biochemia

SGGW biologia wieczorowa semestr 3 (2011)

wyjściówka termin 2

narysuj tripeptyd- alanina-fenyloalanina-seryna.

do jakiej klasy nalezą: trypsyna, lipaza i transferaza argan. i w jakich jednostkach przedstawiamy aktywność lipazy i trypsyny.

Reakcje wspólne i odróżniające DNA i RNA.

naturalny substrat używany podczas fosfatazy kwaśnej.

zasada metody Ansona. i w jakich miejscach działa trypsyna.

jaka przedstawia zależność krzywa wzorcowa i opisać zasadę metody ilościowego oznaczania białka.

Miareczkowanie tylko nie pamiętam czego.

wzór glikogenu i reakcje charakterystyczne dla cukrów hydrolizujących.

peroksydaza chrzanowa

"..i w jakich jednostkach przedstawiamy lipaze..." - ...w jakich jednostkach przedstawiamy aktywność lipazy...

Wzór glikogenu i nazwać w nim wiązania; reakcje charakterystyczne dla cukru powstałego z hydrolizy glikogenu.

Trypsyna (EC 3.4.21.4) - enzym trawienny wytwarzany przez część zewnątrzwydzielniczą trzustki. Jest wydzielany w postaci proenzymu - trypsynogenu, który wchodzi w skład soku trzustkowego. W dwunastnicy pod wpływem niewielkich nawet ilości innego enzymu - enterokinazy dochodzi do aktywacji trypsynogenu. Dzięki autokatalitycznej zdolności trypsyny szybko dochodzi do pełnego uczynnienia wydzielonego trypsynogenu.

Trypsyna należy do endopeptydaz. Katalizuje hydrolizę wiązań peptydowych wewnątrz łańcucha polipeptydowego, w miejscach w których grupy karbonylowe należą do argininy lub lizyny. W centrum aktywnym trypsyny znajduje się seryna jako główny aminokwas kontaktowy, przez co trypsynę zalicza się do podpodklasy endopeptydaz serynowych. Optimum dla działania trypsyny wynosi ok. pH 8. Efektem jej działania na białko są peptydy o różnej długości łańcucha.

Zasada metody Ansona. Metoda ta polega na pomiarze ilosci tyrozyny i tryptofanu zawartych w peptydach uwolnionych przez enzym z substratu (kazeina). Peptydy te, w odrónieniu od białek, sa rozpuszczalne w 3-proc. kwasie trichlorooctowym. Wytracone kwasem białka usuwa sie z mieszaniny przez wirowanie lub saczenie. Enzymatyczna hydrolize białka (substratu) prowadzi sie w pH 8,6 i temp. 37°C. Oznaczenie zawartosci tyrozyny i tryptofanu w uwolnionych przez enzym peptydach

Lipaza trzustkowa (EC 3.1.1.3) - enzym z grupy hydrolaz, najważniejsza z lipaz.

Jest produkowana w trzustce, skąd pod wpływem pobudzenia zostaje wydzielona do dwunastnicy w formie nieaktywnego proenzymu[potrzebne źródło]. W dwunastnicy, pod wpływem soli kwasów żółciowych, fosfolipidów i białka kolipazy, przekształca się w formę czynną. W takiej postaci ma zdolność do hydrolizowania wiązań estrowych triacylogliceroli, czego produktami są wolne kwasy tłuszczowe (odłączone od węgli C1 i C3 glicerolu) oraz monoacyloglicerol. Lipaza trzustkowa jest białkiem rozpuszczalnym w wodzie.

Fosfataza kwaśna (ACP) (EC 3.1.3.2) - enzym z klasy hydrolaz. Jej rola polega głównie na katalizowaniu defosforylacji różnych estrów fosforanowych. Wartość pH dla optymalnego działania fosfatazy kwaśnej mieści się w zakresie od 3,4 do 6,2.

Ze względu na na optimum pH działania fosfatazy zostały podzielone na dwie grupy:

• fosfatazy kwasne aktywne w zakresie pH 4,0 do 7,0;

• fosfatazy alkaliczne aktywne w zakresie pH 9,0 do 11,0.

krzywa wzorcowa (krzywa analityczna), chem. wykres zależności wielkości mierzonej podczas analizy chem. (np. potencjału, natężenia prądu elektr.) od stężenia oznaczanego składnika.

naturalny substrat używany podczas fosfatazy kwaśnej.\

nitrofenylofosforan disodowy (pNPP).

ec	klasa	przykłady
1	Oksydoreduktazy
2	Transferazy
3	Hydrolazy	trypsyna, lipazy, fosfataza kwaśna
4	Liazy
5	Izomerazy
6	Ligazy

Glikogen - Cząsteczki glukozy w prostym łańcuchu połączone są wiązaniami α-1,4-glikozydowymi. Rozgałęzienie tworzone jest co 8-12 monomerów przez wiązanie α-1,6-glikozydowe.

