LR Zadanie 1

Oblicz prawdopodobieństwo poniższych rodowodów zakładając następujące

częstości markera: 1 -0,1; 2-0,2; 3-0,3.

Porównaj wyniki obliczając LR. Zinterpretuj wynik.

LR Zadanie 2

Przyjmując następujące częstości alleli locus A: 1 -0.1; 2 -0,2; 3 -0,3

oblicz szanse, że mężczyzna oznaczony `?' jest spokrewniony z pozostałymi osobami, tak jak pokazano. Jako alternatywę przyjmij, że nie jest on w ogóle spokrewniony z pokazanymi osobami.

LR Zadanie 3

Oblicz prawdopodobieństwo poniższego rodowodu przyjmując dziedziczenie autosomalne dominujące, 100% penetrację i częstość zmutowanego genu w populacji - 0,01; 0,02; 0,03; 0,04.

Zapisz wynik w formie log₁₀

Powtórz obliczenia przyjmując dziedziczenie autosomalne recesywne.

Jaki zapis jest wygodniejszy?

Który rodzaj dziedziczenia jest bardziej prawdopodobny i ile razy?

Linkage Zadanie 1

Oblicz iloraz prawdopodobieństw (szanse) i ich logarytm (LOD score) dla hipotezy, że choroba o dziedziczeniu autosomalnym dominującym jest sprzężona z locus A, którego allele oznaczono w przedstawionych poniżej rodzinach. Przyjmij  (theta)=0

Linkage Zadanie 2

Oblicz iloraz prawdopodobieństw (szanse) i ich logarytm (LOD score) dla hipotezy, że choroba o dziedziczeniu autosomalnym dominującym jest sprzężona z locus A, którego allele oznaczono w przedstawionych poniżej rodzinach. Przyjmij  (theta) =0,05, 0.1, 0,2. Jakie wnioski na temat lokalizacji genu wywołującego chorobę można wyciągnąć z obliczeń?

Linkage Zadanie 3

Oblicz iloraz prawdopodobieństw (szanse) i ich logarytm (LOD score) dla hipotezy, że choroba o dziedziczeniu autosomalnym dominującym jest sprzężona z locus A, którego allele oznaczono w przedstawionych poniżej rodzinach. Przyjmij  (theta)=0. Zakładając, że w powyższych rodowodach występuje ta sama choroba jaki jest łączny LOD score?

Linkage Zadanie 1 (Odpowiedź)

Oblicz iloraz prawdopodobieństw (szanse) i ich logarytm (LOD score) dla hipotezy, że choroba o dziedziczeniu autosomalnym dominującym jest sprzężona z locus A, którego allele oznaczono w przedstawionych poniżej rodzinach. Przyjmij  (theta)=0

LR 2 LOD 0,301030

Linkage Zadanie 2 (Odpowiedź)

Oblicz iloraz prawdopodobieństw (szanse) i ich logarytm (LOD score) dla hipotezy, że choroba o dziedziczeniu autosomalnym dominującym jest sprzężona z locus A, którego allele oznaczono w przedstawionych poniżej rodzinach. Przyjmij  (theta) =0,05, 0.1, 0,2. Jakie wnioski na temat lokalizacji genu wywołującego chorobę można wyciągnąć z obliczeń?

LR 32,2687697779, 39,6718580736 27,4877906944

LOD 1,50878 1,59848 1,4391398

Linkage Zadanie 3 (Odpowiedź)

Oblicz iloraz prawdopodobieństw (szanse) i ich logarytm (LOD score) dla hipotezy, że choroba o dziedziczeniu autosomalnym dominującym jest sprzężona z locus A, którego allele oznaczono w przedstawionych poniżej rodzinach. Przyjmij  (theta)=0. Zakładając, że w powyższych rodowodach występuje ta sama choroba jaki jest łączny LOD score?

16:1, 1,204 LR 8 LOD 0.903089

Razem 128:1 2,107

LR Zadanie 1 (odpowiedź)

Oblicz prawdopodobieństwo poniższych rodowodów zakładając następujące

częstości markera: 1 -0,1; 2-0,2; 3-0,3.

Porównaj wyniki obliczając LR. Zinterpretuj wynik.

