- 1 -
FX ChemStruct
Wersja 1.203.2
Portable
http://efofex.com/fxchemstruct.php
Korzystanie z programu
FX Stat ChemStruct
Przekład
Robert Wi
ś
niewski
http://chomikuj.pl/bobwis
Struktury chemiczne s
ą
niezwykle trudne do narysowania przy u
ż
yciu standardowych narz
ę
dzi
edycyjnych i nawet wyspecjalizowane narz
ę
dzia mog
ą
by
ć
powolne i uci
ąż
liwe. Nauczyciele
potrzebuj
ą
szybkiego sposobu rysowania struktur chemicznych - FX ChemStruct to ułatwia. Po prostu
wpisujesz to zechcesz, wybierasz opcj
ę
wy
ś
wietlania i kilka chwil pó
ź
niej b
ę
dziesz miał diagramy
o jako
ś
ci publikacyjnej
- 2 -
SPIS TRE
Ś
CI
1. Mo
ż
liwo
ś
ci programu
1.1. Podstawowe koncepcje
2. Korzystanie z programu FX ChemStruct
2.1. Dost
ę
p do FX ChemStruct
2.2. Jak wprowadza
ć
struktury
2.2.1. Struktury podstawowe
2.2.2. Struktury rozgał
ę
zione
2.2.3. Pier
ś
cienie benzenowe
2.2.4. Nieformatowane teksty / komentarze
2.2.5. Klikanie na zwi
ą
zkach I
2.2.6. Klikanie na zwi
ą
zkach II
2.2.7. Obracanie i odbijanie
2.2.8. Anulowanie obracania i odbijania
2.2.9. Izomery
2.2.10. Strzałki
2.2.11. Spacje
2.2.12. Rodniki R i R’
2.2.13. Jon nitroniowy
2.2.14. Wprowadzanie informacji fazowej
2.2.15. Ładunki
2.2.1.6. Zwi
ą
zki jonowe
2.2.17. Jony wieloatomowe
2.2.18. Struktury pier
ś
cieniowe
5.2.19. Zapobieganie tworzeniu wi
ą
za
ń
2.2.20. Stopnie
2.3. Opcje wy
ś
wietlania
2.3.1. Ukrywanie wi
ą
za
ń
?-H
2.3.2. Wy
ś
wietlanie ładunków
2.3.3. Zwi
ą
zki bez wi
ą
za
ń
2.3.4. Zezwolenie na pary elektronowe
2.3.5. Wy
ś
wietlanie wszystkich elektronów
2.4. Przykłady
2.4.1. Struktury rezonansowe
2.4.2. W
ę
glowodany
2.4.3. EDTA
2.5. Edycja struktur
2.6. Zmiana Co(NO3)2 na CO(NO3)2
2.7 Zmiana struktur
2.7.1. Narz
ę
dzia / Czcionki
2.7.2. Narz
ę
dzia / Opcje / Równania
2.7.3. Narz
ę
dzia / Opcje / Struktury
2.8. Moje struktury nie s
ą
poprawnie formatowane !
- 3 -
1. Mo
ż
liwo
ś
ci programu
1.1. Podstawowe koncepcje
Program FX ChemStruct pozwala na łatwe rysowanie struktur chemicznych, Narysowanie wzoru
strukturalnego tak prostego jak np. kwas octowy jest czasem pracochłonnym i trudnym zadaniem, ale
FX ChemStruct pozwala na łatwe jego wykonanie.
C
H
H
H
C
O
O
H
•
Załadowa
ć
FX ChemStruct
•
Wpisa
ć
w polu edycji ch3cooh
FX ChemStruct pobiera t
ą
informacj
ę
i formatuje j
ą
do powy
ż
szej struktury. Nie trzeba nic wskazywa
ć
jak to wykona
ć
– wystarczy wpisa
ć
tylko sam
ą
formuł
ę
. U
ż
ytkownicy FX ChemStruct o oceniaj
ą
ten
program jako bardzo przyjazny, tworz
ą
cy na podobnych zasadach ró
ż
ne wyniki.
FX ChemStruct NIE mo
ż
e rysowa
ć
wszystkich struktur chemicznych, ale mo
ż
e rysowa
ć
szybko i łatwo
wi
ę
kszo
ść
najwa
ż
niejszych strukturalnych wzorów chemicznych.
