) pochodne faga lambda moga miec wielkosc 53kb
d)

Oto pytania z 2007 roku, wiekszosc jak nie calosc byla teraz na pierwszym terminie:

!!! PISZCIE JAKIE ODPOWIEDZI UWAZACIE ZA POPRAWNE !!!

1) Nokaut genu mysiego spowoduje, że komórki macierzyste będą:
a) odporne na G48 i odporne na gancyklovir
b) odporne na G48 i wrażliwe na gancykovir
c) wrażliwe na G48 i odporne na gancyklovir
d) homozygotyczne względem genu znokautowanego
e) heterozygotyczne względem…genu znokautowanego

2) Rysunek wektora (Shuttle Victor)- co jest charakterystyczne tylko dla drożdży?
a) ori
b) ampR
c) ura3
d) ars
e)

3) Jaka może być maksymalna długość insertu, który można wklonować do kosmidu?
a) 8kb
b) 40kb
c) 150kb
d) 23 kb
e) 20 kb
f)
4) Rysunek prążków po trawieniu EcoRV i elektroforezie w żelu agarozowym w obecności bromku etydyny:
a) krótsze fragmenty wędrują wolniej
b) dłuższe fragmenty wędrują szybciej
c) fragment DNA miał w sumie 58,502kb
d) bromek etydyny przyłącza się kowalencyjnie do cząsteczek DNA
e) jest 5 miejsc restrykcyjnych, które mogą być trawione przez EcoRV

5) Jaka technika może być użyta do inaktywacji genu bez uszkodzenia jego sekwencji?
a) nokaut genu
b) nokaut genu z systemem rekombinacji LOP-Cre
c) interferencja RNA
d) nadekspresja produktu allelu dominującego negatywnego
e) nadekspresja produktu allelu recesywnego negatywnego

6) Co jest wykorzystywane w technice RACE?
a) oligo T
b) odwrotna transkryptaza
c) DTP
d) fragment Klenowa polimerazy DNA I
e) sekwencja komplementarna do odcinka startera


7) Cechy charakterystyczne dla ligazy:
a) syntetyzuje DNA na matrycy RNA
b) potrzebuje ATP lub NAD+
c) z taką samą efektywnością łączy końce lepkie, jak i tępe
d) tworzy wiązanie pomiędzy grupa 5’-OH a 3’-fosforanową
e) żadna z powyższych

8) Jakie czynniki są użyteczne w technice Sangera?
a) dNTP
b) 2’3’- dideoksynukleotydy wszystkich 4 nukleotydów
c) 2’3’- dideoksynukleotyd jednego z 4 nukleotydów
d) trifosforany nukleozydów
e) 2’,5’- dideoksy analogi
f)
9) Haploidalny szczep Neurospora jest transgeniczna pod względem genu lucyferazy. Nie występuje w szczepie dzikim. Został transgeniczny szczep skrzyżowany ze szczepem typu dzikiego a powstałe askospory poddano analizie PCR. Zakładając, że PCR przeprowadzono w sposób optymalny można przepuszczać, że udział askospor, dla których zidentyfikowano specyficzny produkt wynosi:
a) 0%
b) 25%
c) 50 %
d) 75%
e) 100 %

10) Mamy opisany eksperyment restrykcji jakiegoś faga. Najpierw 14ul DNA w probówce. Do tego dodajemy kolejno: 2ul buforu i 2 ul roztworu z enzymem. Skoro optymalne stężenie NaCl dla enzymu to 100mM to jakie było wyjściowe stężenie tej soli dodawanym buforze?
a) 200mM
b) 1000mM
c) 50mM
d) 500mM
e) trudno powiedzieć bo za mało informacji

11) Enzym restrykcyjny ClaI rozpoznaje sekwencje AT- CGAT i trawi wiązanie fosfodiestrowe pomiędzy resztami T i C. Enzym restrykcyjny TaqI rozpoznaje sekwencje T- CGA:
a) fragmenty powstałe po trawieniu enzymami są w części komplementarne
b) fragmenty powstałe po trawieniu enzymami są w całości komplementarne
c) ClaI i TaqI są izoschizomerami
d) dowolne fragmenty powstałe po trawieniu ClaI i TaqI mogą być ligowane i następnie trawione ClaI
e) dowolne fragmenty powstałe po trawieniu ClaI i TaqI mogą być ligowane i następnie trawione TaqI


12) Wektor plazmidowy poddano linearyzacji enzymem EcoRI został użyty do ligacji z DNA powstałym w wyniku hybrydyzacji dwóch syntetycznych oligonukleotydów. Syntetyczny dsDNA został tak zaprojektowany, że posiada końce identyczne z końcami wektora EcoRI. Mieszaninę poligacyjną poddano transformacji komórki bakteryjne i wylano je na podłoże zawierające odpowiedni dla wektora antybiotyk. Które ze stwierdzeń jest nieprawdziwe?
a) wśród powstałych klonów można było zaobserwować klony zawierające wektor pozbawiony insertu
b) wśród powstałych klonów można było zaobserwować klony zawierające rekombinowany wektor z wbudowanym jednym fragmentem
c) wśród powstałych klonów można było zaobserwować klony zawierające wektor z wbudowanymi kilkoma fragmentami
d) ligacji jednego fragmentu i cząsteczki wektora towarzyszy powstanie czterech wiązań fosfodiestrowych
e) ligacji jednego fragmentu i cząsteczki wektora towarzyszy powstanie dwóch wiązań fosfodiestrowych


13) Przy pomocy techniki primer extension można mapować 5’ koniec transkryptu. W tym celu można też posłużyć się techniką wykorzystującą nukleazę S1. Która z podanych informacji jest nieprawdziwa dla pierwszej z wymienionych technik?
a) denaturacja DNA i elektroforeza
b) hybrydyzacja
c) wariant tej techniki można wykorzystać do mapowania 3’końca
d) użycie rekombinowanego enzymu odwrotnej transkryptazy
e)

14) Do czego można użyć techniki PCR?
a) do RFLP
b) do konstruowania sondy w celu przeszukiwania biblioteki cDNA
c) do powielania fragmentu RNA, gdy znamy sekwencje okalające
d) do powielania sekwencji genu (np.: prokariotycznego)
e) wszystkie odpowiedzi są prawdziwe

15) Było podane 5 enzymów restrykcyjnych. Wskazać, które mogą być użyte, żeby otrzymać lepkie końce?
a) EcoRI
b) BalII
c) PstII
d) jakiś enzym trawiący sekwencję CCC-GGG i dający końce tępe
e) HindIII

16) Co jest nieprawdziwe dla faga lambda?
a) do wektora jego pochodnej można wklonować insert o długości 53kb
b) po jego replikacji w komórce gospodarza powoduje lizę komórki
c) pochodne faga lambda mogą służyć do klonowania cDNA i DNA genomowego
d) większość pochodnych faga lambda jest pozbawiona insertu odpowiedzialnego za lizę komórki gospodarza
e) pochodne faga lambda mają inserty, które umożliwiają mu wbudowywanie się do komórki