L= 0,0006 L= 0,00006

LR=10

LR Zadanie 2 (odpowiedź)

Przyjmując następujące częstości alleli locus A: 1 -0.1; 2 -0,2; 3 -0,3

oblicz szanse, że mężczyzna oznaczony `?' jest spokrewniony z pozostałymi osobami, tak jak pokazano. Jako alternatywę przyjmij, że nie jest on w ogóle spokrewniony z pokazanymi osobami.

0,5/2ab= 0,5/ 0,12=4.17

LR Zadanie 3 (odpowiedź)

Oblicz prawdopodobieństwo poniższego rodowodu przyjmując dziedziczenie autosomalne dominujące, 100% penetrację i częstość zmutowanego genu w populacji - 0,01, 0,02, 0,03, 0.04.

0,009801, 0,019208, 0,028227, 0,036864

dD**3+d**2*D**2

=A1*(1-A1)*(1-A1)*(1-A1)+A1*A1*(1-A1)*(1-A1)

Powtórz obliczenia przyjmując dziedziczenie recesywne.

d**3 (1-d) =A1*A1*A1*(1-A1)

0,00000099, 0,00000784, 0,00002619, 0,00006144

Który rodzaj dziedziczenia jest bardziej prawdopodobny i ile razy?

LR Zadanie 3

Oblicz prawdopodobieństwo poniższego rodowodu przyjmując dziedziczenie autosomalne dominujące, 100% penetrację i częstość zmutowanego genu w populacji - 0,01, 0,02, 0,03, 0.04.

0,009801, 0,019208, 0,028227, 0,036864

dD**3+d**2*D**2

=A1*(1-A1)*(1-A1)*(1-A1)+A1*A1*(1-A1)*(1-A1)

Powtórz obliczenia przyjmując dziedziczenie recesywne.

d**3 (1-d) =A1*A1*A1*(1-A1)

0,00000099, 0,00000784, 0,00002619, 0,00006144

Który rodzaj dziedziczenia jest bardziej prawdopodobny i ile razy?

pedfile.dat

1 1 2 3 0 0 0 1 0 2 Ped: 1 Per: 1

1 2 0 0 1 0 0 1 1 2 Ped: 1 Per: 2

1 3 0 0 1 0 0 2 0 1 Ped: 1 Per: 3

datafile.dat

1 0 0 5 << NO. OF LOCI, RISK LOCUS, SEXLINKED (IF 1) PROGRAM Mlink

0 0.0 0.0 0 << MUT LOCUS, MUT MALE, MUT FEM, HAP FREQ (IF 1)

1

1 2 << AFFECTION, NO. OF ALLELES

0.97 0.03 << GENE FREQUENCIES

1 << NO. OF LIABILITY CLASSES

0 1 1 << PENETRANCES

0 0 << SEX DIFFERENCE, INTERFERENCE (IF 1 OR 2)

0<< RECOMBINATION VALUES

1 0.20000 0.10 << REC VARIED, INCREMENT, FINISHING VALUE

Linkage Zadanie 3

Oblicz iloraz prawdopodobieństw (szanse) i ich logarytm (LOD score) dla hipotezy, że choroba o dziedziczeniu autosomalnym dominującym jest sprzężona z locus A, którego allele oznaczono w przedstawionych poniżej rodzinach. Przyjmij  (theta)=0. Zakładając, że w powyższych rodowodach występuje ta sama choroba jaki jest łączny LOD score?

16:1, 1,204 LR 8 LOD 0.903089

Razem 128:1 2,107

1 1 2 3 0 4 4 1 0 2 1 3 Ped: 1 Per: 1

1 2 0 0 1 0 0 1 1 2 1 3 Ped: 1 Per: Fat

1 3 0 0 1 0 0 2 0 1 1 2 Ped: 1 Per: Moth

1 4 2 3 0 5 5 2 0 1 1 1 Ped: 1 Per: 4

1 5 2 3 0 6 6 1 0 2 2 3 Ped: 1 Per: 5

1 6 2 3 0 0 0 1 0 2 1 3 Ped: 1 Per: 6

2 0 0 5 << NO. OF LOCI, RISK LOCUS, SEXLINKED (IF 1) PROGRAM

0 0.0 0.0 0 << MUT LOCUS, MUT MALE, MUT FEM, HAP FREQ (IF 1)