FX ChemStruct mo
ż
e rysowa
ć
struktury chemiczne w ró
ż
nych stylach, nawet struktury bez wi
ą
za
ń
chemicznych,
Poni
ż
ej pokazano mały przykład mo
ż
liwo
ś
ci FX ChemStruct. Równanie to mo
ż
na uzyska
ć
wpisuj
ą
c:
bzcooh + socl2 => bzcocl + so2 + hcl
FX ChemStruct został pierwotnie zaprojektowany do rysowania cz
ą
steczek organicznych, ale
dodano do niego mo
ż
liwo
ść
rysowania wielu cz
ą
steczek nieorganicznych i jonów wieloatomowych.
- 4 -
2. Korzystanie z programu FX ChemStruct
2.1. Dost
ę
p do FX ChemStruct
Istnieje kilka sposobów korzystania z programu FX ChemStruct - jako samodzielnego programu lub
jako obiektu w dokumencie procesora tekstu.
Tryb samodzielny
Gdy akceptujemy standardow
ą
instalacj
ę
programu FX ChemStruct, mo
ż
emy go uruchamia
ć
jako
program samodzielny znajduj
ą
c go w systemowym menu Start. Chocia
ż
jest to mo
ż
liwie, nie jest to
najlepszy sposób korzystania z FX ChemStruct. Wygodnej z niego korzysta
ć
z poziomu procesora
tekstu, np. Word.
Tryb obiektu w dokumencie
1
FX ChemStruct jest zaprojektowany do wstawiania jako obiekt w dokumencie. Mo
ż
na wstawia
ć
dowolny obiekt FX ChemStruct do dokumentu przez klikanie jego przycisku w pasku narz
ę
dzi lub
otworzy
ć
ulubiony procesor tekstu (np. Word) i wybra
ć
w nim polecenie Wstaw | Obiekt. Otworzy si
ę
lista dost
ę
pnych obiektów na której mo
ż
na wybra
ć
opcj
ę
FX ChemStruct aby uruchomi
ć
ten program.
Korzystamy wówczas z niego w taki sam sposób jak w trybie samodzielnym. Jedyna ró
ż
nica polega
na powrocie do Worda.
Zielony przycisk znacznika
powoduje powrót do Worda z obrazem ze wszystkimi wprowadzonymi
zmianami.
Czerwony przycisk krzy
ż
yka
powoduje powrót do Worda bez prowadzania zmian.
Po sko
ń
czeniu rysowania obrazu, klikamy znacznik
i nasz diagram zostaje wstawiony do Worda.
2.2. Jak wprowadza
ć
struktury
Wystarczy wpisa
ć
w polu edycji wymagan
ą
informacj
ę
. Nie trzeba wprowadza
ć
du
ż
ych liter symboli
chemicznych (np. wystarczy wpisa
ć
sn dla symbolu cyny Sn). Program FX ChemStruct rozpozna to
samodzielnie. Istnieje kilka trików do nauki, ale wystarczy na tylko jedna minuta.
By
ć
mo
ż
e najwi
ę
kszym trikiem przy wprowadzaniu struktur jest to,
ż
e trzeba poda
ć
do programu
pewne informacje takie jak przy r
ę
cznym wpisywaniu struktur. Przykładowo, gdy chcemy narysowa
ć
struktur
ę
propanu, nie trzeba wpisywa
ć
c3h8. Program FX ChemStruct skorzysta z tej informacji
i b
ę
dzie próbował budowa
ć
poni
ż
sz
ą
(tutaj poprawn
ą
) struktur
ę
, co jednak czasem mo
ż
e by
ć
niejednoznaczne.
1
Wariant ten jest dostępny tylko w wersji instalacyjne programu FX ChemStruct.
- 5 -
Zamiast tego lepiej wprowadzi
ć
ch3ch2ch3. Mówi to programowi gdzie trzeba wstawia
ć
poszczególne
wodory.
Wi
ę
cej informacji na ten temat b
ę
dzie podane dalej.
2.2.1. Struktury podstawowe
Wi
ę
kszo
ść
prostych struktur wprowadzamy tak jak przy ich r
ę
cznym pisaniu. Podkre
ś
la si
ę
,
ż
e nie
musimy korzysta
ć
z w du
ż
ych liter. FX ChemStruct zwykle rozpoznaje o co nam chodzi.
Alkany
ch3ch2ch2ch3
ch3(ch2)4ch3
Alkeny
ch2ch2
Alkiny
chch
Aldehydy
ch3ch2coh
- 6 -
Kwasy karboksylowe
ch3cooh
Ketony
ch3coch3
Etery
ch3och3
Amidy
ch3conh2
Estry
ch3cooch3
2.2.2. Struktury rozgał
ę
zione
Struktury rozgał
ę
zione s
ą
nieco trudniejsze do wprowadzania, ale niezbyt trudne do zapami
ę
tania
podstawowej zasady.