17) Rysunek wektora pGEM i wskazać cechy prawdziwe:
a) jest kosmidem
b) ma gen markerowy
c) może być użyty do otrzymywania ssDNA
d) może być użyty do badania aktywności promotorów eukariotycznych
w komórkach prokariotycznych


18) Po PCR otrzymujemy fragment zawierający AAA na 3’ końcu. Czego należy użyć, aby w 1 etapie otrzymać DNA o końcach tępych i wbudować do wektora, którego końce zaopatrzone są w sekwencję złożoną z TTT?
a) terminalna transferaza
b) dTTP
c) odwrotna transkryptaza
d)
e)

19) Czym możemy znakować 5’ koniec produktu otrzymanego po PCR?
a) [α 32P]dATP
b) [γ 32P]ATP
c) dGTP znakowany w pozycji α
d) [γ 32P]dATP
e) [α 32P]ATP

20) Po trawieniu nukleazą S1 i enzymem Bal31 otrzymujemy jakiś fragment. Wskazać jaka musi być sekwencja – sekwencja jako taka nie jest istotna, trzeba wiedzieć tylko, że fragment wyjściowy przed trawieniem nukleazą S1 posiada końce lepkie, natomiast po trawieniu nukleazą S1 otrzymamy produkt z końcami lepkimi. Natomiast użycie enzymu Bal31 nie zmieni charakteru tego produktu, bo enzym ten zdolny jest do odtrawiania końcowych nukleotydów na obu końcach w dwuniciowym DNA, jest to endonukleaza o pozornych właściwościach egzonukleazy.

!!! PISZCIE JAKIE ODPOWIEDZI UWAZACIE ZA POPRAWNE !!!

Dobra na podstawie tych zdjęć udało mi się odtworzyć zestaw pytań z grupy B. Myślę, że wspólnymi siłami rozwalimy te pytania raz dwa:

1. W celu przeprowadzenia trawienia enzymem restrykcyjnym XYZ do 14ml próbki zawierającej DNA dodano 2 ml odpowiedniego dla tego enzymu buforu 2 ml roztworu zawierającego enzym i 2 ml wody destylowanej tak przygotowana mieszanina reakcyjna pracowała na optymalnych parametrach i z dużą wydajnością substratową. Wiedząc, że optymalne dla enzymu XYZ stężenie NaCl wynosi 100mM można wywnioskować iż w buforze wyjściowym wartość stężenia tej soli wynosi:
a) 100mM
b) 1000mM
c) 50mM
d) 500mM
e) trudno powiedzieć bo za mało informacji

2. Które z podanych poniżej enzymów będą dawały produkty, które można poddać, bez dodatkowych zabiegów, radioaktywnemu znakowaniu przy pomocy [a 32P] – dATP i fragmentu Klenowa? W nawiasach podano sekwencje, dla uproszczenia tylko jednej z nici, rozpoznawanej przez odpowiednie enzymy, gwiazdka oznacza położenie trawionego wiązania fosfodiestrowego.
a) EcoRI (GA*ATTC)
b) PstI (CTGCA*G)
c) SmaI (CCC*GGG)
d) HpaII (C*CGG)
e) BglII ( A*GATCT)

3. Pojedyncza mieszanina reakcyjna stosowana w thermal cycle sequencing musi zawierać.
a) dNTP
b) trifosforany rybonukleozydów
c) 2’,3’-didezokswyanalogi czterech nukleotydów
d) 2’,3’-didezokswyanalog jednego z czterech nukleotydów
e) fragment Klenowa

4. PCR jest techniką, która może być użyta do:
a) bezpośredniego powielenia fragmentu RNA, jeżeli znamy sekwencje sąsiadujące z tym fragmentem
b) przygotowania sondy DNA do przeszukania biblioteki cDNA
c) bezpośredniej izolacji (powielenia) fragmentu genu prokariotycznego
d) przygotowania, która posłuży analizy polimorfizmu długości fragmentów restrykcyjnych (RFLP)
e) Przeprowadzenia wszystkich eksperymentów, wymienionych w punktach A), B), C) i D)

5. Jeden z etapów doświadczenia, którego celem jest nokaut mysiego genu, prowadzi do selekcji komórek macierzystych, które są:
a) oporne na działanie antybiotyku G418 i oporne na działanie związku chemicznego noszącego nazwę gancyklowir
b) wrażliwe na działanie antybiotyku G418 i oporne na działanie związku chemicznego noszącego nazwę gancyklowir
c) oporne na działanie antybiotyku G418 i wrażliwe na działanie związku chemicznego noszącego nazwę gancyklowir
d) homozygotyczne względem genu poddawanemu nokautowi
e) heterozygotyczne względem genu poddawanemu nokautowi

6. Która z podanych poniżej metod, używanych do funkcjonalnej inaktywacji genu, powodują zmianę jego sekwencji:
a) nokaut genu
b) interferencja RNA (ang.: RNAi, RNA interference)
c) nadekspresja produktu allelu dominującego negatywnego
d) nadekspresja produktu allelu recesywnego negatywnego
e) metoda wykorzystująca system rekombinacyjny LoxP-Cre

7. Które z podanych poniżej związków jest odpowiednim substratem do radioaktywnego oznakowania cDNA o końcach tępych, który zostanie wykorzystany do eksperymentu footprintingu:
a) dATP znakowany 32P w pozycji g
b) ATP znakowany w pozycji a
c) dGTP znakowany w pozycji a
d) [g 32P] - ATP
e) [a 32P] - dATP

8. Enzym restrykcyjny ClaI rozpoznaje sekwencje AT- CGAT i trawi wiązanie fosfodiestrowe pomiędzy resztami T i C. Enzym restrykcyjny TaqI rozpoznaje sekwencje T- CGA:
a) fragmenty powstałe po trawieniu enzymami są w części komplementarne
b) fragmenty powstałe po trawieniu enzymami są w całości komplementarne
c) ClaI i TaqI są izoschizomerami
d) dowolne fragmenty powstałe po trawieniu ClaI i TaqI mogą być ligowane i następnie trawione ClaI
e) dowolne fragmenty powstałe po trawieniu ClaI i TaqI mogą być ligowane i następnie trawione TaqI

9. Przedstawiony poniżej wektor może być używany zarówno w komórkach bakteryjnych jak i drożdżowych. Elementami, które są specyficzne dla komórek drożdżowych są:
a) ori
b) amp’
c) URA3
d) ARS
e) polilinker

10. Które z poniższych twierdzeń nie są prawdziwe:
a) uwolnienie zreplikowanych fagów l z komórki gospodarza prowadzi do jej lizy
b) fragmenty o długości nawet 53 kb mogą być wklonowane do wektora będącego pochodną faga l
c) zarówno cDNA jak i DNA genomowy mogą być klonowane w wektorach będących pochodnymi faga l
d) większość wektorów będących pochodnymi faga l zawiera geny konieczne dla integracji i wycięcia DNA faga l z chromosomu komórki bakteryjnej
e) większość wektorów będących pochodnymi faga l jest pozbawiona genów potrzebnych dla lizy komórki gospodarza

