Działanie bakteriobójcze Cl jest rezultatem:

a) reakcji kwasu podchlorawego z enzymami komórkowymi decydującymi o metaboliźmie bakterii,

b) małe rozmiary cząsteczek i obojętność elektryczna pozwalają na przenikanie HOCl przez ścianę komórki i błonę cytoplazmatyczną,

c) duża prędkość dyfuzji czynnej dezynfekcji decyduje o jego wysokim stężeniu wewnątrz komórki,

d) chlor po przeniknięciu błony komórkowej atakuje prawdopodobnie enzym dehydrogenazę fosfotriazy występującą we wszystkich komórkach, nieodzowny czynnik w procesie utleniania glukozy w komórce,

e) w przypadku wirusów dezaktywacja w wyniku reakcji kwasu podchlorawego lub jonu podchlorynowego z RNA; większy opór cyst wynika z bardziej zwartej i opornej na dezynfekcję błony komórki.

Ustalenie dawki chloru:

W wodzie po dezynfekcji pozostały chlor wolny to suma Cl₂, HOCl i OCl^-. Dodaje się taką ilość chloru wolnego aby 1 dm³ H₂O w temperaturze 20^oC po 30 minutowym kontakcie chlor pozostały wynosi 0,1 mg/dm³. Dawkowanie chloru w postaci wody chlorowej jest metodą pośrednią. Wirusy giną w 99,5% przy stężeniu 0,1-0,4 g/m³ chloru wolnego, w temperaturze 4^oC, przy kontakcie 30 minutowym.

W H₂O zawierającej azot amonowy chlor cząsteczkowy , jon podchlorynowy, a głównie kwas podchlorawy reaguje z NH₄⁺, tworząc mono-, di-, trichloraminy o mniejszej sile bakteriobójczej. Rodzaj powstających chloramin zależy od dawki chloru.