Internet jako źródło
informacji na temat
budowy
biomakromolekuł
Internet jako źródło
informacji na temat
budowy
biomakromolekuł
Prezentowane bazy
Proteopedia
Protein Data Bank
ExPASy
SCOP
Uniport
The Human Protein Atlas
ProtinDB
www.proteopedia.org
„Trójwymiarowa encyklopedia białek”
Twórcy: Jaime Prilusky, Eran Hodis i Joel L.
Sussman z Instytutu Naukowego
Weizmanna w Izraelu.
Zawierająca między innymi opisy ponad 50
000 białek z uznanej bazy Protein Data
Bank.
Zalety proteopedia.org
Interaktywne obrazy pozwalające zrozumieć budowę
poszczególnych białek.
Intuicyjne menu pomocne przy zmianach widoku
cząsteczki
Nie wymaga instalowania dodatkowego
oprogramowania (dla przeglądarek z zainstalowaną
wtyczką Javy).
PDB- Protein Data Bank
•
Zawiera struktury 3D dużych molekuł takich jak białka i kwasy
nukleinowe.
•
Dane odnośnie danej molekuły zawierają rentgenografię strukturalną,
pomiary spektroskopowe NMR, a także informacje na temat struktury
drugorzędowej, sekwencji aminokwasów i położeń atomów w danej
molekule.
•
Dane są zdeponowane przez badaczy z całego świata i dostępne
nieodpłatnie
•
Adres strony głównej : www.wwpdb.org – Worldwide Protein Data Bank
•
Występuje dodatkowy podział ze względu na rejon świata:
www.pdbe.org – Protein Data Bank in Europe
www.pdbj.org - Protein Data Bank Japan
Źródło:
http://en.wikipedia.org/wiki/Protein_Data_Bank
PDB- Protein Data Bank
Rok
Struktu
ry
dodane
Łączna
ilość
struktur
Rok
Struktu
ry
dodane
Łączna
ilość
struktur
2013
9622 96,585 1994
1289
2,871
2012
8930 86,964 1993
696
1,582
2011
8072 78,111 1991
187
694
2010
7897 70,039 1990
142
507
2009
7380 62,142 1989
74
365
2008
6956 54,762 1988
53
291
2007
7198 47,806 1987
25
238
2006
6473 40,608 1986
18
213
2005
5359 34,135 1985
20
195
2004
5180 28,776 1984
22
175
2003
4167 23,596 1983
36
153
2002
3001 19,429 1982
32
117
2001
2831 16,428 1981
16
85
2000
2627 13,597 1980
16
69
1999
2360
10,97
1979
11
53
1998
2057
8,61
1978
6
42
1997
1565
6,553
1977
23
36
1996
1172
4,988
1976
13
13
1995
945
3,816
• W roku 2014
liczba
zdeponowany
ch struktur w
bazie
przekroczyła
100 000!
• PBD jest
aktualizowana
co tydzień
Źródło:
http://en.wikipedia.org/wiki/Protein_Data_Bank
PDB- Protein Data Bank
Poglądowy zrzut z ekranu strony głównej PDB.
[2]
[2]
http://www.wwpdb.org/
ExPASy-
Expert Protein Analysis System.
Serwer proteomiczny stworzony przez
Swiss Institute of Bioinformatics (SIB)
jest przeznaczony do analiz sekwencji i
struktur białkowych.
Zawiera bazy danych z takich dziedzin
jak: proteomika, genomika,
filogeneza… np.
SWISS-PROT+ TrEMBL- sekwencje
aminokwasów w białkach, struktura
domen, funkcje
SWISS-2DPAGE- wyniki analiz protein
metodą dwuwymiarowej elektroforezy
w żelu poliakrylamidowym
SCOP
Structural classification of proteins
Definicja bazy SCOP
Jest to klasyfikacja białek strukturalnych. W
klasyfikacji tej określa się relację pomiędzy
ewolucją poszczególnych białek. Białka mające
tą samą strukturę i pewne podobieństwa w
sekwencji i/lub funkcji są klasyfikowane w
odpowiednie „rodziny” i zakłada się, że
pochodzą od wspólnego „przodka”.
Źródłem przestrzennych struktur białkowych
jest Protein Data Bank . Najmniejszą strukturą,
która klasyfikuje białka w bazie SCOP jest
domena
Klasyfikacja domen
Domeny zostały sklasyfikowane w zależności
od struktury, sekwencji, funkcjonalnych i
strukturalnych zależności pomiędzy nimi.
Poziomy w bazie SCOP zostały sklasyfikowane
następująco:
Class (klasy),
Folds (zwoje),
Super Family (nadrodzina),
Family (rodzina),
Protein(białko)
Species (gatunki),
Klasyfikacja klas bazy
SCOP
Hierarchiczny podział na klasy:
All alpha proteins - białka składające się z α-helisy,
All beta proteins - białka składające się z ß-arkuszy,
Alpha and beta proteins - białka zawierające struktury alfa i
beta występujące razem.
Alpha plus beta proteins - białka, w których struktury alfa i
beta występują oddzielnie,
Multi-domain proteins - złożone z dwóch lub większej liczby
domen należących do różnych klas,
membrane and cell surface proteins and peptides - Białka
błonowe, oraz białka znajdujące się na powierzchni komórki,
Small proteins – małe białka
Istnieje jeszcze kilka podziałów na klasy jednak są one
zdefiniowane jako modele teoretyczne.
Ciekawe portale
edukacyjne
Ciekawe portale
edukacyjne
Ciekawe portale
edukacyjne
Dziękujemy za
uwagę