Zestaw 1
1. Zapisz wzorami strukt. reakcje, podaj dokładne nazwy wszystkich reagentów i nazwy enzymów:
a) reakcji gdzie utleniaczem jest NADP+
b) reakcji, gdzie koenzymem jest biotyna
c) reakcji, gdzie reagentem jest 3-hydroksyacylo-CoA
d) reakcji w której następuje synteza wiązania fosfoestrowego
2. Z glicerolu w wątrobie może powstać związek, z którego może być syntetyzowany glikogen zapasowy.
a) Co to za proces? opisz jego przebieg (nie podając równań reakcji i nazw enzymów, a jedynie nazwy pośrednich metabolitów).
b) ile moli wiązań wysokoenergret, w przeliczeniu na ATP należy zużyć na przekształcenie 1 mola glicerolu w glikogen? dla uproszczenia: przyjąć: 1 mol NADH = 2,5 mol ATP zawsze
3. Opisz rolę biologiczną w komórkach związków:
a) PLP
b) glukagon
c) plastocyjanina
d) cAMP
e) karnityna
4. Elementami jakich szlaków metabolicznych są następujące reakcje i w jakich obszarach cytoplazmy komórek zwierzęcych zachodzą one:
a) fruktozo-1,6-bisfosforan -> fruktozo-6-fosforan
b) ornityna -> cytrulina
c) 6-fosfoglukonian -> rybulozo-5-fosforan
d) acetylo-CoA -> malonylo-CoA
e) fumaran -> jabłczan
5. Definicje:
a) SRP
b) fosforylacja cykliczna
c) białka G
d) nukleosom
e) wtórny transport aktywny
Zestaw 2
1. Reakcje
a) powstaje wiązanie podwójne
b) rozpada sie wiązanie C-C
c) z fosforanem pirodoksalu jako kofaktor
d) powstaje wiązanie tioestrowe
2. Świnki wcinają ziemniaczki w jakich procesach powstają acetylo-CoA i glicerol potrzeby do syntezy ich tłuszczyku. Ile moli ATP i reduktora potrzeba, aby stworzyły tripalmitynianglicerolu
3. O przenośnikach błonowych, co to antyport i przykład
4. Podać aminokwasy:
a) egzogenny dla człowieka
b) występuje w białkach ale nie ma swojego kodonu
c) o wzorze sumarycznym C5H10N2
d) w pH 7 ma ładunek wypadkowy +
e) nie występuje w białkach ale pełni funkcje w szlaku
5. Encyklopedia:
a) nitrogenaza
b) F0F1 ATPaza
c) PSII
d) enzym regulatorowy
e) nukleotydocukier
Zestaw 3
1. cAMP-co to jest-pełna nazwa, gdzie produkowane, z czego, jaki enzym katalizuje i do czego służy.
2. Jakie cząsteczki chemiczne przenoszą enzymy, których kofaktorami są:
a) fosforan pirydoksalu
b) biotyna
c) S-adezylometionina
d) i jakis kwas
3. Wyjasnić do encyklopedii:
a) cząstka SRP
b) UDP-glukoza
c) plastochinon
d) acylokarnityna
e) posttranslacyjna obróbka pre mRNA
4. Sumaryczny efekt energetyczny Ala-Asp-Glu jeśli szkielet węglowy wchodzi do produkcji glukozy, a (cośtam) do NH4+.
5. Strukturalnie reakcje w których występuje:
a) izomeracja aldoza-ketoza(albo odwrotnie)
b) przenoszenie cząsteczki trójwęglowej
c) wewnątrzcząsteczkowe przenoszenie grupy ortofosforanowej.
Zestaw 4
1. Napisać strukturalnie reakcje (wszystkie enzymy i nazwy)
a) z ATP do AMP i PPi
b) z szczawiooctanem jako substratem
c) reakcja gdzie cząsteczka wody przyłącza się do wiązania podwójnego
d) z FAD jako reduktorem
2. NADPH co to jest - pełna nazwa
a) z czego się składa
b) połączyć kreskami co z czym się łączy (słownie)
c) dwa przykłady procesów anabolicznych gdzie NADPH jest reduktorem
d) szlak metaboliczny, który dostarcza najwięcej NADPH
e) wzór strukturalny reszty, która uczestniczy w redukcji/utlenianiu i napisać tą reakcję.