Proponuje zerknąć na te pytanie bo w mojej gr wszstko sie powtorzylo . Jeśli komuś cos sie przypomni to napisc gr i nr pytania + poprawki

1.Ktore z podanych niżej związków mogą być wykorzystane do znakowania fragmentu DNA przy wykorzystaniu kinazy polinukleotydowej:
A) dATP, znakowany 32P w pozycji γ (gama)
B) ATP , znakowany w pozycji α (alfa)
C) dGTP , znakowany w pozycji α lub γ (alfa lub gama- obojętnie)
D) [γ(gama)-32P]-ATP
E) [α(alfa)-32P]-dATP

2. Pożywka M9 :
a)Zawiera składniki tylko nieorganiczne
b)Zawiera składniki tylko organiczne
c)Ściśle zdefiniowana
d)Po dodaniu glukozy otrzymamy pożywkę LB
e)Zawiera ampicylinę

3. W celu otrzymania preparatu DNA plazmidowego z kom. bakteryjnej dodano NaOH w takiej ilości, iż wartość pH wynosila ok. 12,35. Które z opisow sa prawdziwe:
A) w tych warunkach caly ds. DNA jaki znajdował się w komórce uległ dysocjacji do pojedynczej nici
B)w tych warunkach dysocjacji do pojedynczych nici uległy fragmenty DNA które sa w formie superzwiniętej
C) w tych warunkach wszystkie koliste czasteczki uległy dysocjacji
D) po zakwaszeniu do pH ok. 7,0 tak przygotowany denaturowany DNA plazmidowy może być latwo oddzielony od DNA
E) po zakwaszeniu do pH ok. 7,0 tak przygotowany zdenaturowany DNA chromosomu bakteryjnego może być latwo oddzielany od plazmidowego

4.Przy pomocy nukleazy S1 mozna znakowac koniec 5' trankskryptu. Przy pomocy tego samego enzymu mozna zmapowac tez 3' koniec po wprowadzeniu odpowiednmich zmian do naszych działan. Ktore z ponizszych czynnosci ma miejsce TYLKO podczas mapowania 3' konca :
A) znakowanie DNA przy wykorzystaniu gama -32P -ATP
B) znakowanie DNA przy wykorzystaniu alfa -32P -dATP
C) denaturacja DNA i elektroforeza
D) reakcja przy udziale rekombinowanego enzymu uzywanego przez retrowirusy do syntezy
DNA na bazie RNA
E) reakcja przy udziale polimerazy DNA I

5. Pewien student zamierzał otrzymac bibliotekę z mutacjami kasetowymi w obrebie centrum aktywnego enzymu XYZ. No i madrala zrobił jakoś tak:
gen XYZ dał do wektora pUC18, wstawił go tak, że nie zaburzał ramki odczytu LacZ', czyli gdy dało sie do odpowiedniej komórki (takiej, w której daje sie prowadzić selekcję biało-niebieską) powstaje aktywna B-galaktozydaza. wyciął kasetę, którą chciał zmienić, oddzielił przez elektroforezę od reszty wektora, wziął wektor bez kasety i kinazą polinukleotydową usunął reszty fosforanowe z 5' końców - żeby nie doszło do samoligacji wektora, po czym dodał syntetyczne oligonukleotydy. Mniej wiecej to brzmialo cos jak to chociaz oczywiście nic pewnego . Jak dla mnie to ten student powinien dostac nobla i 4.0 u Andrzeja z marszu !

A) rekombinanty beda niebieskie
B) rekombinanty nie beda niebieskie
C) te co sie same zligowaly (nierembionanty) nie beda niebieskie
D) te co sie same zligowaly stanowia jedynie 1,2 % w porownaniu do eksperymentu
kontrolnego gdzie nie było defosforylacji
E) w komorkach nie bedzie aktywnosci enzymu XYZ

6.Mamy gen w pojedynczej kopii. Chcac go wykryc uzyto sondy o odpowiednio do niego (tego genu) komplementarnej sekwencji. Byla to metoda fluorescecyjna FISH a eksperyment przeprowadzono na chromosomach w trakcie profazy. Co zaobserwowano:

A) 2 sygnaly fluorescencyjne blisko siebie
B) 2 sygnaly fluorescencyjne
C) 2 pary sygnalow fluor.
D) 4 sygnaly blisko siebie
E) 4 pary sygnałów

7.Cztery klony BAC fragmentow ludzkiego genomowego DNA (A, B, C, D) zbadano na obecnosc sekwencji STS (5 sekwencji oznaczonych 1-5). Ich obecnosc w poszczegolnych genach przedstawia tabelka poniżej, przy czym + oznacza obecnosc STS w danym klonie:

Powyzsze wyniki wskazuja na to iz klony te skladaja sie na nastepujaca sekwencje:

A) A-B-C-D
B) D-C-B-A
C) A-B-D-E; klon C nie "pasuje" do pozostalych
D) D-A-C-B
E) D-A-B-C


8. Po przeprowadzeniu sekwencjonowania DNA wedlug metody dideoksy Sangera (korzysta sie z analogow 2',3'-dideoksy trifosforanow nukleotydów) otrzymano przedstawiony nizej autoradiogram :

Która sekwencja będzie odpowiadała sekwencji nici matrycowej (czyli badanej):
A) 3’TACGT5’
B) 5’TGCAT3’
C) 3’ACGTT5’
D) 5’ATGCA3’E) 5’TTGCA3’
F) zadna z powyzszych sekwecnji nie jest prawidlowa

9. Kazdy rodzic ma dwa allele genu X. Moze on miec postac dziką - dominujaca(A) –zdrową albo zmutowaną - recesywną(a)- wywołuje chorobe ( anemie sierpowatą). W przypadku zmutowanej wersji gen nie jest przecinany przez enzym restrykcyjny np. EcoRI bo nie ma miejsca rozpoznawanego przez ten enzym i otrzymujemy jeden tylko fragment o dł. 1,3 kb. Jesli tniemy gen dziki to otrzymujemy 2 fragmenty : 1,1kb i 0,2 kb. Jakie fragmenty bedziemy widziec u rodzicow ktorych PRZYSZLE DZIECKO MA 25% PRAWDOPODOBIENSTWO NA ZACHOROWANIE NA TĄ CHOROBE

Prawidlowe: czyli dziecko musi byc homozygota recesywna 'aa'. zeby tak sie stalo to rodzice sa heterozygotami A/a.

