Podstawy i zastosowania 

bioinformatyki II

Marek Kudła

 

 

BLAST

 

 

Jak działa BLAST?

BAZA

DANYCH

podobne

np.

AGI

AGL

AGV

niepodob
ny

AGI

np. 
FGT

 

 

BLAST

Sekwencja 
białkowa

Sekwencja 
DNA

blastn

blastp

blastx

tblastn

tblastx

 

 

 

 

Pfam – Protein families

• Białka można grupować w rodziny na 

podstawie podobieństwa JEDNAK

• Często można wyróżnić określony motyw – 

domenę, czy sekwencję peptydową, która 
występuje u różnych, niespokrewnionych 
ze sobą pod innym względem białek.

• Taka domena często ma określoną 

specyficzną funkcję, np. aktywność 
helikazy, czy rybonukleazy

 

 

Baza danych Pfam zawiera informacje o takich 
domenach – opis funkcjonalny domeny, linki do 
struktur krystalograficznych oraz prawdopodobną 
sekwencję domeny w postaci multiple alignment 
lub Position Specific Score Matrix

Znanych jest 7600 takich domen.

74% białek posiada przynajmniej jedną domenę w 
bazie Pfam.

 

 

 

 

Multiple alignment dla domen

 

 

Position Specific Score Matrix 

Pozycja 1: V 0,3 ; G 0,02 ; L 0,68

Pozycja 2: L 0,6 ; M 0,2 ; C 0,2

Pozycja 3: D 0,1 ; F 0,01 ; G 0,01 ; H 0,88

………

………

………

Pozycja N: A 0,99 ; G 0,01

 

 

 

 

PSI-BLAST