Sprawozdanie C laboratorium Biochemia

Temat: Oznaczanie grup sulfhydrylowych w białkach

Data zajęć: 14.11.2013

Prowadząca: dr inż Beata Greb-Markiewicz

Wykonawcy: Aleksandra Grodek 193200, Michał Izydorczyk, Grupa IV

1. Wstęp teoretyczny

Cysteina jest aminokwasem występującym powszechnie w cząsteczkach białkowych. W aminokwasie tym występują reszty cysteinylowe związane w mostki di siarczkowe. Reszty te nadają cząsteczce białka szczególne właściwości wynikające z ich specyficznych cech fizyko-chemicznych. Aby móc wyznaczyć wolną ilość reszt cysteinylowych należy cząsteczkę białka poddać wstępnej denaturacji chemicznej ( np. przy udziale 6 M roztworu chlorowodorku guanidyny lub 8 M roztworu mocznika) a następnie przeprowadzić reakcję z udziałem odczynnika Ellmana. Do wyznaczania liczby tioli w cząsteczkach białkowych stosowane są głównie dwie techniki: elektroforetyczna i spektroskopowa. W przypadku tych drugich do obliczeń stosuje się prawo Lamberta-Beera.

1. Cel ćwiczenia

Zapoznanie się z metodą oznaczania grup sulfhydrylowych w białkach oraz z jedną z technik oznaczania tych grup za pomocą odczynnika Ellmana. Oznaczanie ilości grup sulfhydrylowych aldolazy A wraz z określeniem stopnia ich ekspozycji do rozpuszczalnika roztworu. Okeślenie ilości grup SH tzw „dostępnych” i „niedostępnych” dla odczynnika Ellmana. Oznaczenie wszystkich grup SH po uprzednim rozfałdowaniu białka czynnikiem denaturującym.

1. Materiały

• Odczynniki

• Bufor ( 10mM Tris-HCl, 2mM EDTA ) o pH 7.5

• 4% roztwór siarczanu dodecylu sodu ( SDS ) w buforze (10mM Tris-HCl, 2mM EDTA) o pH 7.5

• 10mM roztwór soli potasowej kwasu 5,5’-ditiobis-2-nitrobenzoesowego (DTNB) w buforze (10mM Tris-HCl, 2mM EDTA) o pH 7.5

• Roztwór aldolazy A w buforze (10mM Tris-HCl, 2mM EDTA) o pH 7.5

• Szkło i aparatura

• Probówki chemiczne

• Parafilm

• Pipety automatyczne oraz tipsy

• Kuwety

• Spektrofotometr

1. Przebieg ćwiczenia

1. Spektrofotometryczne oznaczenie białka

• Do probówki dodaliśmy 2ml buforu (10mM Tris-HCl, 2mM EDTA) o pH 7.5 a następnie wyzerowaliśmy spektrofotometr przy długości fali 280 nm wobec buforu w probówce użytego jako odnośnik

• Po opróżnieniu i osuszeniu kuwety wlaliśmy do niej 2ml otrzymanego ( wyjściowego roztworu białka aldolazy A

• Zmierzyliśmy absorbancję przy długości fali 280nm

• W probówce rozcieńczyliśmy wyjściowy roztwór białka za pomocą buforu (10mM Tris-HCl, 2mM EDTA) o pH 7.5 do sumarycznej objętości 4.5 ml

• My do pomiaru wzięliśmy 2,2ml roztworu wyjściowego białka i 2,3ml buforu

R=4,5/2,2= 2,045

• Wyzerowaliśmy spektrofotometr i napełniliśmy kuwetę 2ml rozcieńczonego roztworu białka i zmierzyliśmy absorbancję przy długości fali 280nm

2. Oznaczanie „wszystkich” grup SH w białku

• W probówce rozcieńczyliśmy dwukrotnie roztwór ((10mM Tris-HCl, 2mM EDTA o pH 7.5 + 4% SDS ) za pomocą roztworu (10mM Tris-HCl, 2mM EDTA) o pH 7.5 do końcowej objętości równej 9ml ( R=2 dodaliśmy 4,5ml buforu i 4,5 ml buforu z SDS )

• Do probówki odnośnikowej dodaliśmy 2ml rozcieńczonego roztworu białka

• Do probówek podpisanych „próbka” dodaliśmy po 1ml rozcieńczonego roztworu białka i 1ml wyjściowego roztworu (10mM Tris-HCl, 2mM EDTA o pH 7.5 + 4%SDS )

• Po wymieszaniu do wszystkich probówek dodaliśmy sól potasową kwasu 5,5’-ditiobis-2-nitrobenzoesowego (DTNB) w buforze (10mM Tris-HCl, 2mM EDTA) o pH 7.5 w objętości 0,1ml dzięki czemu otrzymaliśmy 20-krotne rozcieńczenie
  2ml+x=20x
  2ml=19x
  x=0,1ml

• Pozostawiliśmy probówki w temperaturze pokojowej na 15min

• Zmierzyliśmy absorbancję badanej próbki przy długości fali 412nm wcześniej zerując spektrofotometr względem odnośnika.

3. Oznaczanie „dostępnych” grup SH w białku

• Do probówki „odnośnik” dodaliśmy 2ml roztworu (10mM Tris-HCl, 2mM EDTA) o pH 7.5

• Do 2 probówek podpisanych „próbka” dodaliśmy po 1ml rozcieńczonego roztworu białka oraz po 1ml roztworu (10mM Tris-HCl, 2mM EDTA) o pH 7.5

• Po wymieszaniu do wszystkich probówek dodaliśmy sól potasową kwasu 5,5’-ditiobis-2-nitrobenzoesowego (DTNB) w buforze (10mM Tris-HCl, 2mM EDTA) o pH 7.5 w objętości 0,1ml dzięki czemu otrzymaliśmy 20-krotne rozcieńczenie
  2ml+x=20x
  2ml=19x
  x=0,1ml

• Pozostawiliśmy probówki w temperaturze pokojowej na 15min

• Zmierzyliśmy absorbancję badanej próbki przy długości fali 412nm wcześniej zerując spektrofotometr względem odnośnika.