A) mozna zaobserwowac obecnosc fragmentow 1.1 kb i 0.2 kb u obojga rodzicow
B) mozna zaobserwowac obecnosc fragmentow 1.3 kb i 0.2 kb u obojga rodzicow
C) mozna zaobserwowac obecnosc fragmentow 1.3kb u jednego z rodzicow i 1,1kb oraz 0.2
kb u drugiego z rodzicow
D) ...tez zle nie chce mi sie pisac (cos w stylu C)
E) u obojga rodzicow wszystkie trzy fragmenty :1,3kb .. 1,1kb... 0.2kb

10. Plazmid X ma gen markerowy AmpR czyli na ampicyline opornosc. Bierzemy jakiś inny plazmid co ma geny oporności na ampicylinę, chloramfenikol, erytromycynę, itp, itd. Tniemy go i kolekcję otrzymanych fragmentów wklonowujemy w nasz plazmid X, ten przenosimy do komórek i szukamy rekombinantów które dostały gen ooprności na chloramfenikol - jakich podłóż możemy użyć:

A) z ampicyliną
B) z chloramfenikolem i ampicyliną
C) z chloramcenikolem
d) erytromycyna i ampicylina
E) erytro i chloramfenikol

11. Wyobraź sobie ze dysponujesz klonem (tzn. sekwencją) jakiegos genu, który, mozesz przypuszczac na podstawie analiz genetycznych, jest zlokalizowany w odleglosci nie wiekszej niz 200kb od genu odpowiedzialnego za powstawanie jakies choroby.
Sposrod podanych ponizej czynności prosze wybrac TYLKO NIEKTORE skladajace sie w odpowiedniej sekwencji na eksperyment (technike) ktory pozwoli na odczytanie sekwencji w tym obszarze 200kb.

A) czesciowe trawienie DNA enzymem BamHI w celu otrzymania zachodzących na siebie
(względem sekwencji) fragmentow o dl ok. 20 kb
B) całkowite (wyczerpujące) trawienie DNA enzymem EcoRI
C) izolacja ludzkiego genomowego DNA
D) izolacja genomowego DNA z E.coli
E) Northern-blotting sondą otrzymana przy wykorzystaniu genu A
F) powtarzanie czynności opisanych w poprzednich dwóch etapach do momentu otrzymania
odpowiedniej ilości klonow
G) otrzymanie biblioteki w fagu lambda
H) przeszukiwanie biblioteki przy pomocy sondy przygotowanej w oparciu o sekwencje genu
A w etapie pierwszym, potem izolacja klonu hybrydowanego z sonda
I) subklonowanie fragmentu z konca nowoizolowanego klonu w celu otrzymania nowej
sondy do ponownego przeszukiwania biblioteki i identyfikacji nowego klonu
hybrydyzowanego z sond

Proszę wybrać, który z poniższych zapisów, nastepujacych po sobie czynnosci skladających sie na scharakteryzowany powyżej eksperyment, jest prawidłowy :

A) A-B-C-D-E-G
B) C-A-G-H-I-F
C) C-H-I-F-A
D) A-C-G-H-I-F
E) żadna

12. Podane nizej enzymy restrykcyjne trawia DNA w specyficznych miejscach (jak ponizej) :

BamHI NheI Xbal EcoRI
5’-GGATCC-3’ 5’-GCTAGC-3’ 5’-TCTAGA-3’ 5’-GAATTC-3’
3’-CCTAGG-5’ 3’-CGATCG-5’ 3’-AGATCT-5’ 3’-CTTAAG-3’

Wszystkie one hydrolizuja wiazanie fosfodiestrowe pomiedzy pierwszym a drugim nukleotydem (liczac od 5' konca każdej linii – czyli lepkie konce robią),przy czym produkty ....(tu niestety brak tresci ale to raczej malo istotneϑ)
Sposrod podanych ponizej zdan prosze wybrac prawdziwe:

A) EcoRI i BamHI to izoschizmoery
B) fragmenty poddane restrykcji przez NheI i Xbal mogą byc smialo ze soba zligowane
C)....np.NheI i Xbal są izoschizomerami (jakos w tym stylu było)
D)....np fragmenty poddane restrykcji przez EcoRi i BamHI mogą byc smialo ze soba zlgowane (to samo co Cϑ)
E) NheI i Xbal są kaudomerami

*13(zadanie miało różne warości). Mamy opisany eksperyment restrykcji jakiegos faga. Najpierw 16ul / lub 15 ul DNA w probowce. Do tego dodajemy kolejno:
1. 2ul buforu
2. 2 ul roztworu z enzymem
Pytanie: Skoro optymalne stężenie NaCl dla enzymu to 50mM / lub 100 mM to jakie bylo wyjsciowe stezenie tej soli dodawanym buforze (po obliczeniach rozcieńczenie buforu wyszlo R=10)

A) 200mM
B) 10mM
C) 50mM
D) 500mM
E) trudno powiedziec bo za malo informacji

14. . W trakcie elektroforezy w żelu agarozowym, w nieobecności bromku etydyny:

A) czasteczka dsDNA porusza sie w kierunku elektrody ujemnej
B) czasteczkki dsDNA sa obdarzone ladunkiem dodatnim
C) liniowe czasteczki dsDNA poruszaja sie tym szybciej im sa krotsze
D) superzwiniete czasteczki dsDNA poruszaja sie wolniej niz odpowiednie im
zlinearyzowaneE) fragmenty dsDNA o dlugosci 1006bp i 1007bp moga byc rozdzielone w celu
preparatywnym

15. Dwie probki kompetentnych komorek E.coli poddano transformacji wektorem zawierajacym gen AmpR (opornosc na ampicyline). I potem mamy dwie różne sytuacje:
1. dodano do nich niewielka ilosc pozywki plynnej i po ok. 2 min umieszczono na pozywce zawierajaca ampicyline.
2. dodano ta sama ilosci pozywki plynnej i po 30 min inkubacji umieszczono na pozywce z ampicylina.
Jakie zanotowano obserwacje:

A) szalka pierwsza 300 kolonii i szalka druga 300 kolonii
B) szalka pierwsza 300 kolonii i szalka druga 30 kolonii
C) szalka pierwsza 30 kolonii i szalka druga 400 kolonii
D) szalka pierwsza 0 kolonii i szalka druga 300 kolonii
E) szalka pierwsza 300 kolonii i szalka druga 0 kolonii

16. Fragmenty (ramiona - w sumie 30kb) WEKTORA ZASTĘPCZEGO poddawano ligacji z fragmentami DNA majacymi prawidlowe konce lepkie odpowiednie do ramion wektora. Jaki maksymalny rozmiar mogl mieć wsczepiany w ten wektor odcinek:

A)8kb
B)40kb
C)100kb
D)20kb
E)22kb

17. Doświadczenie ktorego celem jest nokaut genu mysiego XYZ. Komórki macierzyste, do których wprowadzany jest gen rekombinowany:

A) zawierają 1 allel zmutowany i 1 typ dzikiego genu XYZ
B) zawierają oba allele typu dzikiego
C) poddawane są selekcji, ktorej celem jest wybrac te w ktorych zaszla rekombinacja
niehomologiczna
D) sa oporne na dzialanie neomycyny
E) zawieraja gen Tk

18. Kulisty DNA poddano linearyzacji enzymem dajacym konce lepkie. Nastepnie potraktowano go nukleza S1 i po zahamowaniu aktywnosci tejze nukleazy uzyto terminalej transferazy przy obecnosci dNTP. Najprawdopodobniej końce powstalego fragmentu DNA beda mialy charakter taki jak te pokazane w punkcie :

A) 5’AGCAATGGC3’
3’AGCTTCGT5’

B) 5’AGCAATGG3’
3’ACC5’

