1.Wyjaśnij zależność między liczbą par zasad tworzących sekwencję palindromową i odległością pomiędzy miejscami restrykcyjnymi w DNA.

Sekwencja polindromowa to sekwencja zasad azotowych, która jest identyczna na obydwu niciach, gdy czyta się ją w kierunku 5`do3`.

5`-GAATTC-3`

3`-CTTAAG-5`

Enzymy restrykcyjne inaczej restryktazy rozpoznają sekwencję palindromowi i hydrolizują ją, czego produktem zawsze są dwuniciowe fragmenty (fragmenty restrykcyjne), z których każdy zawiera grupę fosforanową na wystającym jednoniciowym końcu 5`-identycznym w obu fragmentach. Koniec 3` posiada grupę hydroksylową.

5`-GAATTC-3` 5`-G-OH P-AATTC-3`

+

3`-CTTAAG-5` 3`-CTTAA-P HO-G-5`

EcoRI- występujące lepkie końce od strony 5`

Odległość kolejnych miejsc restrykcyjnych jest zależna od występowania sekwencji polindromowych. Przykład: Każdy enzym hydrolizuje konkretną sekwencję np. bakterii EcoRI znajduje sekwencję palindromowi 6 par zasad (rysunek wyżej).

Rozpoznawalna sekwencja 6 par zasad występuje średnio, co 4⁶ pz w DNA, z tego wynika, że bardzo długi odcinek DNA trawiony jest przez ten enzym na specyficzne fragmenty z powtarzającą się specyficznością.

Hydroliza może obejmować:

1. 
   lepkie końce od strony 5`

5`-GAATTC-3`

3`-CTTAAG-5`

2. lepkie końce od strony 3`

5`-CTGCAG-3`

3`-GACGTC-5`

3. tępe końce

5`-CCCGGG-3`

3`-GGGCCC-5`

Zastosowanie enzymów restrykcyjnych:

1. w komórkach bakteryjnych stanowią część mechanizmu obronnego restrykcji- modyfikacji, skierowanego przeciwko obcemu DNA

2. podstawowe narzędzie do klonowanie genów (hydrolizują DNA na powtarzalne i zdefiniowane fragmenty)