Wprowadzamy kompletnie ka
ż
d
ą
gał
ąź
przed rozpocz
ę
ciem nast
ę
pnej gał
ę
zi.
- 7 -
Przykładowo, w celu wprowadzenia 4-methyl-2-heptene:
wprowadzamy struktur
ę
do zielonych pierwiastków, nast
ę
pnie wprowadzamy jedn
ą
z gał
ę
zi (tutaj
czerwon
ą
), po czy wprowadzamy gał
ąź
niebiesk
ą
ch3ch2ch2
ch
ch3
chchch3
Mo
ż
na w ten sposób wprowadza
ć
bardzo skomplikowane struktury, np. kwasu cytrynowego.
coohch2cohcoohch2cooh
2.2.3. Pier
ś
cienie benzenowe
Pier
ś
cienie benzenowe mo
ż
na wprowadza
ć
korzystaj
ą
c z kodu bz. Je
ś
li w menu Tools | Options |
Structures mamy wybran
ą
opcj
ę
Use Ph fo Phenol, wówczas mo
ż
emy równie
ż
stosowa
ć
kod ph
do wskazywania pier
ś
cienia benzenowego
Przykłady:
bzcooh
phcooch2ch3
- 8 -
bzbz
bzbzbz
lub
2.2.4. Nieformatowane teksty / komentarze
Program FX ChemStruct zawsze próbuje nada
ć
„sens chemiczny” temu co wprowadzamy. Mo
ż
e to
jednak prowadzi
ć
do problemów. Przykładowo, gdy wpiszemy słowo katalizator Catalyst do struktury,
wówczas program FX ChemStruct b
ę
dzie próbował interpretowa
ć
go jako pierwiastki i sformatuje
wynik w poni
ż
szy sposób:
Wyst
ę
puj
ą
tu wap
ń
(Ca), tantal (Ta) oraz „l” (który nie mo
ż
e by
ć
przekształcony na pierwiastek),
itr (Y). siarka (S) oraz renegat „t”. Zapewne tego nie oczekiwali
ś
my ? Mo
ż
emy zmusi
ć
FX ChemStruct
aby pozostawił ten tekst bez zmiany przez otovczenie go cudzysłowami „Catalyst”. Uzyskamy wtedy
to czego oczekiwali
ś
my.
2.2.5. Klikanie na zwi
ą
zkach I
Formuła chemiczna jest dwuznaczna, a wi
ę
c gdy wprowadzamy struktur
ę
, istnieje cz
ę
sto wi
ę
cej ni
ż
jeden poprawny sposób jej wy
ś
wietlania. Jak przekaza
ć
do programu która wersja nas interesuje ?
W programie FX ChemStruct mo
ż
na zmienia
ć
„struktur
ę
” przez klikanie jej pierwiastków.
Przykładowo, gdy wpiszemy:
ch3chch3ch2chch3ch3
wówczas zobaczymy:
Ale chcemy uzyska
ć
:
Mamy pewien sposób aby program to zmienił. W celu uzyskania nowej wersji, wystarczy klikn
ąć
na
grupie CH aby otrzyma
ć
jej kolorow
ą
wersj
ę
po klikni
ę
ciu pierwiastka. FX ChemStruct b
ę
dzie
kolorował j
ą
na zielono, a wi
ę
c mo
ż
emy
ś
ledzi
ć
który pierwiastek został klikni
ę
ty.
Klikni
ę
cie pierwiastka przesuwa jego wi
ą
zania.
- 9 -
2.2.6. Klikanie na zwi
ą
zkach II
Klikanie pierwiastka przesuwa jego wi
ą
zania, ale gdy liczba wi
ą
za
ń
wzrasta, wówczas istnieje kilka
wariantów ich rozmieszczania.
Najcz
ęś
ciej chcemy skorzysta
ć
tylko z głównego rozmieszczenia atomów i FX ChemStruct zmienia je
cyklicznie te główne rozmieszczenia w miar
ę
klikania pierwiastka.
Czasem chcemy mie
ć
dost
ę
p do mniej popularnych rozmieszcze
ń
. Gdy przytrzymamy klawisz Shift
przy klikni
ę
ciu, wówczas FX ChemStruct b
ę
dzie cyklicznie przechodził przez wszystkie mo
ż
liwe
rozmieszczenia.