C) 5’AGCAATGG3’
3’TCGTTACC5’

D) 5’ACTAGCAA3’
3’TCGTTACC5’

E)zadne z powyzszych - nie wiadomo jaka poczatkowa sekwencja byla

19. Pewien haploidalny szczep grzybaa Neurospora jest transgeniczny pod wzgledem genu lucyferazy. Gen ten nie wystepuje w szczepie dzikim. Szczep transgeniczny zostal skrzyzowany ze szczepem dzikim a powstale askospory poddano analizie PCR wykorzystujac startery specyficzne dla genu lucyferazy. Zakladajac, ze PCR przeprowadzono w sposob optymalny mozna przypuszczac ze udzial askospor dla ktorych zidentyfikowano specyficzny produkt wynosil :

A) 0%
B) 25%
C) 50%
D) 75%
E)100%

20. Rysunek wektora( Shuttle Vector) – co jest charakterystyczne tylko dla drożczy
a)ori
b)ampR
c)ura3
d)ars
e)polilinker
21. Jaka może być maksymalna długość insrtu , ktory można wklonować do kosmidu ?
a) 8kb
b)40kb
c)150kb
d)23kb
e)20kb
22. Jakiś rysunek 6-ciu prążków po trawieniu EcoRV i elektroforezie w żelu agarozowym w obecności bromku etydyny :
a) krótszy fragmenty wędrują wolniej
b) dłuższe fragmenty wędrują szybciej
c) fragment DNA miał w smie 58,502 kb
d) bromek etydyny przyłącza się kowalencyjnie do cząsteczek DNA / on interkaluje
e) jest 5 miejsc restrykcyjnych , które mogą być trawione przez EcoRV
23.Jaka technika może być użyta do inaktywacji genu bez uszkodzenia jego sekwencji ?
a) nokaut genu / uszkadza
b) nokaut genu z systemem rekombinacji Cre-Lox /uszkadza
c)interferencja RNa
d)nadeksperesja produktu allelu dominującego negatywnego
e)nadekspresja produktu allelu recesywnego negatywnego

24.Co jest wykorzystywane w kluczowym etapie w technice RACE?
a) oligo (T)- nie ( poprawne : oligo dT)
b)odwrotna transkryptaza
c) DTP
d) fragment Klenowa polimerazy DNA I
e) sekwencja komplementarna do odcinka startera

25.Cechy charakterystyczne dla ligazy
a) syntezuje DNA na matrycy RNA
b) potrzebuje ATP lub NAD+
c) z taką sama efektywnością łączy końce lepkie jak i tępe
d)tworzy wiązanie pomiędzy gr 5’OH a 3’fosforanową
e) żadna z powyższych

26.Jakie czynniki są w mieszaninie reakcyjnej w metodzie dideoksy Sangera?
a) d NTP
b)2’3’ – dideoksyanologi wszystkich 4 nukleotydów
c) 2’3’ – dideoksyanologi jednogo z 4 nukleotydów
d) tri fosforany nukleozydów
e) 2’5’ dideoksy anologi

27.Enzymy restrykcyjne CIaI rozpoznaje sekwencje AT-CGAT i trawi wiązanie fosfodiestrowe pomiędzy resztami T i C . Enzymy restrykcyjne TaqI rozpoznaje sekwencje T-CGA :
a) fragmenty powstałe po trawieniu enzymami są w części komplementarne
b) fragmenty powstałe po trawieniu enzymami są w całości komplementarnec) CIaI i TaqI są izoschizomerami
d) dowolne fragmenty powstałe po trawieniu CIaI i TaqI mogą być ligowane i następnie trawione CIaI
e)dowolne fragmenty powstałe po trawieniu CIaI i TaqI mogą być ligowane i następnie trawione przez TaqI

28.Wektor plazmidowy poddano linearyzacji enzymem EcoRI został uzyty do ligacji z DNA powstałym w wyniku hybrydyzacji dwóch syntetycznych oligonukleotydów. Syntatyczny ds.DNA został tak zaprojektowany iż posiada końce identyczne z końcami wektora(EcoRI).Mieszaninę poligacyjną poddano transformacji komórki bakteryjne i wylano je na podłoże zawierające odpowiedni dla wekrota antybiotyk. Które z podanych poniżej twierdzeń są nieprawdziwe?
a)pośród powstałych klonów można było zaobserwować klony zawierajace wektor
pozbawiony insertu
b)pośród powstałych klonów można było zaobserwować klony zawierajace rekombinowany wektor z wbudowanym jednym fragmentem
c)pośród powstałych klonów można było zaobserwowac wektor zawierajacy wiecej niż jeden fragment
d)ligacji jednego fragmentu i czasteczki wektora towarzyszy powstanie 4ch wiazań fosfodiestrowych
e)ligacji jednego fragmentu i czasteczki wektora towarzyszy powstanie 2ch wiazań fosfodiestrowych

29.Przy pomocy techniki primer extension mozna mapowac 5’ koniec transkryptu.W tym celu mozna tez posłużyc sie techniką wykorzystującą nukleazę SI.Która z podanych poniżej informacji jest nieprawdziwa dla pierwszej z wymienionej technik ?
a) denaturacja DNA i elektroforeza
b) hybrydyzacja
c) wariant tej techniki może być uzyty do mapowania 3’ końca
d) użycie rekombinowanego enzymu odwrotnej transkryptazy

30.Do czego używa się techniki PCR?
a)do RFLP
b)do konstruowania sondy w celu poszukiwania biblioteki cDNA
c)do powielania fragmentu RNA , gdy znamy sekwencje okalające
d)do powielania sekwencji genu( np. prokariotycznego )
e) wszystkie odpowiedzi są prawdziwe

31.Co jest nieprawdziwe dla faga lambda?
a) do wektora jego pochodnej można wklonować inserty o długości 53 kb
b) po jego replikacji w komórce gospodarza powoduje lizę komóreki
c)pochodne faga lambda mogą służyć do knowania cDNA i DNA genomowego
d) większość pochodnych faga lambda zawiera geny konieczne dla integracji i wycięcia DNA faga lambda z chromosomu komórki bakteryjnej
e) pochodne faga lamda mają inserty , które umożliwiają mu wbudowanie się do komórki
32.Rysunek wektora pGEM i wskazać cechy prawdziwe :
a) jest kosmidem
b) ma gen markerowy do ekspresji genu w organizmie drożdżowym
c) może być użyty do otrzymywania ssDNAd) może być użyty do badania aktywności promotorów eukariotycznych w komórkach prokariotycznych
e) do otrzymania dsRNA
33. Po PCR otrzymuje się fragment zawierający AAA na 3’końcu. Jak należy skonstruować prawidłowy wektor dla tego fragmentu ?
a) terminalna transferaza
b) d TTP
c)polimeraza Taq
d)polimeraza Vent
e) dideoksy TTP

34. Czym możemy znakować 5’ koniec produktu otrzymanego po PCR?
a) [α32P ]d ATP
b) [γ32P ] ATP
c)d GTP znakowany w pozycji α
d) [γ32P ]d ATP
e) a) [α32P ] ATP

