Ich budowa jest prymitywna, jednak są zróżnicowane na tkanki. Odpowiednikiem ich prajelita jest przestrzeń gastro - waskularna, do której prowadzi otwór, będący jednocześnie otworem gębowym i odbytowym. Trawienie zachodzi tam zewnętrznie, jednak pokarm jest następnie wchłaniany do komórek endodermalnych trawiących (kolejny etap trawienia wewnętrzne). Ich układ nerwowy jest dyfuzyjny (siatkowaty), zawiera komórki odbierające bodźce ze środowiska zewnętrznego. Są obecne też narządy zmysłów: ropalia na brzegach dzwonów meduz, a także statocysty, będące narządami równowagi (złożone ze statolitów zbudowanych z CaCO3, uciskających komórki czuciowe). Występują komórki mięśniowe (wewnętrzne okrężne, zewnętrzne podłużne), komórki gruczołowe (przytwierdzenie parzydełkowca do podłoża). Charakterystyczną cechą parzydełkowców jest obecność parzydełek. Powstają one z knidoblastów, zawierają knidocyl, odbierający bodźce ze środowiska. Z knidocytów (komórek parzydełkowych, nematocytów) ,,wyskakują“ parzydełka, które mogą wbijać się w ciało ofiary i wstrzykiwać substancję trującą (penetranty), owijać się wokół ciała ofiary (wolwenty) lub przyklejać się do ofiary przy pomocy kleistej substancji (glutynanty). W mezoglei występują zaś komórki interstycjalne, które są titopotencjalne (mogą różnicować się we wszystkie inne typy komórek). U parzydełkowców występują również gonady, które nie mają przewodów wyprowadzających.