Przykłady:
ch3chclchclch3
Gdy klikniemy na drugiej grupie CH, b
ę
dziemy mogli zmienia
ć
dwie wersje tej cz
ą
steczki.
Gdy b
ę
dziemy klikali z klawiszem Shift, wówczas mo
ż
emy uzyska
ć
poni
ż
sze wersje:
2.2.7. Obracanie i odbijanie
Wszystkie struktury mo
ż
na obraca
ć
i odbija
ć
.
Te cztery przyciski s
ą
aktywne tylko dla ostatnio klikni
ę
tego zwi
ą
zku. Gdy nic nie jest klikni
ę
te, działaj
ą
tylko na pierwszy zwi
ą
zek.
Pierwsze dwa przyciski obracaj
ą
struktur
ę
z przyrostem co 15
°
w wybranym kierunku.
Ostatnie dwa przyciski tworz
ą
odbicie lustrzane struktury w pionie lub w poziomie.
- 10 -
2.2.8. Anulowanie obracania i odbijania
Czasem klikniemy, obracamy lub odbijamy diagram i chcemy rozpocz
ąć
od nowa. W tym celu
wystarczy klikn
ąć
przycisk gumki aby cofn
ąć
wszystkie modyfikacje.
2.2.9. Izomery
Klikni
ę
cie atomu w strukturze tworzy ró
ż
ne izomery, np.
ch3chchch3
Uzyskujemy cis-2-buten. Jedno dodatkowe klikni
ę
cie tworzy trans-2 buten
To samo odnosi si
ę
do zwi
ą
zków benzenowych.
bzno2no2
Para, meta i orto dwunitrobenzen
2.2.10. Strzałki
Strzałki reakcji chemicznych pojawiaj
ą
si
ę
w wielu równaniach i trzeba pami
ę
ta
ć
kody niezb
ę
dne do
ich tworzenia.
Program FX ChemStruct korzysta z takich samych kodów i metod jak FX Chem.
=>
Tworzy pojedyncz
ą
strzałk
ę
<>
Tworzy podwójn
ą
strzałk
ę
=”na górze”>
Dodaje komunikat nad strzałk
ą
=,”pod spodem”>
Przecinek dodaje komunikat pod strzałk
ą
- 11 -
Gdy nie doł
ą
czymy cudzysłowów, program FX ChemStruct b
ę
dzie interpretował tekst nad lub pod
strzałkami jako równanie chemiczne, a nie jak struktur
ę
chemiczn
ą
.
2.2.11. Spacje
Spacje mo
ż
na stosowa
ć
mi
ę
dzy zwi
ą
zkami do tworzenia odst
ę
pów je
ś
li jest to konieczne. Spacja
w zwi
ą
zku rozrywa go na dwie osobne cz
ęś
ci. FX ChemStruct nie próbuje doł
ą
cza
ć
drugiej cz
ęś
ci do
pierwszej. Cz
ę
sto oznacza to,
ż
e to co wpisali
ś
my nie ma
ż
adnego sensu.
ch3cooh
ch3c ooh
Spacje s
ą
cz
ę
sto konieczne w zwi
ą
zkach jonowych.
caso4
ca so4
2.2.12. Rodniki R i R’
FX ChemStruct obsługuje korzystanie z rodników R i R’ w strukturach chemicznych, np.
rcor'
- 12 -
2.2.13. Jon nitroniowy
Mo
ż
na wprowadza
ć
jon nitroniowy (NO2+) wpisuj
ą
c:
ono
Uwaga:
Jest to tymczasowe rozwi
ą
zanie problemu.
2.2.14. Wprowadzanie informacji fazowej
Program FX ChemStruct akceptuje informacje fazowe w taki sam sposób jak FX Chem, np.
ch3cooh(aq)
2.2.15. Ładunki
Program FX ChemStruct automatycznie oblicza ładunki pierwiastków i jonów.
Gdy chcemy nadpisa
ć
ładunek swoj
ą
własn
ą
warto
ś
ci
ą
, wystarczy wpisa
ć
ładunek za jonem.
Główne tego zastosowanie ma miejsce w jonach metalicznych maj
ą
ce ró
ż
ne poziomy utlenienia.