35. Po trawieniu nukleazą S1 i enzymem BaI31 otrzymujemy jakiś fragment. Wskazać jaka musi być sekwencja – sekwencja jako taka nie jest istotna, trzeba wiedzieć,tylko że fragment wyjściowy przed trawieniem nukleazą S1 posiada lepkie końce, natomiast po trawieniu nukleazą S1 otrzymamu produkt z końcami tępymi. Natomiast użycie enzymu BaI31 nie zmieni charakteru tego produktu , bo enzym ten zdolny jest do odtrawienia koncowych nukleotydów na obu końcach w dwuniciowym DNA
Odp: fragment z końcami tępymi

36.Które z poniższych enzymów będą dawały produkty , które można poddawać bez dodatkowych zabiegów radioaktywnemu znakowaniu przy pomocy α32P-dATP o fragmencie Klenowa? W nawiasach podano sekwencje ,dla uproszczenia tylko jednej nici , rozpoznawane przez enzymy , gwiazdka oznacza położenia trawionego miejsca
a) EcoRi ( GA*ATTC)
b) SmaI ( CCC*GGG)/ tępe
c) PstI ( CTGCA*G)/nawias 3’
d)HpaII ( C*CGG)
e)Bg1II( A*GATCT)

37.Wektor ( ampR, ori, CAT):
a) jest kosmidem
b) można prowadzic transkrypcje in vitro za pomocą enzymów fagowych
c) ma gen markerowy ( amp R)
d) można pozyskiwać jego większe ilośći hodujące w bakterii ( ori)
e) pozwala na badanie aktywności promotorów prokariotycznych w komórkach eukariot38. Charaktyrystyka wektora pBluescript II KS ( +/-)
a) może być użyty do transkrypcji in vitro przy użyciu polimeraz fagowych
b) zawiera gen markerowy
c) jest fagemidemd)może być używany do wklonowania inertów ss DNA
e) może być użyty do badania promotorów prokariotycznych w komórkach eukariotycznych

39. Jednym z etapów doświadczenia , którego celem jest nokaut genu jest selekcja komórek macierzystych , które są :
a) odporne na G418 i odporne na gancyklowir
b) odporne na G418 i wrażliwe na gancyklowir
c) wrażliwe na G418 i odporne na gancyklowir
d) homozygotyczne względem genu poddawanego nokautowi
e) heterozygotyczne względem genu poddawanego nokautowi

40. Załóżmy , ze w plazmidzie , który jest kolistą cząsteczką , na którą składa się 3200 pz występują sekwencja rozpoznawane prze EcoRI położone w odległości : 400, 700, 1400 i 2600 pz od arbitralne położonego punktu zerowego . Po całkowitym trawieniu wymienionym enzymem – powstaną produkty :
a) 400, 800, 1000 ( x2)
b)400,1200,1600
c) 300,700,2200
d)700,400,1400,2600
e) 300,700,1000,1200

41. Szczególnie użytecznymi cechami wektora używanego do klonowania są :
a) duża ilość kopii i wystepowanie w nim genu markerowego ( nadającego ceche odporności na działanie antybiotyku)b) wirulentność i lizygeniczność
c) zdolność do integracji w chromosomie komórki gospodarza w następnie indukcja cyklu litycznego
d) zdolność do autonomicznej replikacji i posiadanie sekwencji wielokrotnego klonowaniae) posiadanie promotora T7 i genu markerowego ( pozwalającego na otrzymanie pojedynczej nici DNA wklonowanego fragmentu)

42.Wektor będący pochodną faga lambda poddano trawieniu enzymem EcoRI a następnie powstałe produkty rozdzielono elektroforetycznie. Otrzymane w ten sposób ramiona wektora poddano ligacji z fragmentami DNA o końcach EcoRI i długości ok. 20 kb. Po ligacji upakowno fagi in vitro i infekowano nimi bakterie. Analizie poddano DNA wszystkich powstałych łycinek i zidentyfikowano takie , które zawierały :
a) DNA wektory , które uległy replikacji
b) DNA rekombinowanego wektora zawierającego fragmenty DNA o długośći ok. 20 kbc)DNA rekombinowanego wektora zawierającego fragmenty o długośći 40 kb
d) DNA całego genomu faga ʎ
e) nie zaobserwowano żadnych łysinek , gdyż fragmenty były za długie

43. W analizie Southern fragment sekwencji genu aktyny z drożdży został użyty jako sonda do analizy fragmentów powstałych w wyniku trawienia EcoRI DNA genomowego z D.stramonium. NA auroradiogramie zaobserwowano jako jedno radioaktywne pasmo odpowiadające fragmentowi Dna o długości 4kb. Oznacza to ze
a) gen aktyny D. stramonium ma dł 4kb
b) gen aktyny D. stramonium jest takiej samej wielkości jak gen drożdży
c) gen aktyny D. stramonium jest najprawdopodobniej obecny w preparacie poddanym do analizy
d)gen aktyny D. stramonium jest obecny w 4 kopiach w genomie
e) gen aktyny D. stramonium posiada identyczna sekwencje jak gen drożdży

44. Z pośród podanych temperatur wybrać która z największych powodzeniam da wydajne otrzymanie produktów PCR przeprowadzając dla startera 5’ GGTAATCGGTTAGGCTCC3’
a)56 C
b) 72 C
c) 59 C
d) 55 C
e) żadna

45.Który z podanych wektorów jest najmniej przydatny do sekwencjowania genomu ssaczego ?
a) YAC
b)BAC
c)wektor bedący pochodną faga 1
d) wektor plazmidowy

46.Kolista cząsteczka Dna posiada n−miejsc restrykcyjnych EcoRI.ile fragmentów DNA powstanie po całkowitym jej strawieniu?
a) n-1
b) n
c) n+1
d) 2n-1
e) zależy od liczby powtórzeń

47.Wektor plazmidowy zawiera gen markerowy odpowiadający za odporność na erytromycynę (EryR) i gen markerowy odpowiedzialny za oporność na ampicylinę.Gen AmpR został przecięty enzymem restrykcyjnym a powstały w ten sposób plazmid połączono z fragmentem 1000pz o końcach komplementarnych do wektora.Które z poniższych fenotypów maja komórki transformowane:
a) niewrażliwe na ampicylinę & niewrażliwe na erytromycynę
b) niewrażliwe na ampicylinę & wrażliwe na erytromycynę
c) wrażliwe na ampicylinę & wrażliwe na erytromycynę
d) wrażliwe na ampicylinę & niewrażliwe na erytromycynę
e) nie wiadomo
48. Klon może być użyty jako substrat do radioaktywnego znakowania fragmentu DNA przy wykorzystaniu fragmentu Klenowa polimerazy I DNA:
a)dATP znakowany P32 w pozycji gamma
b)ATP znakowany w pozycji alfa
c) dGTP znakowany w pozycji alfa
d)[g-P32] -ATP
e)[a-P32]-dATP