Peroksydaza chrzanowa (ang. horseradish peroxidase, HRP) - enzym chrzanu pospolitego, znajdujący szerokie zastosowanie w biologii molekularnej. Jest glikoproteiną o masie cząsteczkowej 44 kDa, zawierającą cztery reszty lizynowe, które mogą związać wyznakowaną fluorescencyjnym lub luminescencyjnym barwnikiem cząsteczkę. W neurohistologii HRP stosowana jest do badania transportu aksonalnego.

Chromatografia (gr. chromatos = barwa + grapho = pisze) to technika analityczna lub preparatywna służąca do rozdzielania lub badania składu mieszanin związków chemicznych.

W każdej technice chromatograficznej najpierw rozdziela się badaną mieszaninę, a następnie przeprowadza się detekcję poszczególnych składników. Rozdział substancji następuje w wyniku przepuszczenia roztworu badanej mieszaniny przez specjalnie spreparowaną fazę rozdzielczą (złoże), zwaną też fazą stacjonarną. Fazą rozdzielczą są substancje wykazujące zdolności sorpcyjne lub zdolne do innych oddziaływań na substancje przepływające. Podczas przepływu eluentu (fazy ruchomej) przez fazę rozdzielczą następuje proces wymywania zaadsorbowanych (lub związanych) substancji. Intensywność tego procesu jest różna dla poszczególnych składników mieszaniny. Jedne składniki są więc zatrzymywane w fazie dłużej, a inne krócej, dzięki czemu może następować ich separacja. Czas przebywania danego składnika w kolumnie określany jest mianem czasu retencji.

W zależności od rodzaju eluentu czyli substancji w której rozpuszcza się badaną mieszaninę rozróżnia się następujące techniki chromatograficzne:

* chromatografia cieczowa - w której eluentem jest ciekły rozpuszczalnik lub mieszanina rozpuszczalników

* chromatografia gazowa - w której eluentem jest gaz (zwykle hel, argon lub wodór, czasem azot).

* chromatografia nadkrytyczna - w której eluentem jest gaz w stanie nadkrytycznym.

W zależności od rodzaju i sposobu przygotowania fazy rozdzielczej:

* TLC - thin layer chromatography, chromatografia cienkowarstwowa - w której fazę rozdzielczą stanowi cienka warstwa fazy stałej naniesiona na sztywną płytkę. Na tak spreparowaną płytkę nanosi się próbkę roztworu, po czym na skutek działania sił kapilarnych, grawitacji lub pola elektrycznego następuje przepływ i rozdział mieszaniny;

* chromatografia bibułowa - w której fazę rozdzielczą stanowi pasek lub arkusz bibuły filtracyjnej lub specjalnego typu bibuły chromatograficznej;

* chromatografia kolumnowa - w której faza rozdzielcza jest umieszczona w specjalnej kolumnie, przez którą przepuszcza się następnie roztwór badanej mieszaniny. Przepływ roztworu przez kolumnę można wymuszać grawitacyjnie lub stosując różnicę ciśnień na wlocie i wylocie kolumny;

* chromatografia powinowactwa - w której odpowiednio spreparowana faza rozdzielcza jest zdolna do oddziaływań chemicznych o zmiennym powinowactwie wobec rozdzielanych substancji;

* chromatografia jonowymienna - w której substancje oddziałują ze złożem za pomocą oddziaływań jonowych.

W zależności od parametrów procesu:

* HPLC - high performance/pressure liquid chromatography, wysokosprawna/ciśnieniowa chromatografia cieczowa - odmiana cieczowej chromatografii kolumnowej z użyciem eluentu pod wysokim ciśnieniem;

* FPLC - fast protein/performance liquid chromatography - szybka, białkowa/szybkosprawna chromatografia cieczowa - odmiana HPLC działająca na niższych ciśnieniach, stosująca prócz złóż sorpcyjnych, także zwykłe złoża typu sit molekularnych, służąca głównie do rozdziału białek i polipeptydów. Opatentowana i wyłączna nazwa dla firmy Pharmacia;

* UPLC - ultra performance liquid chromatography, ultrasprawna chromatografia cieczowa - odmiana cieczowej chromatografii kolumnowej. Działa na wyższych ciśnieniach i mniejszych przepływach, a kolumny mają mniejsze ziarno (1,7 - 1,8 μm). Pozwala uzyskiwać krótsze czasy retencji i wyższe rozdzielczości. Opatentowana i wyłączna nazwa dla firmy Waters.

* GPC - Gel Permeation Chromatography - chromatografia żelowa - odmiana kolumnowej chromatografii cieczowej. Polega na rozdziale składników mieszaniny na sitach molekularnych ze względu na ich wielkość (masę). Stosowana m.in. do określania średnich mas cząsteczkowych polimerów

3

3

---