modyfikacja

Opis, funkcje

Przykłady

1. obróbka proteolityczna

nieodwracalna, obróbka proteolityczna
aktywuje białko

proinsulina  insulina (obróbka proteolityczna)
proteoliza białek kaskady krzepnięcia krwi
prokaspazy  aktywne kaspazy
synteza siRNA – Dicer aktywowany przez CED-3 (cięcie)

2. wycinanie intern
(splicing białek)

nieczęste, unikalny mechanizm, nie wymaga ATP
1. atak nukleofilowy, 2. transestryfikacja, 3. cyklizacja Asn, 4. zbigowane
eksteiny
konserwowane aminokwasy w miejscach złącza

Inteina dwuczęściowa w DnaE – katalitycznej podjednostce polDNA III
Cyanobacteria

3. acetylacja

- usunięcie ładunku + histonów  rozluźnienie chromatyny
- naznaczenie do destrukcji

histony
bromodomena – rozpoznaje acetylowane histony

4. hydroksylacja

- kolagen – prawidłowa struktura tkanki łącznej
- HIF alfa – sensor stężenia tlenu

hydroksylaza prolilowa hydroksyluje część prolin w kolagenie

5. ADP-rybozylacja

1. rekrutacja białek do naprawy DNA
2. gdy uszkodzenia są liczne i zabraknie ADP-rybozy  nekroza
3. elongacja telomerów
PARP-1 polimeraza poliADP-rybozy 1
glikohydrolaza – usuwa łańcuchy poliADP-rybozy (odwracalna)
NAD – donor ADP-rybozy

TRF1 – hamuje przyłączanie się telomerazy do telomerów
ADP-rybozylowany przez tankyrazy (regulator elongacji telomerów)

6. Fosforylacja

odwracalna: fosforylacja – kinaza, defosforylacja – fosfataza
- regulacja aktywności enzymów
fosforylowane aa: Ser, Thr (kinazy serynowo-treoninowe)
Tyr (kinazy tyrozynowe)
- kontekst aa: aa w pobliżu fosforylowanego aa wpływają na rozpoznanie celu
przez kinazę

Motywy kinaz i fosfataz rozpoznające białko:
(1) bruzda dokująca, (2) domena globularna

Fosforylaza glikogenu (fosforylowana – aktywna, rozkład glikogenu)
Kinazy MAP – kaskada sygnałów
Kinaza Aurora – fosforyluje histon H3 w czasie mitozy

Kinaza tyrozynowa: wielodomenowa.
Domena kinazy (wiążę ATP i substrat)
Domeny SH2, SH3 rozpoznają motywy w fosforylowanym białku

Kinaza histydynowa (TCSTS – system dwuskładnikowy)

7. Metylacja

Metylacja lizyny (do 3 grup Me)
wzrost hydrofobowości
nie znosi ładunku

Metylacja argininy
do 2 grup Me
dwie kombinacje dimetylo-R,
odmienny kształt izomerów

Przekształcenie Argininy w Cytrulinę
R  metylacja  odłączenie metyloaminy  Cytrulina

Metylowana lizyna może oddziaływać z kieszenią hydrofobową

8. Glikozylacja

1. białka powierzchniowe
2. wyciszanie genów – glikozylacja czynnika transkrypcyjnego
Glikozylacja zachodzi w błonie ER, dołączane są kolejne cukry
Transferaza oligosacharydów

białka powierzchniowe, np. grupy krwi
N-glikozylacja: do N asparaginy
O-glikozylacja: do O seryny

9. Ubikwitynacja

- poliubikwitynacja (Lys grupy ε NH2) – naznaczenie do degradacji
- kontrola jakości białek (degradacja źle zwiniętych)
- regulacja: aktywacja transkrypcji
- domeny wiążące ubikwitynę
Ubi ulega recyklingowi po użyciu.

1. Cięcie prekursora Ubi  Ubi 72 aa
2. Związanie przez E1, aktywacja
3. Związanie przez E2
4. Przeniesienie Ubi na ligazę ubikwitynową: RING E3 lub HECT
5. Dołączenie Ubi do białka substratowego przez ligazę
6. Skierowanie do degradacji

10. SUMOilacja

SUMO – small ubiquitin-like protein
zachodzi podobnie jak ubikwitynacja (enzymy E1, E2, ligaza)
- zanik oddziaływania między białkami
- umożliwienie jakiegoś oddziaływania
- indukcja zmian konformacyjnych w białku
- represja transkrypcji przez sumoilację
- udział w cyklu glikozydazy tymidyny

izopeptydazy – odcinają SUMo

zw. z ruchem białek w jądrze: ruch między jąderkiem a nukleoplazmą
segregacja pęcherzyków egzocytotycznych
sumoilacja kanałów jonowych
fuzja i podział mitochondriów

11. Neddylacja

- zanik oddziaływania między białkami (degradacja źle zwiniętych)
- umożliwienie jakiegoś oddziaływania
- indukcja zmian konformacyjnych w białku

kulina
epidermalny czynnik wzrostu (EGF)

12. Sulfonowanie

donor reszt sulfonowych – PAPS

gastryna – białko w przew. pokarmowym

13. Jodynacja

tyrozyna w tyroglobulinie

14. Acylacja (doł. KT)
Prenylacja (doł.
izoprenoidów)

długie cz. o char. hydrofobowym (hydrofobowa kotwica, kotwiczenie w
błonie)