3. W jakich ważnych szlakach uczestniczą:
a) 3-hydroksy-3-metyloglutarylo-CoA
b) UDP-glukoza
c) kwas fosfatydowy
4. Jaki zysk z rozpadu kwasu stearynowego do H2O i CO2?
5. Definicje do encyklopedii:
a) enzymy allosteryczne
b) fosforan pirodoksalu
c) cAMP
d) czółenko glicerolowofosforanowe
e) poliadenylacja
Zestaw 5
1. Napisz strukturalnie reakcje, w których:
a) zachodzi międzycząteczkowe przeniesienie fragmentu dwuwęglowego
b) zachodzi dehydratacja z wytworzeniem wiązania podwójnego
c) występuje wolny CoA
d) z NADP jako utleniaczem.
2. GLICEROL
a) jak może wchodzić do glikolizy i glukoneogenezy
b) zysk z degradacji glicerolu do CO2
c) koszt utworzenia jednego mola glukozy z jednego mola glicerolu
3. Opisz co się dzieje w ADIPOCYCIE z triacyloglicerolami kiedy wzrasta poziom GLUKAGONU
4. Podaj elemnty, z których składają się:
a) Cytydyna
b) UDP-glukoza
c) Cerebrozyd
d) Kwas fosfatydowy
e) FAD
5. Definicje do encyklopedii:
a) Karboksylaza/Oksydaza rybulozobisfosforanu (chyba )
b) Pompa protonowa
c) Kotransport
d) fragmenty okazaki
e) Fotoukład I
Zestaw 6
1. Reakcje:
a) z powstającym AMP
b) z kinazą
c) z fosforanem pirydoksalu
d) z karboksylacją.
2. Hormony sterujące syntezą / rozpadem glikogenu
a) gdzie powstają
b) na jakie enzymy działają
c) jaka jest ich natura chemiczna
d) opisać dowolny szlak regulacji w syntezie / rozpadzie w miarę możliwosci co i jak robią
3. Transporty - dyfuzja prosta vs. ułatwiona, transport aktywny pierwotny vs. wtórny, antyport+przykład. opisać czym jest "kanał jonowy bramkowany ligandem" + przykład
4. Z mleczanu glukoza - kiedy, po co, jakim kosztem i gdzie.
5. Definicje:
a) fotofosforylacja cykliczna
a) "kap"
a) polirybosom
a) czółenko jabłczanowo - asparaginowe.
Zestaw 7
1. Napisz wzorami strukturalnymi reakcje:
a) oksydacyjnej dekarboksylacji
b) izomeracji keto-aldolowej
c) w której bezpośrednio uczestniczy ATP
d) w której enzymem jest fosfataza.
2. Glukagon i adrenalina są hormonami…itp.
a) napisz jakie są biologiczne zasady funkcjonowania tych hormonów (to pytanie było jakoś podobnie sformułowane)
b) gdzie są produkowane w organizmie
c) co jest wtórnym przekaźnikiem w ich działaniu
d) narysuj schemat ich działania - od wzrostu poziomu adrenaliny (glukagonu) do wzrostu stężenia glukozy we krwi.
3. Rozszyfruj skróty:
a)FADH2
b)cGMP
c)deltaG0'
d)Lys
e)UQH2 (CoQ).
4. Glukoza może powstawać z kw. mlekowego. Jak nazywa się taki cykl przemian? Gdzie zachodzi? Jak nazywa się związek, który jest prekursorem kwasu mlekowego i enzym, który prowadzi przemianę kwasu mlekowego w ten związek? Ile energii kosztują przemiany kwasu mlekowego w glukozę? Uzasadnij odpowiedź bez pisania całego ciągu reakcji.
