Siarczek di metylowy przyłącza grupe metylową do pierścienia purynowego guaniny. Po dodaniu piperydyny zmetylowany pierścień jest usuwany, a cząsteczka DNA jest cięta tuż przed nukleotydem pozbawionym zasady. Powstają znakowane radioaktywnie fragmenty DNA o różnej długości. Podobne reakcje przeprowadza się dla pozostałych zasad. Każdej z zasad rozdzielane są elektroforetycznie w ścieżkach żelu poliakrylamidowego. Najmniejszy fragment będzie migrował najdalej. Odczytywanie sekwencji jest w kierunku od 5’ do 3’.

W elektroforezie żelowej ośrodkiem, w którym przemieszczają się badane substancje, jest żel elektroforetyczny wykonany z agarozy, poliakrylamidów^[1], agaru lub skrobi (metoda historyczna), uformowany w płytkę długości kilkunastu - kilkudziesięciu centymetrów i grubości od ułamka do kilku milimetrów. Kroplę analizowanej mieszaniny nanosi się w zagłębienie w żelu - studzienkę. Próbka rozpuszczona jest z reguły w roztworze o większej gęstości (np. w formamidzie), dzięki czemu rozpływa się na dnie studzienki, a po włączeniu zasilania migruje do żelu jako wąski prążek. W zależności od techniki, cały żel lub jego końce zanurzone są w przewodzącym prąd roztworze buforowym. Wzdłuż krawędzi żelu, zwykle na dwóch przeciwległych bokach płytki, biegną elektrody, do których przykłada się stałe lub asymetryczne pulsujące napięcie elektryczne rzędu 50-3000 V. Ze względu na zróżnicowaną mobilność elektroforetyczną, ruchliwsze (zazwyczaj mniejsze) cząsteczki oddalają się szybciej od miejsca naniesienia próbki. Przebieg elektroforezy można monitorować nanosząc (na osobnych ścieżkach lub razem z preparatem) specjalne barwniki (tzw. markery) o znanej mobilności elektroforetycznej.

AUTORADIOGRAM - Po zakończeniu procesu żel wydobywa się z aparatu i analizuje przez wybarwienie bądź obserwację absorpcji światła (zazwyczaj UV) przez żel. Wizualizację elektroferogramów preparatów znakowanych izotopowo uzyskuje się przez zaczernienie kliszy fotograficznej(autoradiogram).

•   Fragment Klenowa - fragment polimerazy DNA E.coli zachowuje aktywność polimerazową i egzonukleazy. Odtwarza w kierunku 3` -> 5`. Używane do uzupełniania lepkich końców. Usuwa z końca 3` DNA fragmenty, które powstały w wyniku cięcia specyficznymi nukleazami restrykcyjnymi. Nie posiada aktywności egzonukleazy 5'->3’(1).

• Ultraczysty enzym rekombinowany.

• Stosowany do przeprowadzania sekwencjonowania metodą dideoksy Sangera (2).

• Może być z powodzeniem używany do syntezy drugiego łańchucha cDNA (3).

• Stosowany do znakowania końców 3' oraz uzupełniania braków nici przy "lepkich", wystających końcach 5' (4).