Mo
ż
liwo
ść
ta pozwala na tworzenie naładowanych struktur, które mog
ą
by
ć
niepoprawne, np.
so43+
fe
fe3+
- 13 -
2.2.1.6. Zwi
ą
zki jonowe
W celu utworzenia zwi
ą
zków jonowych, trzeba doda
ć
spacj
ę
mi
ę
dzy kationem i anionem. Zapobiega
to przed prób
ą
wi
ą
zania tych dwóch cz
ęś
ci ze sob
ą
i pokazuje jawnie ładunki ka
ż
dego jonu, np.
fe so3
feso3
2.2.17. Jony wieloatomowe
Wi
ę
kszo
ść
jonów wieloatomowych jest rozpoznawana przez FX ChemStruct, ale trzeba otoczy
ć
jon
spacjami aby program nie próbował ł
ą
czy
ć
jonów z inn
ą
struktur
ą
,
2.2.18. Struktury pier
ś
cieniowe
W FX ChemStruct Istnieje ograniczone wspomaganie struktur pier
ś
cieniowych. Program mo
ż
e
obsługiwa
ć
automatycznie struktury pier
ś
cieniowe, ale ma to do
ść
ograniczon
ą
funkcjonalno
ść
, bo
u
ż
ytkownik musi z góry wskaza
ć
pier
ś
cie
ń
.
Mo
ż
na wł
ą
czy
ć
lub wył
ą
czy
ć
automatyczne rozpoznawanie struktur pier
ś
cieniowych za pomoc
ą
okienka dialogowego Tools | Options | Structures zaznaczaj
ą
c opcj
ę
Automatically Detect Rings.
Automatyczne rozpoznawanie
Gdy opcja ta jest wł
ą
czona, program FX ChemStruct szuka wprowadzonych pierwiastków, które mog
ą
tworzy
ć
pier
ś
cie
ń
. Gdy jest to mo
ż
liwe, wówczas program ł
ą
czy je w pier
ś
cie
ń
. Automatyczne
rozpoznawanie jest bardzo ograniczone i najlepiej działa na glownych pier
ś
cieniach benzenowych, np.
ch2ch2ch2
ch2ch2ch2ch2ch2
- 14 -
ch2ch2ch2chchch2
Wskazanie jawne
Gdy automatyczne rozpoznawanie nie jest wł
ą
czone, wówczas trzeba z góry wskaza
ć
struktury
pier
ś
cieniowe. W tym celu nale
ż
y otoczy
ć
pierwiastki struktury pier
ś
cieniowej nawiasami klamrowymi,
a program spróbuje je uformowa
ć
w pier
ś
cie
ń
, np.
{chchch2}
{chchch}coch3
{cchnchnh}ch2chnh2cooh
Jawne wskazanie pier
ś
cieni pozwala na rysowanie wi
ę
kszej liczby struktur, ale trzeba podkre
ś
li
ć
,
ż
e nie wszystkie struktury mo
ż
na wprowadza
ć
w ten sposób.
2.2.19. Zapobieganie tworzeniu wi
ą
za
ń
Program FX ChemStruct korzysta ze zło
ż
onego algorytmu do sprawdzania gdzie nast
ę
pny pierwiastek
ma by
ć
doł
ą
czany do istniej
ą
cej struktury. Czasem to mo
ż
e stwarza
ć
problemy gdy chcemy zapobiec
tworzeniu wi
ą
za
ń
, np.
- 15 -
EDTA
Wyobra
ź
my sobie,
ż
e chcemy wprowadzi
ć
t
ą
struktur
ę
do FX ChemStruct. Mo
ż
emy zacz
ąć
od
jednego z azotów i przesun
ąć
jedno z jego ramion.
*
Jak dot
ą
d wszytko jest w porz
ą
dku. Teraz próbujemy zacz
ąć
od innego ramienia – dopisanie C
ko
ń
czy si
ę
niepowodzeniem.
nch2cooc
Program FX ChemStruct nie ma sposobu rozpoznania czy sko
ń
czyli
ś
my pierwsze rami
ę
i doł
ą
czy
ć
C
do pozostałych wi
ą
za
ń
. Potrzebujemy sposobu przekazania programowi aby si
ę
tu zatrzymał.
Mo
ż
emy to wykona
ć
korzystaj
ą
c z klawisza *.
nch2coo*c
- 16 -
Klawisz * chroni C przed wi
ą
zaniem z O, a wi
ę
c program wi
ąż
e C z nast
ę
pnym N.
W celu wprowadzenia EDTA mo
ż
emy wpisa
ć
:
nch2ch2nch2coo*ch2coo*ch2coo*ch2coo* lub nch2ch2n(ch2coo*)4
Uwaga:
Istnieje jeszcze inne sposoby wprowadzania EDTA, ale ka
ż
dy z nich wymaga stosowania klawisza *.