49. Nukleaza SI
a) może być użyta do lokalizacji sekwencji intronowych
b) może degradować DNA i RNA i powstają produkty posiadające sekwencje P-5’
c) DNA:DNA, RNA:RNA i DNA:RNA są odporne na działanie tego enzymu
b) jest egzonukleazą
e)używana do odtrawiania fragmentów kw.nukleinowych ,które maja forme pojedynczej nici50. Spośród podanych poniżej proszę wybrać zawierające najwłaściwsze uzułepłneinia dla następującego trawienie „dd NTP , używany do sekwencjonowania DNA metodą sangera charakteryzuje się ty, że nie posiada on … przy wyęglach …i…”
a) OH 2’3’b) metyl 2’3’
c) karboksyl 5’3’
d) OH 2’5’
e) żaden z powyższych

51. Zakładajac ze polimeraza Tagi nie traci aktywności ani nie ulega rozkładowi substraty PCR można powiedzieć ze docelowa sekwncja DNA jest powielana po n-cyklach:
a) n2 razy
b) 2n razy
c) n razy
d) n2n razy
e) 2n-2 razy


Nr pytan dla gr:
A:,9,13, 20,22,30,31,36,39 ..
B:
C:
D:

8. Do mieszaniny reakcyjnej technique cycling system (?) wymagana jest obecność:
a) dNTP
b) fragment klenowa
c) 4 dideoksynukleotydy
d) tylko 1 dideoksy nukleotyd
e) cośtam
tutaj chodzi o sekwencjonowanie cykliczne...czyli genomy str. 109- podwójne DNA, wszystkie 4 dideoksy w mieszaninie, dNTP, jeden starter, bez polimerazy Klenowa bo jest malo prcesywna, stosuje sie sekwenazę..

mozecie zerknac na te pyt bo mam watpliwości
14. . W trakcie elektroforezy w żelu agarozowym, w nieobecności bromku etydyny:

A) czasteczka dsDNA porusza sie w kierunku elektrody ujemnej
B) czasteczkki dsDNA sa obdarzone ladunkiem dodatnim
C) liniowe czasteczki dsDNA poruszaja sie tym szybciej im sa krotsze
D) superzwiniete czasteczki dsDNA poruszaja sie wolniej niz odpowiednie im
zlinearyzowaneE) fragmenty dsDNA o dlugosci 1006bp i 1007bp moga byc rozdzielone w celu
preparatywnym
22. Jakiś rysunek 6-ciu prążków po trawieniu EcoRV i elektroforezie w żelu agarozowym w obecności bromku etydyny :
a) krótszy fragmenty wędrują wolniej
b) dłuższe fragmenty wędrują szybciej
c) fragment DNA miał w smie 58,502 kb
d) bromek etydyny przyłącza się kowalencyjnie do cząsteczek DNA / on interkaluje
e) jest 5 miejsc restrykcyjnych , które mogą być trawione przez EcoRV
26.Jakie czynniki są w mieszaninie reakcyjnej w metodzie dideoksy Sangera?
a) d NTP
b)2’3’ – dideoksyanologi wszystkich 4 nukleotydów
c) 2’3’ – dideoksyanologi jednogo z 4 nukleotydów
d) tri fosforany nukleozydów
e) 2’5’ dideoksy anologi
31.Co jest nieprawdziwe dla faga lambda?
a) do wektora jego pochodnej można wklonować inserty o długości 53 kb
b) po jego replikacji w komórce gospodarza powoduje lizę komóreki
c)pochodne faga lambda mogą służyć do knowania cDNA i DNA genomowego
d) większość pochodnych faga lambda zawiera geny konieczne dla integracji i wycięcia DNA faga lambda z chromosomu komórki bakteryjnej
e) pochodne faga lamda mają inserty , które umożliwiają mu wbudowanie się do komórki
33. Po PCR otrzymuje się fragment zawierający AAA na 3’końcu. Jak należy skonstruować prawidłowy wektor dla tego fragmentu ?
a) terminalna transferaza
b) d TTP
c)polimeraza Taq
d)polimeraza Vent
e) dideoksy TTP
45.Który z podanych wektorów jest najmniej przydatny do sekwencjowania genomu ssaczego ?
a) YAC
b)BAC
c)wektor bedący pochodną faga 1
d) wektor plazmidowy
Spośród podanych poniżej proszę wybrać zawierające najwłaściwsze uzułepłneinia dla następującego trawienie „dd NTP , używany do sekwencjonowania DNA metodą sangera charakteryzuje się ty, że nie posiada on … przy wyęglach …i…”
a) OH 2’3’b) metyl 2’3’
c) karboksyl 5’3’
d) OH 2’5’
e) żaden z powyższych

Czyli na 100% jesteście pewni, że superzwinięte czasteczki poruszają się wolniej niż zlinearyzowane, tak? Myślicie, że to są wszystkie pytania z zeszłorocznych testów? Chyba już nikt nie ma innego, nie?

Charakterystyka wektora pBluescript II KS(+/-):
a) może być używany do transkrypcji in vitro przy użyciu polimeraz fagowych
b) zawiera gen markerowy
c) jest fagemidem
d) może być używany do wklonowywania insertów ss DNA
e) może być używany do badania promotorów prokarotycznych w komórkach eukariotycznych

Było to już może? Chyba b) i c), nie?
Tego chyba nie było (było podobne z tymi końcami), zna ktoś odpowiedź?

13.Który z podanych czynników istotny dla jednej z metod pozwalających na otrzymanie cDNA jest głównym winowajcą odpowiedzialnym za brak cDNA inf reprezentującej 5’ koniec transkryptu:
a) 5’AGCAATGG3’
3’TCGT5’
b) 5’AGCAATGG3’
3’ACC5’
c) 5’AGCAATGG3’
3’TCGTTACC5’
d) 5’AGGAA3’
3’TCGTTACC5’
f) nie wiadomo

To też wydaję mi się inne bo w tym podobnym zadaniu poprawnymi odp. było, ze DNA wektory, które uległy replikacji i DNA rekombinowanego wektora zawierającego fragmenty DNA o długości ok. 20kb, nic tam nie było o ligacji itp....

Wektor trawiony jest przez EcoR1 (to chyba chodziło o faga lambda) i wstawiany jest do środka fragment 20 kbp:
a) mogą ze sobą ligować
b) dłuższy o 20 kbp
c) dłuższy o 40 kbp
d) łysinka zawiera cały genom wektorów
e) ?

A z Genomów też mamy poćwiczyć odpoweidzi?

Wiem, że to już było, ale nie kumam tego, wytłumaczy mi ktoś to zadanie?

6.które z podanych poniżej enzymow będą dawaly produkty które można poddac bez dodatkowych zabiegow radioaktywnemu znakowaniu przy pomocy [alfa P32 dATP ] oraz fragmentu klenowa? W nawiasach podano sekwencje dla uproszczenia tylko jednej nici rozpoznawane przez odpowiednie enzymy. * oznacza polozenie trawionego wiazania fosfodiestrowego:
a)ecori GA*ATTC
b) psti CTGCA*G
c) smaI CCC*GGG
d) hpaII C*CGG
e) bglII A*GATCT

Dlaczego a) i e)?

o do pierwszego to ja bym obstawiala A,B,C i zastaawiam sie nad D.

