ZAGADNIENIA DO KOLOKWIUM 1 (09.04.2010)

  1. Budowa i organizacja genomu pro- i eukariotycznego (roślinne i zwierzęce).

  2. Rodzaje kwasów nukleinowych - budowa.

  3. Właściwości fizyko-chemiczne kwasów nukleinowych.

  4. Funkcje kwasów nukleinowych.

  5. Procesy transkrypcji i replikacji DNA (najważniejsze etapy i kompleksy enzymatyczne, czynniki transkrypcyjne itp.).

  6. Techniki izolacji kwasów nukleinowych - zestawy komercyjne (zasada działania).

  7. Techniki izolacji kwasów nukleinowych - manualne (najważniejsze etapy i reakcje chemiczne).

  8. Uszkodzenia kwasów nukleinowych - indukcja i detekcja.

  9. Rozdział elektroforetyczny kwasów nukleinowych (agaroza, PFGE).

  10. Oznaczanie ilościowe kwasów nukleinowych (spektrofotometrycznie, na podstawie widma UV).

  11. Analiza fragmentacji wewnątrzjądrowej DNA - apoptoza i nekroza komórki.

  12. Wpływ promieniowania UV i jonizującego na DNA komórkowe.

  13. Reakcje powstawania wolnych rodników.

  14. Komórkowe systemy antyoksydacyjne.

  15. Detekcja modyfikowanych zasad azotowych w DNA za pomocą HPLC-ECD.

  16. Chromatografia HPLC - zasada działania.

  17. Techniki detekcji stresu komórkowego (test kometowy, HPLC-ECD itp.).

  18. Mechanizmy naprawy DNA w komórkach (NER, BER, NHEJ, HR, fotoliazy).

  19. Interpretacja wyników na podstawie krzywych wzorcowych i uzyskanych rozdziałów (HPLC-ECD, elektroforeza, test kometowy itp.).

  20. Obliczenia biochemiczne !!! (przygotowywanie i przeliczanie stężeń roztworów).

  21. Reaktywne formy tlenu w komórce - naturalne szlaki powstawania (mitochondrium, wybuch rodnikowy w stanie zapalnym).

  22. Reaktywne formy tlenu i azotu jako cząsteczki sygnalizacyjne.

  23. Techniki detekcji RTF za pomocą mikroskopii fluorescencyjnej i cytometrii przepływowej.

  24. Rola syntetycznych antyoksydantów w stresie komórkowym (wit. A, E, C).

  25. Skutki działania RTF na terenie komórki (uszkodzenia, blok cyklu itp.).

  26. Inwazja i migracja komórki nowotworowej (degradacja macierzy pozakomórkowej ECM, enzymy proteolityczne MMP).

  27. Budowa macierzy zewnątrzkomórkowej i techniki detekcji aktywności enzymatycznej metaloproteinaz (zymografia).

  28. Przygotowanie i rozdział ektroforetyczny ekstraktów białkowych metaloproteinaz w żelu poliakrylamidowym - warunki, obliczenia.

  29. Reakcja PCR - dobieranie primerów i projektowanie reakcji, obliczenia.

  30. Detekcja zakażeń bakteryjnych i mykoplazmą w hodowlach in vitro.

Zalecana literatura:

  1. ,,Biochemia” Stryer;

  2. „Biochemia” Harper;

  3. ,,Biologia komórki” Alberts;

  4. ,,Genomy” Brown;

  5. ,,Genetyka molekularna” Wegleński;

  6. Wykłady Prof. Rzeszowska I i II rok BMiGO; BKiIG;

  7. Wykłady Prof. Wideł III rok KTZiR;

  8. Instrukcje do ćwiczeń w/w przedmiotów;

  9. ,,Ćwiczenia z biochemii” Kłyszejko-Stefanowicz;

  10. ,,Obliczenia biochemiczne” Zgirski;