2.2.20. Stopnie
Mo
ż
na wprowadza
ć
znak stopni (np. 24
°
) korzystaj
ą
c z klawisza `. Jest to mały indeks górny i mo
ż
na
go zwykle znale
źć
w lewym górnym rogu klawiatury obok klawisza 1 i pod znakiem tyldy ~. Znak ten
jest automatycznie zast
ę
powany symbolem stopnia
°°°°
.
Ta sama konwencja jest stosowana w programie FX PhysEquate.
2.3. Opcje wy
ś
wietlania
Program FX ChemStruct ma kilka opcji wy
ś
wietlania, które pozwalaj
ą
na konstruowanie struktur
dokładnie tak jak chcemy je ogl
ą
da
ć
.
Opcje te s
ą
dost
ę
pne w pasku narz
ę
dzi wy
ś
wietlania.
2.3.1. Ukrywanie wi
ą
za
ń
?-H
Pierwsze dwa przyciski w pasku narz
ę
dzi wy
ś
wietlania pozwalaj
ą
na wybór czy wy
ś
wietla
ć
, czy
ukrywa
ć
wi
ą
zania ?-H. Przykładowo, gdy wpiszemy:
ch3chch2ch3ch2ch3
uzyskamy:
2.3.2. Wy
ś
wietlanie ładunków
Program FX ChemStruct oblicza ładunek ka
ż
dej wprowadzonej struktury i wy
ś
wietla go w jednym
z trzech sposobów – bez ładunku, z ładunkiem na ka
ż
dym atomie lub ł
ą
czny ładunek jonu.
- 17 -
Przykładowo:
so4
Podkre
ś
la si
ę
,
ż
e gdy nadpisujemy ładunek i wprowadzamy własny, wówczas FX ChemStruct
wy
ś
wietla ł
ą
czny ładunek bez wzgl
ę
du na inne ustawienia.
2.3.3. Zwi
ą
zki bez wi
ą
za
ń
Czasem zachodzi potrzeba wy
ś
wietlania zwi
ą
zków, jonów lub struktur bez wy
ś
wietlania
ż
adnych
wi
ą
za
ń
lub elektronów. W ten sposób mo
ż
na konstruowa
ć
zadania dla studentów.
Istniej
ą
dwa sposoby wy
ś
wietlania zwi
ą
zków bez wi
ą
za
ń
– zezwolenie na wy
ś
wietlania niezwi
ą
zanych
pary elektronów lub zakaz wy
ś
wietlania niezwi
ą
zanych par elektronów, np.
ch3cooh
`
Zezwolenie
Zakaz
2.3.4. Zezwolenie na pary elektronowe
Program FX ChemStruct zezwala na wy
ś
wietlanie niezwi
ą
zanych par elektronów w pokazywanej
strukturze.
Mo
ż
na wybra
ć
czy lub nie chcemy wy
ś
wietla
ć
niezwi
ą
zany pary, np.
h2o
Zezwolenie
Zezwolenie ale
Zezwolenie
bez wy
ś
wietlania
z wy
ś
wietlaniem
- 18 -
2.3.5. Wy
ś
wietlanie wszystkich elektronów
Program FX ChemStruct mo
ż
4e wy
ś
wietla
ć
wszystkie elektrony w strukturze. Wystarczy w tym celu
klikn
ąć
ostatni przycisk w pasku narz
ę
dzi, bp.
ch3cohnh
2.4. Przykłady
2.4.1. Struktury rezonansowe
Niezb
ę
dne struktury rezonansowe trzeba wprowadza
ć
dwukrotnie (lub raz dla ka
ż
dego mo
ż
liwego
rozmieszczenia), a nast
ę
pnie struktury mo
ż
na odbija
ć
lub klika
ć
w celu uzyskania wymaganych
struktur rezonansowych.
Przykłady:
Ozon
Wpisujemy:
o3 <> o3
Nast
ę
pnie klikamy centralny atom tlenu drugiej cz
ą
steczki ozonu.
Jon azotanowy
Wpisujemy:
no3 <> no3 <> no3
Nast
ę
pnie klikamy centralny atom drugiego jonu i obracamy trzeci jon
- 19 -
2.4.2. W
ę
glowodany
Wi
ę
kszo
ść
w
ę
glowodorów wymaga klikania na atomie centralnym.