Przedostatnie zad strasznie skrociles wiec nie dziwota ze nic rozumiesz
Wektor bedacy pochodna faga lambda (zastepczy) poddano trawieniu EcoRI a nastepnie powstale produkty rozdzielono elektroforetycznie. Otrzymane w ten sposob ramiona wektora poddano ligacji z fragm. DNA o koncach EcoRI i dl. ok 20kb. Po ligacji upakowano fagi in vitro i infekowano nimi bakterie.Analizie poddano DNA wszystkich powstałych lysinek i zidentyfikowano takie ktore zawieraly:
A) DNA wektora ktory ulegl religacji
B) DNA rekombinowanego wektora zawierajacego fragm.DNA o dl. ok 20kb
C) DNA rekombinowanego wektora zawierajacego fragm. o dl. 40kb
D) DNA calego genomu faga lambda
E) nie zaobserwowano zadnych lysinek gdyz fragmenty byly zaa dlugie

Wg mnie prawidlowa odp to B

Kulisty DNA poddano linearyzacji enzymem dajacym konce lepkie. Nastepnie potraktowano go nukleza S1 i po zahamowaniu aktywnosci tejze nukleazy uzyto terminalej transferazy przy obecnosci dNTP. Najprawdopodobniej końce powstalego fragmentu DNA beda mialy charakter taki jak te pokazane w punkcie :

A) 5’AGCAATGGC3’
3’AGCTTCGT5’

B) 5’AGCAATGG3’
3’ACC5’

C) 5’AGCAATGG3’
3’TCGTTACC5’

D) 5’ACTAGCAA3’
3’TCGTTACC5’

E)zadne z powyzszych - nie wiadomo jaka poczatkowa sekwencja byla


Dlaczego zaznaczamy odp A? Bo moim zdaniem najpierw mamy końce lepkie które nukleaza S1 przerabia na tępe, potem terminalna transferaza dodaje nukleotydy do końców 3', więc po pierwsze powinny być końce lepkie, a po drugie na obu końcach 3' powinny być dodane nukleotydy w tej samej kolejności, już nie wspominając że w śrdodku powinny być komplementarne nici. Więc pozostaje odp E, albo ja czegoś nie rozumiem...

tego jeszcze nie było:

6.Dla elektroforezy nie jest prawdą:

a) superzwinięte cząsteczki DNA wędrują szybciej niż liniowe
b) cząsteczki DNA obdarzone ładunkiem ujemnym wędrują do elektrody dodatniej
c) mieszanina fragmentów Dna jest rozdzielana tym efektywniej im krótsze są fragmenty
d) małe cząsteczki Dna wedruja najczescoej szybciej niż wieksze [przy załozeniu ze stosunek ładunku do masy jest bardzo podobny dla różnych DNA
e) cząsteczki o długości 302 i 303 pz mogą być rozdzielane

a) i d)? ale nie jestem pewna, ktoś wie?

I dla PCR 2^n!!, a nie 2^n-2

Podobne, ale inne:

13.Który z podanych czynników istotny dla jednej z metod pozwalających na otrzymanie cDNA jest głównym winowajcą odpowiedzialnym za brak cDNA inf reprezentującej 5’ koniec transkryptu:
a) 5’AGCAATGG3’
3’TCGT5’
b) 5’AGCAATGG3’
3’ACC5’
c) 5’AGCAATGG3’
3’TCGTTACC5’
d) 5’AGGAA3’
3’TCGTTACC5’
f) nie wiadomo

33. Po PCR otrzymuje się fragment zawierający AAA na 3’końcu. Jak należy skonstruować prawidłowy wektor dla tego fragmentu ?
a) terminalna transferaza
b) d TTP
c)polimeraza Taq str. 191 gene cloning
d)polimeraza Vent
e) dideoksy TTP

może się komuś przyda w zrozumieniu zadania 6 (dlaczego odpowiedzi a i e) z podsumowania:

- gdy cofnięte końce lepkie 3' stosowany jest fragment klenowa
- gdy cofnięte końce lepkie 5' można je wytępić usuwając fragment DNA poprzez nuklezę S1 lub polimerazę 1 E. Coli (http://zguw.ibb.waw.pl/~knbm/bmwi/podrek/biotech/biotech2.html)


Natomiast zadanie 7 liczy się tak że

mamy 14 ul probki + 2ul buforu + 2ul enzymu + 2ul wody = czyli w sumie 20 ul mieszaniny
no i chyba trzeba to zadanie rozumieć tak że teraz masz w tej mieszaninie stężenie 100mM NaClu, no i pytanie jest jakie było stężenie na początku?

więc liczy się rozcieńczenie buforu w mieszaninie czyli 20/2 = 10 no i mnoży się 100*10 i wychodzi jakie było stężenie w wyjściowej

a pytanie:
4. które z podanych nizej stwierdzen nie sa prawdziwe :
a) uwolnienie zreplikowanych fagow lambda z komorki gospodarza i prowadzi do jej lizy
b) fragmenty nawet o dl. 53 kb mogą być wklonowane do wektora będącego pochodna faga lambda
c) zarówno cdna jaki dna genomowy mogą być klonowane w wektorach będących pochodnymi faga lambda
d) większość wektorow będących pochodnymi faga lambda zawiera geny konieczne do integracji i wycięcia dna faga lambda z chromosomu komorki bakteryjnej
e) większość wektorow będących pochodnymi faga lambda jest pozbawiona genow potrzebnych do lizy komorki gospodarza

ale czy odpowiedź d ??

34. Czym możemy znakować 5’ koniec produktu otrzymanego po PCR?
a) [α32P ]d ATP
b) [γ32P ] ATP
c)d GTP znakowany w pozycji α
d) [γ32P ]d ATP
e) a) [α32P ] ATP

tu chyba chodzi o ta kinazę, ale po PCR otrzymujemy jakieś tam dna więc czemu zamiast b) nie d)?

To co mi się udało zapamiętać:

1) rys. YAC3
a) można otrzymać na pożywce z Trp
b) coś o cięciu przez enzymy restrykcyjne
c) aukstroficzny
d)
e)

2) znakowanie końca tępego
a) y-P32-ATP
b) a-P32-ATP
c) a-P32-dATP
d) y-P32-aATP
e) a-P32-dGTP

3) zdania prawdziwe o fagu lambda
a) przy uwolnieniu powoduje lize komórki gospodarza
b) pochodne mogą mieć gen który nie powoduje lizy kom gospodarza
c) można wstawić fragment o 53 kb
d)
e)

4) Real time PCR
a) można kontrolować ilość produktu
b) sonda łączy się kowalencyjnie do produktu
c) połączenie niekowalencyjne
d)
e)

5) wyciszenie genu przy pomocy wirusa ( VACS czy jakoś tak )
a) przez rearanżacje i delecje
b) przez degradacje transkryptu
c)
d)
e)
6) pirosekwencjonowanie

7) temperatura dla wydajnego PCR
a) większa u D.M
b) mniejsza u D.M.
c) taka sama jak u D.M
e) nie można obliczyć