1 2

1 2 << AFFECTION, NO. OF ALLELES

0.99 0.01 << GENE FREQUENCIES

1 << NO. OF LIABILITY CLASSES

0 1.0000 1.0000 << PENETRANCES

3 3 << ALLELE NUMBERS, NO. OF ALLELES

0.33333 0.33333 0.33333 << GENE FREQUENCIES

0 0 << SEX DIFFERENCE, INTERFERENCE (IF 1 OR 2)

0 << RECOMBINATION VALUES

1 0.20000 0.1 << REC VARIED, INCREMENT, FINISHING VALUE

Linkage Zadanie 1

Oblicz iloraz prawdopodobieństw (szanse) i ich logarytm (LOD score) dla hipotezy, że choroba o dziedziczeniu autosomalnym dominującym jest sprzężona z locus A, którego allele oznaczono w przedstawionych poniżej rodzinach. Przyjmij  (theta)=0

LR 2 LOD 0,301030

MLINK

1 1 0 0 3 0 0 1 1 1 3 3 M

1 2 0 0 3 0 0 2 0 2 1 2 F

1 3 1 2 0 4 4 1 0 1 2 3 Ped: 1 Per: 1

1 4 1 2 0 0 0 1 0 1 2 3 Ped: 1 Per: 4

2 0 0 5 << NO. OF LOCI, RISK LOCUS, SEXLINKED (IF 1) PROGRAM

0 0.0 0.0 0 << MUT LOCUS, MUT MALE, MUT FEM, HAP FREQ (IF 1)

1 2

1 2 << AFFECTION, NO. OF ALLELES

0.99 0.01 << GENE FREQUENCIES

1 << NO. OF LIABILITY CLASSES

0 1 1.0000 << PENETRANCES

3 4 << ALLELE NUMBERS, NO. OF ALLELES

0.25 0.25 0.25 0.25 << GENE FREQUENCIES

0 0 << SEX DIFFERENCE, INTERFERENCE (IF 1 OR 2)

0 << RECOMBINATION VALUES

1 0.20000 0.1 << REC VARIED, INCREMENT, FINISHING VALUE

Imię i nazwisko …………………… …. Grupa ……………… 07 10 2005

U ojca w rodzinie na rysunku występuje choroba o dziedziczeniu autosomalnym dominującym i penetracji 0.8. U wszystkich osób oznaczono allele układu markerowego A,

o którym wiadomo, że jest zlokalizowany w odległości ok. 10Mb od locus choroby.

Zakładając 10% rekombinacji pomiędzy locus choroby a markerem A ( =0.1) oblicz prawdopodobieństwo, że młodsze dziecko jest chore. Podaj formułę obliczeń.

Przyjmij, że gen D wywołujący chorobę jest na tyle rzadki, że częstość homozygot jest zaniedbywalna. Podobnie zaniedbaj możliwość, że matka (niespokrewniona z ojcem) jest zdrowym nosicielem.

ODPOWIEDŹ

(2=D 1=D)

=0,5*(0,1+0,9*0,2)*(0,9*0,8) + 0,5*(0,9+0,1*0,2)*(0,1*0,8) L_Chore

=0,5*(0,1+0,9*0,2)*(0,1+0,9*0,2) +0,5*(0,9+0,1*0,2)*(0,9+0,1*0,2) L_Zdrowe

LR= 0,298

P=0,23

1 1 0 0 3 0 0 1 1 2 1 2 Ped: 1 Per: 1

1 2 0 0 3 0 0 2 0 1 3 4 Ped: 1 Per: 2

1 3 1 2 0 4 4 2 0 1 2 3 Ped: 1 Per: 3

1 4 1 2 0 0 0 2 0 2 2 4 Ped: 1 Per: 4

2 0 0 5 << NO. OF LOCI, RISK LOCUS, SEXLINKED (IF 1) PROGRAM

0 0.0 0.0 0 << MUT LOCUS, MUT MALE, MUT FEM, HAP FREQ (IF 1)