5. Wytłumacz hasła dla encyklopedii biologicznej (krótko i treściwie):
a) sfingolipid
b) białko G
c) biotyna
d) pierwotny transport aktywny
Zestaw 8
1. Pirogronian jest jednym z centralnych metabolitów komórkowych i może powstawać w wyniku przemian cukrów, glicerolu, a także niektórych aminokwasów. Ile moli wiązań wysokoenergetycznych (w przeliczeniu na ATP) może dostarczyć komórce pełna degradacja 1 mola pirogronianu do H2O i CO2? Uzasadnij odpowiedź.
2. Zapisz (o ile to możliwe stosując wzory strukturalne) po jednym przykładzie reakcji katalizowanej przez:
a) mutazę
b) kinazę
c) izomerazę
d) fosfatazę
3. FAD uczestniczy w licznych biologicznych reakcjach redox jako akceptor elektronów
a) Podaj pełną nazwę tego związku
b) Z jakich prostych substancji składa się jego cząsteczka (nazwy i liczba reszt)
c) Podaj dwa przykłady konkretnych reakcji w których FAD jest utleniaczem (stosując wzory strukturalne)
4. Pirofosforan izopentenylu, urydynodifosforan glukozy, kwas fosfatydowy, malonylo-CoA są metabolitami pośrednimi na szlakach biosyntezy różnych ważnych dla organizmów substancji. Jakich?
5. Wytłumacz hasła dla encyklopedii biologicznej (krótko i treściwie):
a) fotoukład II
b) cytochrom
c) glukoneogeneza
d) inhibitor kompetycyjny
Zestaw 9
1. Glicerol, powstający w wyniku lipolizy pokarmowych lub zapasowych tłuszczów, może ulegać pełnemu utlenieniu do H2O i CO2. W wyniku jakich reakcji glicerol może włączyć się w typowe szlaki metabolizmu komórkowego? (podaj odpowiednie reakcje) Ile energii użytecznej (w przeliczeniu na mole ATP) może uzyskać komórka netto w wyniku pełnego utlenienia 1 mola glicerolu? Uzasadnij odpowiedź.
2. Zapisz (w miarę możliwości wzorami strukturalnymi) równania reakcji katalizowanych przez:
a) izomerazę fosfotriozową
b) dehydrogenazę jabłczanową
c) dehydrogenazę acylo-CoA
W jakich procesach metabolicznych uczestniczą te enzymy?
3. NADPH jest reduktorem wykorzystywanym w licznych procesach biosyntezy. Jakie są główne żródła tego związku w komórkach zwierzęcych i roślinnych? Jaki fragment cząsteczki NADPH uczestniczy w procesach redox - zapisz strukturę tego fragmentu w formie zredukowanej i utlenionej.
4. Z jakich (i ilu) reszt prostych związków składa się cząsteczka:
a) fosfatydylocholiny
b) urydyny
c) dinukleotydu flawinoadeninowego
d) cAMP
e) cerebrozydu?
5. Wytłumacz hasła dla encyklopedii biologicznej (krótko i treściwie):
a) fotoukład I
b) efektor allosteryczny
c) syntetaza kwasów tłuszczowych
d) punkt izoelektryczny białka
Zestaw 10
1. Powstający w intensywnie pracujących mięśniach kwas mlekowy może zostać wykorzystany do resyntezy glukozy. Gdzie zachodzi i jak się nayzwa ten proces? Ile „kosztuje” (w przeliczeniu na mole ATP) resynteza 1 mola glukozy z kwasu mlekowego?
2. Zapisz (jeśli potrafisz wzorami strukturalnymi) równania reakcji katalizowanych przez enzymy:
a) syntetazę acylo-CoA
b) izomerazę pentofosforanową
c) dehydrogenazę glutaminianową
3. NADP+ (w formie zredukowanej) uczestniczy jako reduktor w wielu procesach biosyntezy.
a) Podaj pełną nazwę tego związku
b) Podaj dwa konkrente przykłady reakcji w których NADP+ uczestniczy jako reduktor (stosując wzory strukturalne)
4. Co wiesz o wewnątrzkomórkowej lokalizacji w komórkach zwierzęcych następujących procesów metabolicznych:
a) b-oksydacja kwasów tłuszczowych
b) glukoneogeneza
c) cykl mocznikowy
d) transkrypcja
e) szlak (cykl) pentozofosforanowy (fosfoglukonianowy)
f) glikoliza
g) biosynteza kwasów tłuszczowych?
