Modelowanie struktury 
geometrycznej cząsteczki

 

 

•

Przygotowanie struktury wstępnej

•

Wybór metedy obliczania energii 
potencjalnej cząsteczki

•

Optymalizacja struktury (wybór 
algorytmu optymalizacyjnego)

 

 

•

Atom by atom

•

Z użyciem grup funkcyjnych

•

Baz danych reszt aminokwasowych 
oraz nukleodtydów

•

Krystalograficznych baz struktur

 

 

•

Metody mechaniki molekularnej

•

Semiempiryczne metody 
kwantowe

•

Metody ab initio

•

Metody DFT

 

 

•

Błądzenia przypadkowego

•

Metody gradientowe

•

Metody skoniugowanych 
gradientów

•

Metody oparte o analizę macierzy 
stałych siłowych