Lista 3 - 

 Poznawanie białek (c.d.) 

 - 1 z 2- 

 

B

IOCHEMIA 

I

 

–

 ĆWICZENIA

  

LISTA 3 

 

do wykładu dr. hab. inż. P. Dobryszyckiego 

P o z n a w a n i e   b i a ł e k   ( c . d . )  

 

1.  Which of the following statements concerning the Edman degradation method are true? 

(a)  Phenyl isothiocyanate is coupled to the amino-terminal residue. 
(b)  Under  mildly  acidic  conditions,  the  modified  peptide  is  cleaved  into  a  cyclic  derivative  of  the 

terminal amino acids and a shortened peptide (minus the first amino acid). 

(c)  Once  the  PTH  amino  acid  is  separated  from  the  original  peptide,  a  new  cycle  of  sequential 

degradation can begin. 

(d)  If a protein has a blocked amino-terminal residue (as does N-formyl methionine, for example), it 

cannot react with phenyl isothiocyanate. 

2.  Which of the following are useful in identifying the amino-terminal residue of a protein? 

(a)  cyanogen bromide 

 

 

(d) 

dabsyl chloride 

(b)  fluorodinitrobenzene 

 

 

(e)    

phenyl isothiocyanate 

(c)  performic acid 

3.  What treatments could you apply to the following hemoglobin fragment to determine the amino-

terminal residue and to obtain two sets of peptides with overlaps so that the complete amino acid 
sequence can be established? Give the sequences of the peptides obtained. 

Val-Leu-Ser-Pro-Ala-Lys-Thr-Asn-Val-Lys-Ala-Ala-Trp-Gly-Lys-Val-
Gly-Ala-His-Ala-Gly-Glu-Tyr-Gly-Ala-Glu-Ala-Thr-Glu 

 

 

4.  Which of the following techniques are used to locate disulfide bonds in a protein? 

(a)  The protein is first reduced and carboxymethylated. 
(b)  The protein is cleaved by acid hydrolysis. 
(c)  The protein is specifically cleaved under conditions that keep the disulfide bonds intact. 
(d)  The peptides are separated by SDS-polyacrylamide gel electrophoresis. 
(e)  The  peptides  are  separated  by  two-dimensional  electrophoresis  with  an  intervening  performic 

acid treatment. 

5.  Match the terms in the left column with the appropriate item or items from the right column. 

(a)  antigens 

 

 

(1) 

immunoglobulins 

(b)  antigenic determinants   

(2) 

foreign proteins, polysaccharides, or nucleic acids 

(c)  polyclonal antibodies   

(3) 

antibodies produced by hybridoma cells 

(d)  monoclonal antibodies   

(4) 

groups recognized by antibodies 

 

 

 

 

(5) 

heterogeneous antibodies

 

(6) 

homogeneous antibodies 

(7) 

antibodies  produced  by  injecting  an  animal  with  a 
foreign substance 

(8) 

epitopes 

 

6.  The methods used to localize a specific protein in an intact cell are 

(a)  Western blotting 

 

 

 

(d)   immunoelectron microscopy 

(b)  solid-phase immunoassay 

 

 

(e)   fluorescence microscopy 

(c)  enzyme-linked immunosorbent assay 

 

Lista 3 - 

 Poznawanie białek (c.d.) 

 - 2 z 2- 

 

7.  Explain why immunoassays are especially useful for detecting and quantifying small amounts of a 

substance in a complex mixture. 

 
 
 
 
 

8.  The following reagents are often used in protein chemistry: 

(a)  CNBr  
(b)  urea 
(c)  β-mercaptoethanol 
(d)  trypsin 
(e)  dicyclohexylcarbodiimide 
(f)  dabsyl chloride 
(g)  6 N HCl 
(h)  fluorescamine 
(i)  phenyl isothiocyanate 
(j)  chymotrypsin 
(k)  dilute F

3

CCOOH 

Which of these reagents are best suited for the following tasks?

 

1)  determination of the amino acid sequence of a small peptide 
2)  identification of the amino-terminal residue of a peptide (of which you have less than 10

-7

 grams) 

3)  reversible denaturation of a protein devoid of disulfide bonds 
4)  hydrolysis of peptide bonds on the carboxyl side of aromatic residues 
5)  cleavage of peptide bonds on the carboxyl side of methionine 
6)  hydrolysis of peptide bonds on the carboxyl side of lysine and arginine residues 

7) 

reversible denaturation of a protein that contains disulfide bonds (two reagents are

 

needed)

 

8)  activation of carboxyl groups during peptide synthesis  
9)  determination of the amino acid composition of a small peptide  

10) 

removal of t-Boc protecting group during peptide synthesis

 

9.  A  peptide  composed  of  12  amino  acids  does  not  react  with  dabsyl  chloride  or  with  phenyl 

isothiocyanate.  Cleavage  with  cyanogen  bromide  yields  a  peptide  with  a  carboxyl-terminal 
homoserine  lactone  residue,  which  is  readily  hydrolyzed,  in  turn  yielding  a  peptide  whose 
sequence is determined by the Edman procedure to be 

E-H-F-W-D-D-G-G-A-V-L 

On  the  other  hand,  cleavage  with  staphylococcal  protease  (see  Table  4.3  in  text)  yields  an 
equivalent  of  aspartate  and  two  peptides.  Use  of  the  Edman  procedure  gives  the  following 
sequences for these peptides: 

G-G-A-V-L-M-E  and  H-F-W-D 

Why does the untreated peptide fail to react with dabsyl chloride or phenyl isothiocyanate?