Kodon

Kodon - jest to jednostka w sekwencji DNA, składająca się z trzech zasad (nukleotydów) i dyktująca określony aminokwas. Istnieją 64 kodony, określające 20 aminokwasów. Trzy kodony (UAG, UGA i UAA) określa się jako kodony STOP i są one sygnałami do zakończenia translacji. Kodon AUG jest kodonem START i inicjuje translację.

Fakt, iż kodonów jest więcej niż aminokwasów nazywamy degeneracją kodu genetycznego (kilka kodonów może dyktować ten sam aminokwas). Takie synonimy różnią się między sobą pozycją tolerancji (trzecią pozycją kodonu).

Rozpoznawanie kodonu

Kodon mRNA dyktujący aminokwas jest rozpoznawany przez tRNA z przyłączonym danym aminokwasem. Umożliwia to włączenie aminokwasu we właściwej pozycji do peptydu. Rozpoznanie odbywa się poprzez pętlę antykodonową tRNA (głównie przez jej fragment - antykodon). Antykodon wiąże się z kodonem zgodnie z komplementarnością zasad. Ze względu na występowanie degeneracji kodu, jedna cząsteczka tRNA musi rozpoznawać więcej niż jeden kodon dla jednego aminokwasu. Jest to możliwe dzięki zdolności pierwszej zasady antykodonu do wiązania się z różnymi zasadami z trzeciej pozycji kodonu. Zdolność tą nazywa się regułą tolerancji lub degeneracją trzeciej zasady.

Ponieważ pętla antykodonowa jest nieliniowa, wiązanie kodon-antykodon jest niedoskonałą helisą RNA. Umożliwia to tworzenie się niestandardowych par zasad (np. G z pierwszej pozycji antykodonu może tworzyć parę z U lub C z trzeciej pozycji kodonu; inozyna z pierwszej pozycji antykodonu może parować się z C, A lub U).

Degeneracja kodu i reguła tolerancji są elementami komórkowego zabezpieczania się przed mutacjami.

Tabela standardowych kodonów dla mRNA

Kodon	Aminokwas	Kodon	Aminokwas	Kodon	Aminokwas	Kodon	Aminokwas
UUU	fenyloalanina	UCU	seryna	UAU	tyrozyna	UGU	cysteina
UUC	fenyloalanina	UCC	seryna	UAC	metionina	UGC	cysteina
UUA	leucyna	UCA	seryna	UAA	Ochre (Stop)	UGA˛	Opal (Stop)
UUG	leucyna	UCG	seryna	UAG	Amber (Stop)	UGG	tryptofan
CUU	leucyna	CCU	prolina	CAU	histydyna	CGU	arginina
CUC	leucyna	CCC	prolina	CAC	histydyna	CGC	arginina
CUA	leucyna	CCA	prolina	CAA	glutamina	CGA	arginina
CUG	leucyna	CCG	prolina	CAG	glutamina	CGG	arginina
AUU	izoleucyna	ACU	treonina	AAU	asparagina	AGU	seryna
AUC	izoleucyna	ACC	treonina	AAC	asparagina	AGC	seryna
AUA	izoleucyna	ACA	treonina	AAA	lizyna	AGA	arginina
AUG	metionina (Start)	ACG	treonina	AAG	lizyna	AGG	arginina
GUU	walina	GCU	alanina	GAU	asparaginian	GGU	glicyna
GUC	walina	GCC	alanina	GAC	asparaginian	GGC	glicyna
GUA	walina	GCA	alanina	GAA	glutaminian	GGA	glicyna
GUGą	walina	GCG	alanina	GAG	glutaminian	GGG	glicyna

ą GUG - alternatywny kodon Start niektórych Prokaryota

˛ UGA - w mitochondriach i u niektórych jednokomórkowych protistów koduje tryptofan.

Tabela kodonów