1 2

1 2 << AFFECTION, NO. OF ALLELES

0.999 0.001 << GENE FREQUENCIES

1 << NO. OF LIABILITY CLASSES

0 0.8 0.8 << PENETRANCES

3 4 << ALLELE NUMBERS, NO. OF ALLELES

0.25 0.25 0.25 0.25 << GENE FREQUENCIES

0 0 << SEX DIFFERENCE, INTERFERENCE (IF 1 OR 2)

0 << RECOMBINATION VALUES

1 0.1 0.1 << REC VARIED, INCREMENT, FINISHING VALUE

Oblicz prawdopodobieństwo poniższego rodowodu przyjmując dziedziczenie dominujące sprzężone z płcią, 100% penetrację i częstość zmutowanego genu w populacji - 0,01, 0,02, 0,03

Powtórz obliczenia pprzyjmując dziedziczenie autosomalne dominujące. Który sposób dziedziczenia jest bardziej prawdopodobny? Ile razy?

=2*0,9*0,1*0,9*0,9*0,5 SEX LINKED

=2*0,9*0,1*0,9*0,9*0,5*0,5 autosomal

D	L (Sex Linked)	L (autosomal)
0,1	0,0729	0,03645
0,01	0,00970299	0,004851495
0,001	0,000997003	0,000498501

1 1 0 0 3 0 0 1 1 2 F

1 2 0 0 3 0 0 2 0 1 M

1 3 1 2 0 4 4 2 0 2 Ped: 1 corka

1 4 1 2 0 0 0 1 0 1 Ped: 1 syn

SEX LINKED

1 0 1 5 << NO. OF LOCI, RISK LOCUS, SEXLINKED (IF 1) PROGRAM

0 0.0 0.0 0 << MUT LOCUS, MUT MALE, MUT FEM, HAP FREQ (IF 1)

1 2

1 2 << AFFECTION, NO. OF ALLELES

0.999 0.001 << GENE FREQUENCIES

1 << NO. OF LIABILITY CLASSES

0 1 1.0000 << PENETRANCES

0 1

0 0 << SEX DIFFERENCE, INTERFERENCE (IF 1 OR 2)

0 << RECOMBINATION VALUES

1 0.20000 0.1 << REC VARIED, INCREMENT, FINISHING VALUE

AUTOSOMAL

1 0 0 5 << NO. OF LOCI, RISK LOCUS, SEXLINKED (IF 1) PROGRAM

0 0.0 0.0 0 << MUT LOCUS, MUT MALE, MUT FEM, HAP FREQ (IF 1)

1 2

1 2 << AFFECTION, NO. OF ALLELES

0.999 0.001 << GENE FREQUENCIES

1 << NO. OF LIABILITY CLASSES

0 1 1.0000 << PENETRANCES

0 0 << SEX DIFFERENCE, INTERFERENCE (IF 1 OR 2)

0 << RECOMBINATION VALUES

1 0.20000 0.1 << REC VARIED, INCREMENT, FINISHING VALUE

pedfile.dat

1 1 2 3 0 0 0 1 0 1 Ped: 1 Per: 1

1 2 0 0 1 0 0 1 1 2 Ped: 1 Per: 2

1 3 0 0 1 0 0 2 0 1 Ped: 1 Per: 3

SEX linked

datafile.dat

1 0 1 5 << NO. OF LOCI, RISK LOCUS, SEXLINKED (IF 1) PROGRAM

0 0.0 0.0 0 << MUT LOCUS, MUT MALE, MUT FEM, HAP FREQ (IF 1)

1 2

1 2 << AFFECTION, NO. OF ALLELES

0.999 0.001 << GENE FREQUENCIES

1 << NO. OF LIABILITY CLASSES

0 1 1.0000 << PENETRANCES

0 1

0 0 << SEX DIFFERENCE, INTERFERENCE (IF 1 OR 2)

0 << RECOMBINATION VALUES

1 0.20000 0.1 << REC VARIED, INCREMENT, FINISHING VALUE

11

23

13

11

12

13

34

12

1 2

?

2 3

2 3

3 3

1 2

23

23

33

23

13

11

12

23

11

12

23

23

12

11

23

12

11

11

12

13

13

23

13

11

12

13

3 3

2 3

2 3

?

13

12

34

13

12

11

13

23

11

11

23

13

11

12

13

34

12

13

23

13

11

12

13

12

1 2

3 3

2 3

2 3

2 3

2 3

3 3

1 2

---