5. Wytłumacz hasła dla encyklopedii biologicznej (krótko i treściwie):
a) efektor allosteryczny
b) ferredoksyna
c) F0F1 ATPaza
d) aminokwas ketogenny
Zestaw 11
1. Napisz wzorami strukturalnymi po dwa konkretne przykłady reakcji enzymatycznych zachodzących w cytosolu matriks mitochondrialnej. Nazwij te enzymy, podaj ewentualnie pełne nazwy koenzymów z którymi współpracują oraz określ w jakich szlakach (cyklach) metabolicznych uczestniczą.
2. Glutaminian, kwas mlekowy i glicerol mogą być efektywnie wykorzystywane do syntezy glukozy na szlaku glukoneogenezy. W jaki sposób wymienione związki mogą włączyć się w ten szlak? (wystarczy podać nazwy kluczowych metabolitów pośrednich i ew. nazwy odpowienich procesów metabolicznych)
3. Katalizowane przez syntetazę kwasów tłuszczowych powstawanie palmitoilo-CoA
(z acetylo-CoA i malonylo-CoA) jest procesem redykcyjnym.
a) Jaki związek (lub związki) jest wykorzystywany w tym procesie jako reduktor?
b) Ile moli tego reduktora (reduktorów) potrzeba aby mógł powstać 1 mol palmitoilo-CoA?
c) Jakie jest główne źródło tego reduktora (reduktorów) w komórkach zwierzęcych?
d) Ile moli acetylo-CoA i malonylo-CoA potrzeba do syntezy 1 mola palmitoilo-CoA w reakcjach katalizowanych przez syntetazę kwasów tłuszczowych?
e) Które atomy węgla powstałego kw. palmitynowego pochodzą bezpośrednio z acetylo-CoA?
4. Wymienione są ważnymi metabolitami pośrednimi na szlakach biosyntezy różnych ważnych substancji. Jakich?
a) kwas mewalonowy
b) kwas fosfatydowy
c) 5-fosforybozylo-1-pirofosforan
d) adenozynodifosforan glukozy
5. cAMP jest ważnym modulatorem metabolizmu komórkowego
a) Podaj pełną nazwę tego związku
b) Co jest substratem do jego syntezy?
c) Jak nazywa się enzym katalizujący jego powstawanie?
d) Jaki jest molekularny mechanizm wpływu cAMP na aktywność różnych enzymów?
Zestaw 12
1. Napisz wzorami strukturalnymi po jednym konkretnym przykładzie reakcji katalizowanej przez:
a) fosfatazę
b) dehydrogenazę zależną od NADP+
c) karboksylazę
d) mutazę
Nazwij odpowiednie enzymy i szlaki (cykle) metaboliczne w których uczestniczą oraz określ w jakich przedziałach komórkowych zachodzą te reakcje.
2. Trzoda chlewna karmiona ziemniakami (wysoka zawartość skrobii) szybko przyrasta na wadze m.in. w wyniku odkładania w tkance tłuszczowej znacznych ilości zapasowych triacylogliceroli. W jaki sposób ze skrobi powstać mogą acylo-CoA i glicerol niezbędne do synrtezy triacylogliceroli? (wystarczy podać nazwy kluczowych metabolitów pośrednich i ew. nazwy odpowienich procesów metabolicznych)
3. Zaktywowane przez związanie z CoA reszty kwasów tłuszczowych mogą ulegać w mitochondriach pełnej degradacji do H2O i CO2. Ile moli wiązań wysokoenergetycznych (w przeliczeniu na ATP) może powstać w wyniku takiej degradacji 1 mola stearoilo-CoA? Uzasadnij odpowiedź.