Przykłady:
Glukoza
ch2ohchohchohchohchohcoh
Trzeba klikn
ąć
zielony C na poni
ż
szym diagramie.
Fruktoza
ch2ohchohchohchohcoch2oh
2.4.3. EDTA
EDTA wymaga skorzystania z klawisza * w celu zapobiegania wi
ą
zaniu.
nch2ch2nch2coo*ch2coo*ch2coo*ch2coo*
- 20 -
2.5. Edycja struktur
Gdy chcemy pó
ź
niej edytowa
ć
równanie wstawione do procesora tekstu (np. Word), wystarczy je
podwójnie klikn
ąć
, co powoduje powrót do FX ChemStruct. Tu mo
ż
na wprowadzi
ć
niezb
ę
dne zmiany
po czym klikn
ąć
poza równaniem gdy uznamy te zmiany za zadowalaj
ą
ce
1
.
2.6. Zmiana Co(NO3)2 na CO(NO3)2
Jedn
ą
z najbardziej przydatnych mo
ż
liwo
ś
ci programu FX ChemStruct jest jego zdolno
ść
do
kapitalizowania pierwiastków. Zaoszcz
ę
dza to wiele czasu przy wprowadzaniu równa
ń
. Niektóre
pierwiastki stwarzaj
ą
jednak problemy. Przykładowo, gdy wpiszemy co, wówczas program ZAWSZE
interpretuje to jako tlenek w
ę
gla i zmienia na CO. Jest to oczywiste i taka interpretacja jest zawsze
poprawna. Jednak je
ś
li chcemy wprowadzi
ć
kobalt Co, wówczas trzeba to wpisa
ć
poprawnie jako Co,
a program pozostawi to bez zmiany. Inaczej mówi
ą
c, je
ś
li nasz zwi
ą
zek zawiera TYLKO małe litery,
wówczas FX ChemStruct b
ę
dzie je kapitalizował wybieraj
ą
c najlepszy wariant. Jednak gdy program
znajdzie du
ż
e litery w zwi
ą
zku, wówczas pozostawi je jak zostały wpisane. W ten sposób zawsze
uzyskamy wymagany wynik.
2.7 Zmiana struktur
2.7.1. Narz
ę
dzia / Czcionki
Gdy tworzymy struktur
ę
, mo
ż
emy klikn
ąć
przycisk
w pasku narz
ę
dzi lub przej
ść
do menu
Tools | Font aby otworzy
ć
poni
ż
sze okienko dialogowe:
Mo
ż
na w nim zmieni
ć
krój czcionki, styl, rozmiar i kolor czcionki u
ż
ywanej do rysowania struktur.
Rozmiar czcionki determinuje wielko
ść
pierwiastków w strukturze.
Wszystkie inne rozmiary s
ą
do niej proporcjonalne.
1
Możliwość ta jest dostępna tylko wtedy, gdy podczas instalacji FX ChemStruct zezwolimy na integrację
programu z MS Word lub innymi aplikacjami MS Office.
- 21 -
2.7.2. Narz
ę
dzia / Opcje / Równania
Przy tworzeniu równania, mo
ż
emy klikn
ąć
przycisk
w pasku narz
ę
dzi lub przej
ść
do menu
Tools | Options | Equations aby otworzy
ć
poni
ż
sze okienko dialogowe:
Korzystaj
ą
c z niego mo
ż
na zmienia
ć
poziom i wzgl
ę
dny rozmiar ro
ż
nych składników równa
ń
.
Dzi
ę
ki temu mamy pełn
ą
kontrol
ę
nad tym co wykonujemy.
Warto wypróbowa
ć
przesuwanie suwaków i sprawdza
ć
optycznie przykładowe równanie na górze
w polu podgl
ą
du. Pokazuje ono bie
żą
ce zmiany ustawie
ń
Sekcja Equilibrium Arrow Type pozwala na wybieranie mi
ę
dzy czterema ró
ż
nymi sposobami
rysowania strzał równowagi. Mo
ż
na tu wybra
ć
najlepszy sposób dostosowany do lokalnej konwencji.
Przykładowe równanie na górze w polu podgl
ą
du odzwierciedla wygl
ą
d wybranej opcji.
Strzałki reakcji s
ą
automatycznie skalowane w dostosowaniu do tekstu znajduj
ą
cego si
ę
nad i pod
strzałk
ą
.
Gdy nie ma tekstu, strzałki przybieraj
ą
minimalny rozmiar.
Mo
ż
na ustawia
ć
domy
ś
ln
ą
wielko
ść
tego minimum za pomoc
ą
suwaka Default Arrow Width.