  5. Wyniki i obliczenia

1. Spektrofotometryczne oznaczanie białka

A280^o	R	A280^R	C280^R[mg/ml]	C280^R[M]
0,824	2,045	0,397	0,4363	2, 73 * 10^−6

1. Oznaczanie „wszystkich” grup SH w białku

I pomiar	II pomiar	A412^sr	Błąd [%]	CTNB [M]	CSH^t [M]	Cald^M[M]	$$\frac{C_{\text{SH}}^{t}}{C_{\text{ald}}^{M}}$$
0,415	0,473	0,444	6,53	3, 26 * 10^−5	3, 26 * 10^−5	1, 2985 * 10^−6	25, 14

1. Oznaczanie „dostępnych” grup SH w białku

I pomiar	II pomiar	A412^sr	Błąd [%]	CTNB [M]	CSH^dost [M]	Cald^M[M]	$$\frac{C_{\text{SH}}^{\text{dost}}}{C_{\text{ald}}^{M}}$$
0,177	0,210	0,1935	8,53	1,42*10^−5	1,42*10^−5	1, 2985 * 10^−6	10, 957

• Obliczenie stężenia masowego i molowego rozcieńczonego roztworu białka

Prawo Lamberta-Beera

A=C*E*I

A-absorbancja

C- stężenie substancji rozpraszającej w roztworze

E-współczynnik ekstynkcji substancji rozpraszającej w roztworze

I-droga jaką pokonuje światło w roztworze

Dane:

Masowy współczynnik ekstynkcji aldolazy ( zmierzony przy długości fali 280nm dla 0,1% roztworu aldolazy z mięśni królika, I=1cm):E₂₈₀^0, 1% =0,91 ml/(mg*cm)

I=1cm

Masa molowa aldolazy A: M_ald=160kDa

C=$\frac{A}{E*I}$=$\frac{0,397}{0,91*1}$=0,4363[mg/ml]=2,73*10⁻⁶[M]

• Obliczenie stężenia molowego aldolazy w mieszaninie reakcyjnej C_ald^M

$C_{\text{ald}}^{M} = \frac{C_{\text{ald}}^{R}*V_{\text{ald}}^{R}}{V_{\text{ald}}^{R}}$= $\frac{2,73*10^{- 6}*1}{2,1} = {1,2985*10}^{- 6}$[M]

• Obliczenie molowego stężenia anionu nitromerkaptobenzoesowego w badanych roztworach.

ε-molowy współczynnik ekstynkcji przy długości fali 412nm = 13600[1/(mol*cm)

$C_{\text{TNB}} = \frac{A}{\varepsilon*I} = \frac{0,444}{13600*1} = 3,26*10^{- 5}$[M]

C_TNB = C_SH^{t =} 3, 26 * 10⁻⁵ [M] („wszystkie” grupy tiolowe w białku)

• Obliczenie stosunku molowego „wszystkich” grup tiolowych w białku do aldolazy w mieszaninie reakcyjnej.

$$\frac{C_{\text{SH}}^{t}}{C_{\text{ald}}^{M}} = \frac{3,26*10^{- 5}}{1,2985*10^{- 6}} = 25,14 = 25$$

• Obliczenie stosunku molowego „dostępnych” grup tiolowych w Białki do aldolazy w mieszaninie reakcyjnej

$$\frac{C_{\text{SH}}^{\text{dost}}}{C_{\text{ald}}^{M}} = \frac{1,42*10^{- 5}}{1,2985*10^{- 6}} = 10,957 = 10$$

• Obliczenie ilości „niedostępnych grup SH a aldolazie

„niedostępne” grupy SH= „wszystkie” grupy SH- „dostępne” grupy SH

„niedostępne” grupy SH= 25-10=15

5. Wnioski

W wyniku przeprowadzonego doświadczenia mogliśmy zapoznać się z metodą oznaczania grup sulfhydrylowych w białkach oraz z jedną z metod oznaczania tych grup za pomocą odczynnika Ellmana. Dzięki wykonanym czynnością określiliśmy ilość grup sulfhydrylowych w aldolazie A oraz określiliśmy stopień ich ekspozycji do rozpuszczalnika roztworu. W każdym z 3 ćwiczeń sporządzaliśmy próbki odnośnikowe, które stanowiły wzorzec i mogliśmy do nich odnieść otrzymywane wyniki i zweryfikować dzięki temu ich poprawność.

Na podstawie wyznaczonego stosunku molowego grup tiolowych do aldolazy dowiedzieliśmy się, że w badanej próbce jest 25 reszt cysteinylowych przypadających na jedną cząsteczkę białka. A zgodnie z danymi literaturowymi w króliczej aldolazie znajduje się 28 reszt przypadających na jedną cząsteczkę białka.

Całkowitą ilość grup SH mogliśmy oznaczyć tylko po rozfałdowaniu białka czynnikiem denaturującym, ponieważ tylko w taki sposób mogliśmy wyeksponować wszystkie grupy, nawet te, które w normalnych warunkach są niedostępne. Czynnik denaturujący tak reaguje z cząsteczką białka, że rozcina jedynie mostki disiarczkowe nie modyfikując przy tym innych grup funkcyjnych występujących w białku.