4. Jaką reakcję katalizują kinazy białkowe? Omów, najlepiej na konkretnym przykładzie, rolę kinaz białkowych w regulacji metabolizmu komórkowego.
5. Niektóre substancje hormonalne modyfikują metabolizm komórek docelowych wnikając do ich wnętrza.
a) O jakie hormony chodzi?
b) Dlaczego, w przeciwieństwie do większości innych hormonów, mogą one wnikać do komórek?
c) Jak wyobrażamy sobie molekularny mechanizm ich oddziaływania na metabolizm komórkowy?
d) Dlaczego tylko określone komórki są wrażliwe na dany hormon?
Zestaw 13
1. Kwas stearynowy, podobnie jak inne kwasy tłuszczowe może zostać przekształcony w cząsteczki acetylo-CoA. Przedstaw (najlepiej wzorami strukturalnymi) kolejno zachodzące reakcje. Ile moli energii (w przeliczeniu na mole ATP) może uzyskać komórka netto w wyniku przemiany 1 mola kwasu stearynowego w acetylo-CoA?
2. Zapisz (jeśli potrafisz wzorami strukturalnymi) równania reakcji katalizowanych przez:
a) karboksylazę acetylo-CoA
b) dehydrogenazę bursztynianową (sukcynylanową)
c) dehydrogenazę glukozo-6-fosforanową
W jakich szlakach lub cyklach metabolicznych uczestniczą te enzymy?
3. Co rozumie się w biochemii pod określeniem „wiązanie wysokoenergetyczne”? Jakie wiązania chemiczne występujące w biomolekułach mają charakter wysokoenergetyczny? Podaj po jdnym kokretnym przykładzie związku zawierającego dany typ wiązania wysokoenergetycznego.
4. Podaj pełne nazwy substancji określanych w biochemii następującymi skrótami:
a) cAMP
b) UDP-Glc
c) FMN
d) NADP+
Z jakich (i ilu) prostych reszt prostych związków składają się ich cząsteczki?
5. Wytłumacz hasła dla encyklopedii biologicznej (krótko i treściwie):
a) enzym allosteryczny
b) flawoproteina
c) kinaza białkowa
d) aminokwas glukogenny
Zestaw 14
1. Zapisz wzorami strukturalnymi substratów i produktów:
a) reakcję transaminacji, w której jenym z substratów jest alanina
b) reakcję oksydacyjnej transaminacji, w której substratem jest glutaminian
Podaj nazwy enzymów katalizujących te reakcje i współuczestniczących koenzymów.
2. Karboksylaza acetylo-CoA jest enzymem regulatorowym na szlaku biosyntezy kwasów tłuwszczowych
a) Napisz (wzorami strukturalnymi) reakcję katalizowaną przez ten enzym
b) Co jest jej koenzymem?
c) Wiadomo, że aktywność tego enzymu jest modyfikowana w obecności cytrynianu (dodatni efektor allosterczny) i palmitoilo-CoA (ujemny efektor allosteryczny) - jaki to ma sens fizjologiczny?
3. Glicerol pochodzący z rozpadu pokarmowych lub zapasowych tłuszczów, może ulegać całkowitej degradacji do H2O i CO2.
a) Na jakiej odbywa się to drodze? (wystarczy podać w jaki sposób glicerol może włączyć się w podstawowe szlaki metaboliczne i nazwać te szlaki)
b) Jaką ilość użytecznej energii (w przeliczeniu na wiązania wysokoenergetyczne ATP) może uzyskać komórka netto w tym procesie?
4. NADP+ (w formie zredukowanej) uczestniczy jako reduktor w wielu procesach metabolicznych.
a) Podaj pełną nazwę tego związku
b) Z jakich prostych substancji składa się jego cząsteczka? (nazwy i liczba reszt)
c) Podaj dwa konkrente przykłady reakcji w których NADP+ uczestniczy jako reduktor (stosując wzory strukturalne)
d) Jakie są główne źródła tego związku w komórkach zwierzęcych i roślinnych?
14