1. Jaki rodzaj żelu zastosujesz, mając do rozdziału fragmenty DNA o długościach 200, 350, 5820 pz - dlaczego?

„Akrylamid pozwala przygotować nośniki o bardzo

gęstym usieciowaniu i niewielkich porach, co umożliwia separację makrocząsteczek

białkowych o masach rzędu 5 K - 300 K lub polinukleotydów o wielkości 5 - 2 000 par zasad. Agaroza - 50 ; 30000bp”

2. Chcesz wyizolować białko - czynnik transkrypcyjny. Zaproponuj strategię chromatograficzną.

http://www.pg.gda.pl/chem/Dydaktyka/Analityczna/

3. alfa-komplementacja - opis zjawiska i zastosowanie w lokalizacji transformowanych kolonii
4. Enzym restrykcyjny SmaI rozpoznaje sekwencję
CCCGGG
| | | | | |
GGGCCC
i przecina ją w środku dając tępe końce. Proszę narysować porządny wzór strukturalny tej reakcji
5. Klonowanie DNA - opis
6. W reakcji ligacji używa się zwykle kilkukrotnego (biorąc pod uwagę ilość cząsteczek) nadmiaru wstawki w stosunku do wektora. Proszę obliczyć ile µl 631 pz wstawki o stężeniu 45ng/μl trzeba dodać do 100ng plazmidu o długości 3242 pz, aby otrzymać trzykrotny nadmiar cząsteczek wstawki?
7. Proszę obliczyć ilości roztworów podstawowych potrzebnych do przygotowania 300 µl buforu do ligazy:

2. 330mM Tris - HCl pH 7.8
   100mM MgCl2
   660mM KCl
   5mM DTT
   10mM ATP

Mając do dyspozycji następujące roztwory:
1M Tris - HCl pH 7.8
1M MgCl2
1M DTT
30mM ATP
2M KCl

3. 
   
   Grupa II
   
   1. Jaki rodzaj żelu zastosujesz, mając do rozdziału fragmenty DNA o długościach 150, 155, 182 pz - dlaczego?
   2. Chcesz wyizolować białko biorące udział w rozpoznawaniu uszkodzonego DNA. Zaproponuj strategię chromatograficzną.
   3. Metody hybrydyzacyjne zastosowane do lokalizacji określonych transforantów - zasada działania i opis metody
   4. Enzym restrykcyjny AluI rozpoznaje sekwencję
   AGCT
   | | | |
   TCGA
   i przecina ją w środku dając tępe końce. Proszę narysować porządny wzór strukturalny tej reakcji
   5. Metody transformacji bakterii - zasada działania
   6. W reakcji ligacji używa się zwykle kilkukrotnego (biorąc pod uwagę ilość cząsteczek) nadmiaru wstawki w stosunku do wektora. Proszę obliczyć ile µl 234 pz wstawki o stężeniu 15ng/μl trzeba dodać do 100ng plazmidu o długości 3600 pz, aby otrzymać trzykrotny nadmiar cząsteczek wstawki?
   Proszę obliczyć ilości roztworów podstawowych potrzebnych do przygotowania 300 µl buforu do ligazy:
   330mM Tris - HCl pH 7.8
   100mM MgCl2
   660mM KCl
   5mM DTT
   10mM ATP
   Mając do dyspozycji następujące roztwory:
   1M Tris - HCl pH 7.8
   1M MgCl2
   1M DTT
   30mM ATP
   2M KCl
   
   Grupa III
   
   1. Jaki rodzaj żelu zastosujesz, mając do białka o masach cząsteczkowych 15 000Da, 24 000Da, 45 000Da - dlaczego?
   2. Chcesz wyizolować białko o nieznanych właściwościach (jedyne, co o nim wiadomo to masa cząsteczkowa = 35kDa). Zaproponuj strategię chromatograficzną.
   3. Przeszukiwanie transformantów metodą PCR. Kiedy można stosować, jakwygląda metoda?
   4. Enzym restrykcyjny PvulI rozpoznaje sekwencję
   CAGCTG
   | | | | | |
   GTCGAC
   i przecina ją w środku dając tępe końce. Proszę narysować porządny wzór strukturalny tej reakcji
   5. Enzymy wykorzystywane do klonowania - opis
   6. W reakcji ligacji używa się zwykle kilkukrotnego (biorąc pod uwagę ilość cząsteczek) nadmiaru wstawki w stosunku do wektora. Proszę obliczyć ile µl 500 pz wstawki o stężeniu 30ng/μl trzeba dodać do 100ng plazmidu o długości 2682 pz, aby otrzymać trzykrotny nadmiar cząsteczek wstawki?
   7. Proszę obliczyć ilości roztworów podstawowych potrzebnych do przygotowania 300 µl buforu do ligazy:
   330mM Tris - HCl pH 7.8
   100mM MgCl2
   660mM KCl
   5mM DTT
   10mM ATP
   Mając do dyspozycji następujące roztwory:
   1M Tris - HCl pH 7.8
   1M MgCl2
   1M DTT
   30mM ATP
   2M KCl
   

4. 
   Grupa IV
   
   1. Jaki rodzaj żelu zastosujesz, mając do białka o masach cząsteczkowych 48 000Da, 94 000Da i 180 000Da - dlaczego?
   2. Chcesz wyizolować białko nie będące enzymem. Zaproponuj strategię chromatograficzną.
   3. Przeszukiwanie bibliotek ekspresyjnych - metody oparte na identyfikacji białek - opis
   4. Enzym restrykcyjny HaeIII rozpoznaje sekwencję
   GGCC
   | | | |
   CCGG
   i przecina ją w środku dając tępe końce. Proszę narysować porządny wzór strukturalny tej reakcji
   5. W jakiej formie musi być DNA używane do transformacji i dlaczego?
   6. W reakcji ligacji używa się zwykle kilkukrotnego (biorąc pod uwagę ilość cząsteczek) nadmiaru wstawki w stosunku do wektora. Proszę obliczyć ile µl 853 pz wstawki o stężeniu 40ng/μl trzeba dodać do 100ng plazmidu o długości 1840 pz, aby otrzymać trzykrotny nadmiar cząsteczek wstawki?
   7. Proszę obliczyć ilości roztworów podstawowych potrzebnych do przygotowania 300 µl buforu do ligazy:
   330mM Tris - HCl pH 7.8
   100mM MgCl2
   660mM KCl
   5mM DTT
   10mM ATP
   Mając do dyspozycji następujące roztwory:
   1M Tris - HCl pH 7.8
   1M MgCl2
   1M DTT
   30mM ATP
   2M KCl