Laboratorium Bioinformatyki

Temat:

Bioinformatyczne zasoby internetowe

Prowadzący: Aleksandra Gruca

Email:

aleksandra.gruca@polsl.pl

Pokój:

412

Plan laboratorium:

Zapoznanie się z serwisem Library (

http://lib.bioinfo.pl

)

- Załóż konto.

Zapoznanie się z bazą NCBI (

http://www.ncbi.nlm.nih.gov

)

Pubmed (

http://www.pubmed.gov/

)

Wyszukaj publikacje dotyczące „krwawienia z nosa” (ang. nosebleed).
Wyszukiwania rozszerz o medyczny termin tej dolegliwości (baza MeSH).

W jednym zapytaniu znajdź publikacje opublikowane w czasopiśmie
Chemotherapy z przynajmniej jednym współautorem o nazwisku Cancer.

b. Bazy genów i białek

- Podaj definicję formatu FASTA.

- Znajdź gen kodujący ludzką hemoglobinę, podaj sekwencje nukleotydów w

formacie FASTA.

- Znajdź sekwencje aminokwasów hemoglobiny, podaj sekwencje aminokwasów

w formacie FASTA.

Zasoby dostępne przez FTP

- Znajdź kompletny genom bakterii Escherichia Coli (dowolny szczep). Podaj

link pozwalający ściągnąć cały genom.

d. BLAST

3. Zapoznanie się z bazą PDB (

http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do

)

- Znajdź rozwiązaną strukturę przestrzenną proteazy wirusa HIV-1.

- Podaj jej strukturę drugorzędową.

- Podaj publikację opisującą znalezioną strukturę.

- Zaprezentuj strukturę trzeciorzędową znalezionej proteazy, najlepiej za pomocą narzędzia
PyMol (

http://pymol.sourceforge.net

)

4. Zapoznanie się z bazą SwissProt (http://www.expasy.org/sprot/)

- Znajdź dowolne białko z eksperymentalnie zweryfikowanym polipeptydem sygnałowym
(ang. signal peptide).

Zaliczenie:

Na zaliczenie laboratorium wymagane jest opracowanie raportu podsumowującego wiedzę
zdobytą podczas laboratorium. Raport musi zawierać rozwiązania zadań podanych powyżej.
Raport musi zostać zamieszczony on-line w serwisie Library w formie draftu raportu.

Linki do raportów proszę przesyłać na adres:

aleksandra.gruca@polsl.pl

mailem

zawierającym:

- w temacie: [Bioinfo_nazwisko1_nazwisko2]

- w treści: imię, nazwisko i grupę zaliczającego oraz link do raportu.

Termin: 02.11.2008