Zaznaczenie pola Italicize Phase determinuje czy FX ChemStruct b
ę
dzie zmieniał czcionki na
kursyw
ę
w informacji fazowej.
Przycisk Reset od
ś
wie
ż
a wszystkie opcje przywracaj
ą
c je do oryginalnych ustawie
ń
fabrycznych.
Przycisk Set as Default zapisuje aktualne ustawienia jako domy
ś
lne do korzystania z nich
w nast
ę
pnych strukturach.
2.7.3. Narz
ę
dzia / Opcje / Struktury
Przy tworzeniu struktury, mo
ż
emy klikn
ąć
przycisk
w pasku narz
ę
dzi lub przej
ść
do menu
Tools | Options | Strucrures aby otworzy
ć
poni
ż
sze okienko dialogowe:
- 22 -
Powy
ż
sze okienko dialogowe pozwala sterowanie na w jaki sposób FX ChemStruct b
ę
dzie rysował
struktury.
Line Thickness – Ta rozwijalna lista ustawia grubo
ść
linii stosowanej do rysowania wi
ą
za
ń
. Rozmiar
ten wyra
ż
any jest w punktach (1 punkt = 1/72 cala = 0,35277755 mm).
Sizes – Sekcja ta pozwala na sterowanie rozmiarem ró
ż
nych składników struktury.
•
Structural Bonds / Other Bonds – Wi
ę
kszo
ść
wi
ą
za
ń
za wyj
ą
tkiem wi
ą
za
ń
?-H. Skrócenie
długo
ś
ci wi
ą
za
ń
wodorowych tworzy lepszy wynik cało
ś
ci. W tym przykładzie. Wi
ę
kszo
ść
wi
ą
za
ń
wynosi 7 mm, a wi
ą
zania wodorowe wynosz
ą
2 mm. Warto zwróci
ć
uwag
ę
,
ż
e ró
ż
nica
tych długo
ś
ci nie ma chemicznego znaczenia, jest to tylko ustawienie wy
ś
wietlania.
•
Benzene – Determinuje długo
ść
boku pier
ś
cienia benzenowego
•
Spacing – Steruje dodatkowym odst
ę
pem dodawanym automatycznie mi
ę
dzy strukturami
i innymi składnikami (w tym przykładzie jest to znak +). Mo
ż
na zawsze dodawa
ć
dalsze spacje
korzystaj
ą
c z tego suwaka.
•
Dot Size – Determinuje rozmiar kropki elektronu.
Use ph fo Phenol – Domy
ś
lnie, program FX ChemStruct pozwala na korzystanie ze skrótu ph
(do wprowadzania fenolu lub benzenu), ale mo
ż
e to by
ć
mylone z fosforem (P) i wodorem (H).
Mo
ż
na usun
ą
c zaznaczenia tego pola je
ś
li tego zechcemy.
Automatically Setect Rings – Korzystaj
ą
c z tego pola mo
ż
na wymusi
ć
aby FX ChemStruct
automatycznie wykrywał struktury pier
ś
cieniowe lub nie zaznacza
ć
go i samodzielnie deklarowa
ć
pier
ś
cienie za pomoc
ą
nawiasów klamrowych.
Show Arrow Chrage on Coordinate Bonds – Wybór wy
ś
wietlania lub ukrywania strzałek i/lub
ładunków wi
ą
za
ń
współrz
ę
dnych.
Benzene Style – Wybór wy
ś
wietlania pier
ś
cieni benzenowych z kołem aromatycznym lub liniami
podwójnych wi
ą
za
ń
.
Set as Default – Przycisk ten zapisuje aktualne ustawienia jako domy
ś
lne do korzystania z nich
w nast
ę
pnych strukturach.
- 23 -
2.8. Moje struktury nie s
ą
poprawnie formatowane !
Program FX ChemStruct próbuje jak najlepiej interpretowa
ć
w logiczny sposób to co u
ż
ytkownik
wprowadza w polu edycji. W 99 % jest to poprawne. Pozostały 1 % mo
ż
e mie
ć
inne znaczenie.
Chemia jest nauk
ą
wyj
ą
tków i nasza struktura mo
ż
e zawiera
ć
co
ś
, czego FX ChemStruct jeszcze nie
zna. Gdy poinformujecie nas o strukturze jak
ą
FX ChemStruct nie przetwarza poprawnie, podejmiemy
starania aby program j
ą
rozpoznawał.